南京大屠杀持续了数月之久，不过最严重的暴行集中在前六到八周。一位外国人对经过劫难后的南京这样写道：“你很难想象这座城市的瓦解程度，到处都是残垣断壁以及各种垃圾，尸体在街头腐烂，因为在得到日本人的批准之前，不许做任何事情，包括处理垃圾和尸体。”
的确，连续多天，日本军车在挹江门下高达数英尺的尸体堆上行驶，碾压尸体为的是向中国民众炫耀抵抗日本军队的可怕后果。
历史学家统计，日本人对公共财产的破坏总数达到8.36亿美元（以当年的美元价值计算）。私人财产损失至少也有1.36亿美元。这些还不包括日本军队抢走的不可再生的文化艺术品。这些损失绝大部分是由纵火造成的。大火始于南京陷落后，并持续了整整六个多星期。他们烧毁教堂、商店、住宅、使馆等等，甚至在安全区内也是如此。安全区内外国领导人无法扑灭这些火，因为他们的水泵和救火设备在纵火之前已经被日本人偷走。在南京大屠杀的前几周，日本军队烧毁了城区三分之一的建筑以及四分之三的商店。
日本人对南京的洗劫
日本人对南京的洗劫不限于南京城以内的范围。他们还洗劫破坏南京周边郊区。他们把值钱的易携带的东西带走之后，连能吃的家畜都不放过，把带不走的东西全部放火烧毁。
日本人用乙炔焊枪、手枪和手榴弹打开银行的保险箱，这其中包括官员及居民存在银行的个人保险箱。日本士兵还被允许将抢来的部分赃物邮寄回日本，但大部分被没收，集中起来供官方使用。于是日军仓库中迅速堆满了稀有玉器、瓷器、古玩字画和金银财宝。在一个储存大厅里，还堆放了200多架钢琴。后来，日本人用船将这些赃物全部运回日本。
他们抢劫东西不仅包括贵重物品，小玩意他们也不放过，如钢笔、手电筒和手表等。他们也经常闯入安全区抢无家可归的难民的被褥、炊具和食物。一份德国报告记载，“在12月15日，日本人迫使5000名难民排成队，一共从他们身上抢走了180元钱。日本士兵甚至连几把带沙子的米也不放过，也要抢走，任何抱怨就意味着死亡”
屠杀过后的南京缓慢恢复生机
1938年1月，除了一家日本军队的商店和国际委员会的米店外，南京没有任何正式开门营业的商店。码头没有任何船只。城市的大部分地区没有水电，原因是日本人从南京电厂搜捕了大约50名工人，并将他们杀害。
这座城市在非常缓慢地恢复生机。整个南京都可以看到有人在无人居住的房屋里搜索任何有用的东西。撬地板、门窗当柴火，将金属和砖头拆下来带走，用来修理自家房屋，或是在街上卖给需要的人。安全区内的上海路聚集了数百名小贩，叫卖着各种东西，如门、窗、锅碗瓢盆、衣服被褥等等。熙熙攘攘的人群川流于他们中间。这一活动启动了当地的经济，在路旁，搭建了许多茶馆和小饭店，以供来往的人喝水和吃饭。
1938年1月1日，日本人在南京成立了一个新的政府，“南京自治委员会”，它由中国的傀儡官员组成，他们控制着南京的市政、交通、财政、警察等等。到了春天，表面上看南京像一座正常的城市一样重新运行起来，自来水、电力照明和日常的交通得到恢复。日本人经营的公交车开始运营，街道上出现了人力车，人们也可以坐火车由南京去往上海了。
但是残酷的占领迹象也随处可见。中国商人承受着很重的赋税和房租以支付当权官员的薪水。这些傀儡官员狗仗人势，经常欺压百姓，很多在南京做生意的商人，经常被以各种名义没收所有货物，导致很多人因此倾家荡产，这一做法加速了当地居民的贫困。同时也让一些下层官员私下嘲讽：“我们现在正在进行合法的抢劫。”
鸦片正大光明的出现在南京城
鸦片正大光明的在南京出现，其危害程度远远胜于苛捐杂税和没收财产货物的经济剥削。在日本占领南京前，鸦片是地下毒品，南京的商人和绅士阶层在密室里偷偷地吸食，但是没有人敢在街头公开销售鸦片。南京陷落后，日本人在城里开设了很多烟馆，人们可以随意地出入烟馆，而不受警察的干涉。这些烟馆用中文在招牌上写着“官土”的字样，即鸦片的代名词。
为了让更多人上瘾，进一步的奴役中国人，日本在南京常常以毒品作为支付劳工和妓女的手段。他们甚至向不到十岁的孩子发带有毒品香烟，据金陵大学历史学教授贝茨得到的结论，南京地区有5万人吸食鸦片，这大约是当时人口的八分之一。
许多遭受蹂躏的南京市民成了毒品的牺牲品，因为这为他们提供了逃脱现实生活的方法，尽管这只是暂时地摆脱了苦难的生活。有些人成瘾后为了满足需要，走上犯罪的道路，致使南京盗匪猖獗一时。而有些人由于吸食鸦片倾家荡产，妻离子散，最终吞服大量鸦片自杀。
受雇于日本的中国劳力的悲惨命运
日本的雇主把中国劳力当作奴隶对待，甚至不如奴隶。常常因为一些极小的违规而将他们杀害。幸存者后来回忆称：“日本人蓄意制造恶劣的工作环境和多变的惩罚措施，目的是使中国劳工不断地处于恐惧当中。”
在一家被日本强占的工厂中，一位中国劳工回忆了几个月的时间里他所见证的恐惧。
日本工头诬告他的一位工友偷了日本人的毛线衣服，结果这位工友被日本人从头到脚捆得像木乃伊一样，然后被日本人用一堆砖头砸死。砸到最后，那位工友尸体都变了形，骨头和肉与绳子缠在了一起。最后尸体被喂狗。
另一次，日本人发现工厂少了四个垫肩，后来发现被人当作手纸用了。一名二十二岁的女子承认那天用过那个厕所，于是被拖到工厂后面，被强奸之后砍了头。同一天下午，同一个日本凶手还杀害了一名十几岁的儿童，他被指控偷了一双拖鞋。
用中国人做活体实验
1939年4月，日本人在南京开设了一个机构，在人身上进行实验研究，日本人将这些人称为“原木”或者“马路大”，在中山东路，日本人将中国医院的一幢六层楼改为研究传染病的实验室，他们将它命名为“荣1644部队”。虽然这座实验室离一个军用机场不远，附近还有艺伎区、电影院、日本领事馆等等，是日本人的活动中心，但它仍然戒备森严。实验室四周是很高的围墙，围墙顶部是铁丝网，还有卫兵巡逻。而且实验室的成员被要求在给家人的书信中不要提及“荣1644部队”，对外需严格保密。
日本人在给中国俘虏注射或喂食各种有毒物质、细菌和致命的气体；有毒物质包括丙酮、砒酸盐、氰化物以及毒蛇的毒液等等。日本人以这种方式每周杀死数十名中国人，并在“荣1644部队”的焚化炉里将这些尸体处理掉。
1945年8月，日本投降时，“荣1644部队”的成员销毁了他们的设备和资料，并将实验室炸毁，在中国军队到达之前他们逃离了南京。后来该部队的一些人在战后向美国审讯人员交代了这些活动，人们才知道了这一秘密实验室。
建立保甲制度
那些幸运逃脱肉体折磨、医学实验和毒品引诱的中国人生活在令人窒息的军事压迫的氛围中。日本人沿用了以前封建制度中的保甲制度。每十户要任命一名“甲长”，每十甲任命一名“保长”，以此类推。在这个制度下，南京的每个人都要持有一张登记卡，卡上有甲长、保长和镇长的签名。证明他对新政府的忠诚。
甲长所管辖的范围内如果有新出生的人口，同样需要向甲长汇报，然后再依次向上级汇报，直到传到市政府区级官员那里。
日本人经常检查这种保甲制度。有时他们特意将没有通行证的人在城里释放，看他们是否能在城里找到逗留的地方。如果这些人没有被抓获或是在两小时之内没有被报上来，他们所逗留地区的甲长、保长都会受到严厉的惩罚。
大饥荒与流行病
南京城里的菜园和农田收成不好，日本士兵不仅没收了农民的蔬菜，而且还强迫农民开荒，收成最终落到了日本人手里。但是在南京三角洲大部分地区的收成农业产量接近了战前水平，日本人也允许食物进南京，所以南京并没有出现严重的灾荒。陪都重庆和其他城市遭受的食品短缺问题要比南京严重的多。
虽然经历了南京大屠杀，成堆的尸体在数周后才清理干净，但是南京并没有出现可怕的流行病。南京被占领后，他们开始积极地接种预防霍乱和伤寒的疫苗，每年接种几次。中国的卫生官员守候在街道和火车站，为行人和来南京的外地人接种疫苗。同时从外地来的人进入南京之前卫生官员会用消毒液对他们进行消毒。这种行为并不是日本人发了善心，而是害怕他们自己感染上流行病，所以管控非常严格。
人口显著增长
1938年初，男人们开始冒险返回南京，有的是回来查看家里受损的情况；有的是回来谋生的；还有的人是来查看局势是否安全到其他家人可以返回的程度。随着重建的开始，南京对劳动力的需求也大大增加。更多的男子被吸引过来，很快他们的妻儿加入到向南京迁徙的人潮中。在一年半的时间里，南京的人口便增加了两倍，从1938年3月估计的25至30万人增加到1939年12月的57.6万人。虽然这座城市的人口尚未达到1936年的100万水平，但是到了1942年人口已达到70万，并且整个战争期间都稳定在这一水平。
日本统治下人们虽然生活在高压的紧张氛围内，但当许多人意识到日本人会长期留在这里，听天由命成为人们基本的生活状态。偶尔会有一些抵抗活动，例如有人向满是日本官员的剧场投掷一颗炸弹，但总的来说这种反抗非常罕见。大多数反日活动是非暴力的，如反日标语、涂鸦和传单等等。
日本人在南京的统治最终在1945年夏天结束。随着美国在日本广岛和长崎投下了两颗原子弹，日本政府最终在8月15日决定投降。
何应钦代表中国政府接受侵华日军总司令岗村宁次投降书
直到日本投降的这天，日本人才在南京迅速地离开。目击者说他们看到日本士兵在街上酗酒、痛哭。有的居民强迫放下武器的日本士兵跪在路边任由他们殴打。当然这种情况是比较少见的，因为当时很多人都担心日本战败的消息是假的，不敢出来欢庆胜利，所以多数人都躲藏在家中。
日本人撤离得非常迅速，日本士兵没有受到大规模的迫害和囚禁。一位南京市民回忆说：“日本投降后她待在家里好几个星期，当她出来时，日本人已经离开了。”
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