中国的史官、言官、帝师及太傅们总是强调这样一个事实：明王朝之所以渐失雄风，最终衰落亡国，乃是因为朝廷上下太监专权，飞扬跋扈。由此可见，太监制度对王朝影响甚大。
关于太监制度误国这一问题，几个世纪以来，不断有官员上书劝诫帝王将其废除。很多贪污腐败的官员是通过太监才得到了现在的官职，且有许多人依旧想依靠在皇帝身边吹耳旁风的太监得到升迁。中国官场（中国并非是特例）由太监引发的腐败事例数不胜数，这些仅仅是冰山一角。
慈禧太后统治时，太监跋扈，权力之大骇人听闻，虽有勇敢朝臣上奏，批判太监制度，慈禧却习惯敷衍了事，仅仅在表面上显示出对上奏之人的赞许和对手下太监不端行为的深恶痛绝。
慈禧太后（1835—1908），统治清朝近半个世纪
在中国过去五十年中，虽然也存在一些诚挚、具有说服力的奏折，它们对太监制度及伴其而来的祸害口诛笔伐，但未有人提出废除太监制度是“中国跻身世界强国行列的首要举措”这样的观点。因此看来，当时的中国并不存在名副其实的改革家。
毋庸置疑，1898年光绪皇帝政变失败，与太监李莲英不无关系。光绪皇帝曾经下令处罚过李莲英，因此，他认为，光绪皇帝进行改革，必会逐渐掌握朝廷大权，继而废除太监制度，因此他便设法阻挠新政。在义和团运动过程中，李莲英对慈禧太后起到了很大的影响。
这里提及光绪变法和义和团运动，只为强调太监制度误国。地方官员也时常表达对太监制度的不满、痛恨。正因为如此，中国具有爱国精神的激进派官员（例如总督袁世凯和唐绍仪）以及那些认识到太监制度影响中国进步的有识之士，都一直敦促朝廷废除太监制度，新闻媒体对此也异口同声。
据说，慈禧太后当时也表示支持。然而太监善于阿谀奉承，屡进谗言，使得废除太监制度的进程举步维艰。但太监权倾朝野，很可能陷国家于危难之中。1906年，看到中国大刀阔斧地展开改革，《泰晤士报》驻北京记者对此议论纷纷，皆猜想废除太监制度将是此次改革的一大重点。
中国保守派与改革派就太监制度存废展开辩论。在中国保守派眼中，太监制度由来已久，影响深远，早在基督纪元之前，此制度便获得了认可，他们还从百年历史中找出众多论据支持自己的观点，称太监制度是对中国传统体制的继承延续，符合中国祖先崇拜的传统。而改革派则称，周王朝之初，贤明君主统治下的治世，太监在主要的政治机关是没有任何地位可言的。后来，因为太监作乱，周王朝才没落腐化。春秋战国时期，孔夫子就指出了太监制度的毒害。
1644年，清王朝在北京建制，开始了满洲人统治的历史篇章。满洲人作为征服者，接管了前朝留下来的国家机器和政府制度，其中包括太监制度。然而，一开始他们并未放松对太监的活动以及权力的限制。
顺治皇帝首次上朝时，满汉高官联合上奏，斥责太监的专横跋扈，称这些奴仆只适合扫地，根本无权接近圣上。皇帝随即发布规定，至今依然有效（仅限于书面上有效），规定禁止太监担任朝廷官职，或持有任何高于四品的荣誉爵位、称号。更为重要的是，鉴于前朝太监魏忠贤（在明朝后期畏罪自缢）祸国殃民的先例，规定太监不得以任何名义擅离京城。宫中太监受到法令的严格限制，不得不安分守己，不敢胡作非为。
然而，从咸丰帝开始，皇帝昏庸无能，清廷逐渐腐败没落，在慈禧掌握政权之前，太监的权力已经在紫禁城蔓延开来。待慈禧掌权，明朝末期太监那些腐败堕落、钩心斗角与专横恶行逐渐又浮出水面，弥漫整个清廷。
毋庸置疑，慈禧统治期间，太监的影响贯穿其中。在慈禧的庇护下，太监毫不收敛，肆无忌惮，猖狂至极。随着时间的推移以及慈禧对舆论批评的逐渐漠视，太监们的行为更加变本加厉，明目张胆。
1898年后，慈禧的宠臣、大太监李莲英毫无顾忌、口无遮拦地夸耀说自己能够提拔或是扳倒任何一位朝廷大官，连天子也奈他不得。民间有关宫中荒淫无度，太监、优伶变着法伺候慈禧纵欲狂欢的传言，数不胜数。然而，没有一则是有真凭实据的。御史们的上奏，广东人以及其他一些讽刺作家的文章，都只是以讹传讹，并不可信。康有为及其同僚所写的抨击讽刺之文，很明显也是盲目的仇恨作祟，与历史事实出入极大。所以在阅读其中有关慈禧与荣禄关系非凡这样的文章时，必须以谨慎、怀疑的目光看待，不可轻信。
李莲英
然而，这样的传言能够传播，一定有产生它们的源头与事实依据。虽然京城大部分民众仍忠心于慈禧，但他们对慈禧宫廷生活极尽放荡、奢华以及手下太监作恶多端这样的传言，并不怀疑；对十恶不赦的太监不断腐化孱弱的皇帝这一说法，也毫不怀疑。
太监见皇帝孱弱颓废，于是变本加厉，制造事端，同治年间亦是如此。咸丰皇帝及光绪皇帝的死即便不是由这些太监直接造成的，也与他们不无关系。在过去的七十年间，大清朝的后宫就与宫廷太监有着千丝万缕的联系。慈禧统治大清半个世纪以来，真正的“幕后黑手”实际上是她宠信的太监。
慈禧统治后期最后一个宠臣李莲英被人们称作“皮硝李”，朝野上下，他极力敛财，一手造成了众多宫廷悲剧。他对慈禧太后的影响很大，除了上朝以外，其他任何场合，慈禧对其总是温和亲切，甚是宠信，这种宠信是其他朝臣，甚至慈禧家人都无法企及的。
1861年，咸丰帝“巡幸”热河。此时，年轻的慈禧注意到，自己近身有一个太监，聪明机灵，细心体贴，于是开始欣赏并器重他。这个太监名叫安德海，他很快成为慈禧的心腹，并在慈禧粉碎载垣逆谋的过程中充当了她的左膀右臂，成为慈禧与年轻侍卫荣禄沟通联系的信使桥梁。
慈禧垂帘听政，安德海成为她最为宠信的随从和秘使，慈禧经常与他商议自己的野心与计划。安德海仗着自己受宠，渔利不少。他为人圆滑，时常变着法子为刚刚守寡的年轻慈禧找乐子，有时举办宫廷盛会，有时找来戏班子给她唱戏，这些都非常符合慈禧的心意。加上安德海本人长相俊美，且颇有演戏的天分，他的受宠毫无悬念。
两宫垂帘听政的局势尚未完全确立，载垣逆谋的影响在直隶依然存在。此时御史们上奏，反对朝廷奢华之风，抨击慈禧在后宫放荡无忌。年轻的慈禧太后刚愎固执，对批评与约束都没有耐心，加上对随身侍从信心十足，因此从不让这些进谏影响自己的行为，依旧我行我素。
不过，表面上她依然顾全脸面，注重礼节，对谏臣的批评指正总是深表赞同与欣赏。她垂帘之初的几年里，经常颁布一些言辞恰当、内容虔诚的诏书，然而并未有人将这些诏书所言之事当过真。以下这则诏书就是其中一个典型例子，它颁布于慈禧垂帘的第三年（1864年）。
此诏书颇为有趣，它提及了宫中太监偷窃之事，这样的情况至今依然存在，从未间断。这份诏书是在同治三年（1864年），以两宫皇太后的名义颁布的：
谕内阁：朕奉慈安皇太后、慈禧皇太后懿旨，据御史贾铎奏，风闻内务府有太监演戏，将库存进贡缎匹，裁作戏衣，每演一日，赏费几至千金，请饬速行禁止，用以杜渐防微等语。
上年七月，因皇帝将次释服，文宗显皇帝梓宫尚未永远奉安，曾特降谕旨，将一切应行庆典，酌议停止。所有昇平署岁时照例供奉，俟山陵奉安后，候旨遵行。并将咸丰十年所传之民籍人等永远裁革。原以皇帝冲龄践阼，必宜绝戏豫之渐，戒奢侈之萌。乃本日据贾铎奏称，风闻太监演戏，费至千金，并有用库存缎匹裁作戏衣之事，览奏实深诧异。方今各省军务未平，百姓疮痍满目，库帑支绌，国用不充，先皇帝山陵未安，梓宫在殡，兴言及此，隐恸实殷，又何至有如该御史折内所称情事。况库存银缎，有数可稽，非奏准不能擅动，兹事可断其必无。
惟深宫耳目，恐难周知，外间传闻，必非无自，难保无不肖太监人等，假名在外招摇，亦不可不防其渐。著总管内务府大臣等严密稽查，如果实有其事，即著从严究办，毋得稍有瞻徇，致干咎戾。
皇帝典学之余，务当亲近正人，讲求治道，倘或左右近习，恣为娱耳悦目之事，冒贡非几，所系实非浅鲜。并著该大臣等随时查察，责成总管太监认真严禁所属，嗣后各处太监如有似此肆意妄行，在外倚势招摇等事，并著步军统领衙门一体拿办。总管太监不能举发，定将该总管太监革退，从重治罪。若总管内务府大臣等不加查察，别经发觉，必将该大臣等严加惩处，其各懔遵毋忽。此旨并着敬事房内务府各录一通，敬谨存记。
京城之中，人人皆知慈禧太后热衷于听戏，这道圣旨自然而然被认为是一纸空谈。值得注意的是，自此一直到其心腹安德海戏剧般地丧命，总是有官员坚持不懈地上奏，斥责慈禧太后宫中生活奢靡，严重影响国家财政，常因国库空虚，对各省份强加新的税负。
1866年，两位敢于直言相谏的官员，就安德海的胡作非为上奏朝廷。他们在奏折中说道：
历代朝政之失，半由宦寺。宦寺进身之始，每以小忠小信，便捷逢迎，善其固宠邀恩之计，及至党与已成，则骄肆专横，竟有百计不能除之者。请防微杜渐，选择忠正老成，万不可使年轻敏捷之人，常侍左右，庶将来亲政之时，不至受其欺蒙蛊惑。
之后慈禧太后以皇帝的名义批复道：
所奏不为无见。前代阉寺之患，史不绝书。社鼠城狐，足为殷鉴。我朝列圣相承，不但不准此辈干预公事，并不稍假辞邑，是以宫庭静谧，谗谄面谀之辈，无所施其伎俩，二百余年，永绝斯患。我两宫皇太后垂帘以来，恪承家法，远绝佥壬，曾明降谕旨，饬令总管内务府大臣随时稽察，毋使萌櫱潜滋。兹览该御史所陈，深以此辈或邀宠任，贻误事机，虑远思深。诚得履霜坚冰之意。仍著总管内务府大臣，督率总管太监，认真查察，如有此等便僻侧媚之辈，惑聪乱明，妄肆簧鼓，即著据实直陈，严加惩办，毋得因循畏事，退有后言，傥该总管太监扶同徇隐，并著该大臣一并严参究办，以期侍御仆从，罔匪正人，用副朝廷远佞闭邪之意。
表面上看，慈禧是纳谏了，但实际上，她在深宫之中依然保持着吃喝玩乐的生活状态。与此同时，总管太监安德海对年轻太后的影响越来越大。街头巷尾传言，总管太监在紫禁城随口说一句话，效力就比得上圣旨。还有传言说，慈禧经常和他穿着古时的戏服，在御花园中散步。还说安德海屡次穿着皇帝才能穿的神圣龙袍，慈禧还公开送给他象征着皇权的玉如意。在如此情形下，一些本可避免的谣言也就自然泛滥开了。这些流言往往会过分地夸大事实。有人声称安德海并非真正的太监，还说慈禧和他有一个私生子。
总管太监安德海和他的随从
我们还听说了许多更加精彩生动的传言，描写了宫廷荒淫无度的生活。例如，戏子化装成太监被带入宫中，关在皇宫的地下冷宫。这些纵欲狂欢的传言，毫无疑问，都是编造的。但正是由于咸丰帝年间朝纲紊乱，后宫生活奢靡无度，臭名昭著，再加上后来慈禧统治期间宠信太监，此类传言才得以滋生蔓延。
慈禧宠信太监，其中有一事影响巨大，因为他违背了大清禁止太监擅自离京的法制。
1869年，慈禧资金紧张，为了充实自己的腰包，她未与恭亲王和东太后商议，就私自派遣宠臣安德海为特使到山东收缴贡银。
此时，大太监安德海已经得罪了多位皇族亲王，尤其是恭亲王。恭亲王恨他，不仅仅是由于他对慈禧太后的不良影响与日俱增，他在朝廷上对众大臣傲慢无礼的态度也让恭亲王心生恨意。有一次，恭亲王要求觐见，慈禧太后正忙着与安德海说话，唐突地拒绝了他的请求，这对恭亲王来说是莫大的耻辱，永远不可能忘记。此事不仅令恭亲王颜面尽失，也促使他决心借此次机会将安德海除掉。
安德海作为特使前往山东，本已违反了大清法律，再加上他在山东省内胡作非为，这就为恭亲王提供了机会，这次他不仅要借此消解心头被侮辱之恨，更要通过此事在两宫太后之间制造仇隙。
山东巡抚丁宝桢才能出众且颇有勇气，曾经在镇压太平天国运动中脱颖而出。安德海在山东傲慢无礼，以慈禧之名强收贡银，丁宝桢极为愤怒，再加上深知宫廷之中太监扰国的状况，立刻将此事报告给恭亲王，请求指示。
恭亲王得到消息后一刻也不敢耽搁，立即觐见与慈禧共同垂帘听政的慈安太后，利用慈安太后爱慕虚荣和软弱的性格，诱导她在当面拟订的圣旨上签了字。圣旨命令丁宝桢将安德海就地正法，不必经过北京的例行审判，即刻斩首。
慈安太后深知此举定会招致慈禧太后盛怒，甚至会招来报复，但是迫于恭亲王的压力，不得已签了字。据记载，当时将圣旨递给恭亲王时，她说若是此事让西太后知道了，必定要杀了自己。接到圣旨，恭亲王即刻派人将其火速送达丁宝桢手中。圣旨内容如下：
又谕丁宝桢奏，太监在外招摇煽惑一折。据德州知州赵新禀称，七月闲有安姓太监，乘坐太平船二只，声势炫赫，自称奉旨差遣，织办龙衣。船上有日形三足乌旗一面，船旁有龙凤旗帜，带有男女多人，并有女乐，品竹调丝，两岸观者如堵。又称本月二十一日，系该太监生辰，中设龙衣，男女罗拜。该州正在访拿间，船已扬帆南下。该抚已饬东昌、济宁各府州饬属跟踪追捕等语。
览奏深堪诧异。该太监擅自远出，并有种种不法情事，若不从严惩办，何以肃宫禁而儆效尤。著马新贻、张之万、丁日昌、丁宝桢迅速派委干员，于所属地方，将六品蓝翎安姓太监，严密查拿。令随从人等指证确实，无庸审讯，即行就地正法，不准任其狡饰。如该太监闻风折回直境，即著曾国藩饬属一体严拿正法。傥有疏纵，惟该督抚等是问，其随从人等，有迹近匪类者，并著严拿分别惩办，无庸再行请旨，将此由六百里各密谕知之。
安德海此时深陷危境，而慈禧却丝毫不知情。后来安德海被处死，慈禧依然被蒙在鼓里。
正是由于安德海傲慢专横，得罪了不少人，恭亲王与慈安太后才能够在朝中大臣的帮助下将此事瞒过慈禧。十天后，慈安太后在恭亲王的诱导下，又下一旨，详细记录了安德海被处死一事：
兹据丁宝桢奏，已于泰安县地方，将该犯安德海拿获，遵旨正法。其随从人等，本日己谕令丁宝桢分别严行惩办。我朝家法相承，整饬宦寺，有犯必惩，纲纪至严。每遇有在外招摇生事者，无不立治其罪。乃该太监安德海，竟敢如此胆大妄为，种种不法，实属罪有应得。经此次严惩后，各太监自当益知儆惧。仍著总管内务府大臣严饬总管太监等，嗣后务将所管太监严加约束，俾各勤慎当差，如有不安本分出外滋事者，除将本犯照例治罪外，定将该管太监一并惩办。并通谕直省各督抚严饬所属，遇有太监冒称奉差等事，无论已未犯法，立即锁拿，奏明惩治，毋稍宽纵。
这道圣旨语气极其委婉，似乎是畏惧慈禧即将爆发的盛怒。相比之下，慈禧定人死罪的圣旨用词明显不同，她用词锋利，仿若笔中带刀。这也是她能够掌握大权的秘诀之一。
安德海在山东被处死时，他手下的几个太监也被判决并绞死。另外有六人逃脱，其中五人被捉回并立即处死。安德海的家人被贬到西北边关，沦为军奴。
安德海被处死后，那个逃脱的太监返回京城，通过太后的另一位心腹李莲英将此事告知了慈禧。得知事情真相后，慈禧大发雷霆，怒不可遏，冲进东太后的寝宫仁寿宫，气愤地要求慈安太后对此事做出解释。
慈安太后惊恐万分，极力将责任推到恭亲王一人头上，却无济于事。慈禧与慈安大闹一场后，愤怒地离开，声称必定要他们两人为此事付出代价。
这件事成为慈禧人生中的一个转折点。之前，慈禧对待慈安友善温和，表面上仍旧显示出两者的平等地位。之后，她将更多的时间与精力放在了处理国事上，不断巩固自己的位置，下定决心不让任何人、任何事威胁到自己的至尊权力。毋庸置疑，她逐渐坐上了大清王朝统治者的宝座，最后将慈安太后彻底推出政局。
慈禧大发雷霆的第二天，早朝上她严厉斥责恭亲王，威胁要将他革职黜爵。但是当时处理国政尚需恭亲王辅助，所以并没有惩罚他。但是慈禧并没有原谅他，她要等待着恰当时机进行报复。
她报复的第一举措就是在同治帝死后，未按祖制将皇位传予恭亲王的儿子，而是传给了光绪帝。不可否认，之后的几年慈禧依然提拔他，仅仅是因为朝廷无法离开他。慈禧没有处死恭亲王还有一个原因，她对恭亲王的女儿甚是喜爱，已认其为自己的干女儿。
安德海死后，前文提到的李莲英接替他成为新的总管太监，成为慈禧的心腹。接下来的四十年，李莲英在大清王朝发挥至关重要的作用。他手握大权，掌管千万人的生死，手握贬谪或提升朝中大臣的权力，将十八个省的贡银中饱私囊。他十六岁净身离家入宫，相貌英俊，举止得体，赢得了慈禧的欢心。
据可信史料记载，伺候太后没多久，李莲英便得到了宠信，得到了非比寻常的自由和特权，还常常得到太后赐坐，甚至与太后一起坐于龙椅上。私下里，他可以在太后寝宫谈论任意话题。时间愈久，他与慈禧的关系愈密切，以致无论处理何种国事，慈禧都会经常询问李莲英，他的意见也越来越有分量。
李莲英晚年，每当对外人，提起慈禧，他都会使用“咱们”来指代自己和慈禧。“咱们”是用在血亲或者是特别亲密的朋友之间的代词。手下人都称他为“九千岁”。众所周知，皇帝是万岁。只有在非常庄严的国家大典上，他才会遵守太监之礼，态度举止有所收敛。
李莲英平时贪污腐败、睚眦必报，对敌人及竞争对手残酷恶劣。但不得不承认，他对慈禧忠心耿耿，尽心尽力。危难之际，他总是竭尽全力保护慈禧。他为人开朗，喜爱玩笑，又精通演戏，极其健谈，待人大方慷慨，最重要的是富可敌国。这些帮他赢得了包括慈禧在内的满洲高官的青睐。高官们常常私下拜访李莲英，从来不认为这样做会降低自己的身份。
1909年11月为慈禧送葬时，这位年迈的仆人追悼慈禧的场景感人至深，几乎能够让人暂时忘却七十年来他的作恶多端。此时，他已老态龙钟，病魔缠身，送葬道路虽不长，但一路上他几乎是蹒跚而行。看着这位创造秘史的人物，人们不禁发出这样的疑问：与慈禧共同度过了漫长而又波折的几十年，如今最后一次陪伴女主人，经过宫廷大殿，此时此刻，他那颗狡猾的脑袋正在思量着什么？半个世纪以来，他全心全意服侍慈禧左右，忠心耿耿。在当时的大清国，能够做到像他这样忠心不二的奴仆能有几个。年轻时，他常常行于慈禧轿子左右，与慈禧一起经历过辉煌也遭遇过落魄，现在慈禧已逝，留他一人面对新面孔，面对凶险的未来。
慈禧出殡
李莲英的聪明之处在于，他在慈禧的袒护下，向高官索要贿赂，后与慈禧一起分赃。这样的事情在1900年西逃的时候就有发生。
出逃之前，他把所有珍宝藏在一处自认为安全的地点，只有他和贴身仆人知道。然而，其中一人将这个藏宝地点的信息卖给了法国官兵，随后法国军队找到了这里，将所有珍宝一抢而空。李莲英回到宫廷后，第一件事就是获慈禧的批准将此人正法，没有经过任何法律程序。
京中的银行家估计，当时李莲英的家财至少有两百万英镑，主要投资于当铺和京中银行。这些钱都是八年来通过侵贪地方贡银、索要高官贿赂所得。这个数字并不令人感到意外，因为他卖一个官职便能够得到三十二万两黄金，折合约四万英镑。
李莲英能够敛聚如此多的财富，其中一个秘诀是，他从来不会因为事情杂碎或是钱财过少而放弃机会。
以下一封信件，是李莲英写给一位置办皇宫物品的商人的，从信中我们可以看出他一定与这位商人打过多次交道。写信所用的纸张极为普通，按照惯例，其中附有一张拜帖，这些都是一个毫不掩饰的商人的作法。信的风格简洁又一语中的，内容如下：
王七老爷尊前自达：
芝范时切怀思敬维福寿康宁定符远念矣敬启者，弟自愧囊空伏仰，七老爷暂借银票一千五百两给与去人急速带回。
容日再叙
弟 李莲英
李莲英对应索要多少钱财，心里清楚得很，他知道供应商每次置办物品所需的价格，所以每次索钱，定会如愿以偿。
众所周知，他在宫中鼓励奢侈消费，还动用国家财政，造成了不止一次的历史灾难。例如，1894年中日甲午战争，大清屈辱地败给了日本，从很大程度上来说，归结于李莲英为整修颐和园，挪用了大量的海军经费。他和手下从中搜刮了不少油水。
1885年，朝廷任命醇亲王总理海军衙门，并命庆亲王、李鸿章和曾国藩为辅助大臣。具有精神领袖地位的曾国藩死后，海军事务大权落到了一群毫无经验的年轻亲王手中。
到了1887年，光绪帝亲政，第一件事便是重修颐和园。圆明园在1860年被英法联军烧毁之后，一直是一片废墟。因此，慈禧想要重新修建。但是重修需要大量经费，当时朝廷资金紧张，李莲英建议将海军经费挪出部分用于此项事业，如此慈禧才能够安稳地在此居住。慈禧批准执行，海军处成为了内务府的一个分支，所有的财政拨款事务都由内务府执行。
中日甲午战争爆发，慈禧下令取消海军处，此项命令引起了各界批判。慈禧认为，海军处就是为了修葺颐和园而设立的，既然现在整修工作已经完成，经费也已用完，海军处已经没有继续存在的必要了。那些请求将修颐和园的经费转移到海军处的建议，在她看来毫无意义。
1889年，李莲英作为太监总管，陪同醇亲王第一次检阅北洋海军军港基地旅顺及威海卫等地。当时人们都说，总管太监李莲英所受的尊敬比醇亲王还要多。北洋海军的所有官员，从海军总督丁汝昌到其他部下，个个竭尽所能讨好李莲英，争相成为他的追随者，所以李莲英此行受到无数的奉承和贿赂。
国内外众多评论者将甲午战争中国战败归责于李鸿章。但他们都忽视了一个重要事实，即使是大总督李鸿章都不敢公开指明的事实，本应用于维持、供给海军，巩固海防经费的九成都被李莲英挪去整建颐和园了，很大一部分还进了李莲英自己的腰包。由此海军兵员皆心存不满，再加上海军装备落后，无法满足战时之需，海军兵员的不满情绪更甚。了解英国历史的读者应该记得英国海军同样遇到过类似情形，但是幸运的是在那样一个紧要关头，军兵的士气并没有因此受到多大影响。
李莲英对光绪皇帝的敌意毫无疑问在戊戌政变中影响重大。慈禧太后与光绪这位有名无实的大清统治者之间的分歧及敌意与李莲英的挑拨离间不无关系。光绪皇帝之死，外界传言李莲英干系重大，这样的说法一点也不令京城中的人吃惊。
光绪皇帝锐意改革，这让李莲英又恨又怕。加上1898年一大批来自广东的维新派官员拥入京城，威胁自己的地位。李莲英为了避免这些人对自己构成威胁，自然是积极反对变革的第一人。他建议慈禧重新掌管大权。可以这样说，如果当初没有他建议慈禧支持义和团运动，而是采取镇压政策，如果没有他令慈禧对义和团的把戏坚信不疑，这次的排外运动就不至于发展到后来的境地，顶多是在山东省内暴动而已，不会导致后来的巨额赔款。
研究中国政治及宫廷生活时，看到这位皮匠出身的太监能够对慈禧施加如此巨大的影响，感觉真是有趣。他在慈禧的葬礼上的表现，让人慨叹他内心该是何等的悲伤。但他通过不法手段，敛聚了大量财富，国家也因此付出了巨大代价。现在慈禧已经离他而去，留他一人徘徊在死亡的边缘。
义和团运动如火如荼之际，李莲英的权力也达到了前所未有的高度。端王每次向慈禧及军机处阐述观点时，都会强调所有的行动都已经得到了总管太监李莲英的许可，或说这份或者那份圣谕是得到了李总管的批准后才下发的。端王这样做是为了应付反对者，因为他明白，没有人胆敢对大总管李莲英批准的建议持有异议。慈禧亲自掏腰包奖赏义和团成员及那些杀死外国人的兵士，也是源自李莲英的强烈建议。
联军的援军逼近北京，即使是最顽固的人都明白义和团运动已经是强弩之末了。此时，李莲英极其担心，因为他的预言失败了。众所周知，慈禧习惯在事后寻找替罪羊，李莲英担心慈禧此次会将怒气撒在自己身上。的确，此时的慈禧不仅愤怒而且可怕，她当然会将这些发泄到李莲英身上，因为正是他将自己引上了毁灭的道路。
联军抵达京城后，澜国公冲进皇宫，大声叫嚷洋鬼子已经进了京城。慈禧质问他之前夸下海口，如今如何解释。慈禧说：“我以为洋鬼子都跑了呢，两天前你不是说我们取得了天津大捷，原来你一直都知道总督和李秉衡都已战死了啊。”站在一旁的李莲英听到这里，赶紧退出，通知那些吓得发抖的太监们，说道：“老佛爷现在怒不可遏，我们不得不离开这里逃到陕西，在那里等待援军将这些洋鬼子赶回大海。”但是逃亡途中李莲英遭受的恐惧和艰辛要比老佛爷多得多。在西安定下身来后，他才恢复了往日的镇定。
逃亡途中，一位随行的内务府官员在给北京老乡写的一封信中描述了朝廷中人在那段动荡时期的生活状态，还提到了李莲英和慈禧的心腹内务府官员在国事中起到的作用。下面为摘译的片段：
陕西巡抚岑春煊于山西边界迎接圣驾，老佛爷掀开轿帘，说道：“你可知我们在北京的遭遇？”“微臣不知，”他回答道。太后怒指李莲英道：“都是他做的，置我于如此境地。”站在一旁的李总管耷拉着脑袋，一声不吭。之后，岑见李手下太监途中扰乱百姓，搜刮民脂，便直言上报太后，太后只得下令将其中三人就地正法。岑当时想将李总管一并正法，但见太后对其甚是倚重，怕此建议会惹太后盛怒，由是作罢。如此，李总管才得以九死一生，逃过此劫。后来，待李总管恢复往日大权，朝廷恢复往日秩序，他得到了荣禄的帮助，报复岑春煊，将其调为山西巡抚。之所以将其调为山西巡抚，不仅仅是因为联军逼近山西，此职甚是凶险，还因岑因监管内务府花销而日渐得到太后重用，希望尽快将其调离太后身边。岑因清廉正直而闻名朝野，被任命监管朝廷账目后，朝廷花销迅速减少。他订立制度，首先禁止太监勒索，并将太监俸禄调至有限且适度的金额。岑因此迅速获得太后的青睐和信任，但惹怒了总管太监，李由是想方设法重伤陷害他。最终，在荣禄的帮助下，成功劝说慈禧将岑调走。一月有余，慈禧日日与这位正直无畏的官员商议公私之事，若是将其留在身边，定能削减堕落的满洲官员及腐化太监之权力。岑被调任山西巡抚后，李毫无顾忌将其上奏的奏折扣下或是销毁，避免太后看到。渐渐地，他重新建立了在宫中的威信，获得慈禧的宠信。銮驾还未回京，他比之前更为骄横专制，比在京之时还甚。召见朝中大臣，他竟敢拒绝传递太后旨意，直言自己已累，当日处理公事已经够多了。
朝廷向南方各省征收的大量贡银，首先会交到李莲英的手中。他家的龙袍、贡丝及其他各种进贡珍宝堆积如山。所有进贡物品，慈禧太后取一半，李莲英分得五分之一，剩下的交由荣禄用于军需。两宫在西安、开封时，李莲英获利颇丰，于是他经常以洋人必然报复为由吓唬慈禧，避免她提前回京。李莲英如此，并不完全为了钱财，还源于他担心自己的名字会出现在洋人所列的黑名单上。
从当时的情况来看，他的害怕是有根据的。他指使手下的蔡姓太监每日向他知会北京的最新消息，直到收到庆亲王的信函，告知他一切平安之后，他才安下心来，不再阻挠两宫回京之事。
尽管他对慈禧的改革政策心存不满，但还是在荣禄的强烈建议下，收住了自己的暴脾气，保留了反对改革的保守意见，表面上对慈禧的改革表示赞同。
当时各省进贡到西安的银两达五百万之多。李莲英和另一位孙姓太监共同监管这些贡银。孙太监和李莲英一样贪婪，敲诈勒索的本事也毫不逊色。有一次，湖北总管将所贡银元宝送到了内务府，孙太监负责用杆秤确定数目。称完后，声称数目不足。湖北官员说道：“不可能吧，湖北的元宝都是足色，每个正好五十两，不可能出错的。”孙太监傲慢地看着他，说：“你之前上过几次贡银？对宫中规矩又知道多少？”湖北官员此时虽心中害怕，但依然坚称不可能出错。孙太监怒斥道：“那你是认为老佛爷的杆秤出了错，是吗？”他正要对这位可怜的官员拳打脚踢，慈禧听到了他们的争论（那时她居住的院子非常小），走了出来，令孙太监把贡银送进自己的屋子，要亲自称量。她接着说道：“我想定是最近贡银总出现不足的情况，我的手下太监也是为了尽责避免我被欺骗才出此策略。”
湖北官员垂头丧气地退了下去，路上遇到了内务府大臣继禄，继禄对他说道：“我都知道，这件事你受了委屈，但千万别往心里去。这些太监最近受到老佛爷严格管制，没有得到什么好处，你必须谅解，他们在北京的许多财产也被洋人抢了。”
广东贡品一共二十四种，但太监自作主张，为了迫使官员贿赂自己，拒绝收取其中九种，管事官员由此大惊失色，害怕慈禧怪罪下来，说是自己偷藏了那些太监拒收的贡品。于是，赶紧给太监贿赂，这是太监敛财的一个常见手段。另一手段是以太后名义大量置办物品，却拒绝付钱。西安的百姓为此吃尽了苦头。
很多太监以捉弄皇帝为乐，故意招惹他，惹他发怒。据一封来自西安的信中所写，皇帝甚为幼稚，经常和太监玩游戏，例如捉迷藏，但却常遭太监侮辱。太监一来，皇帝就立即躲到角落里，闷不做声。若是皇帝被惹怒，就会大发脾气，向侍奉太监或宫女丢瓷器。但这些说法不可轻易相信，它们大多是由总管太监和保守派的官员发布的，只为诋毁光绪皇帝形象。
上文已经提到，两宫西逃后回京，李莲英对慈禧的影响较之前更大，宫中所有内务都由他管。李莲英也随着慈禧的意愿改变了原来反对改革的意见，转向支持。预备立宪章程经过军机处和他的修改后，得以颁布。他不止一次和慈禧开玩笑说：“老佛爷，我们现在都成了假洋鬼子了。”
尽管年事已高，且病患缠身，李莲英却依然坚持袒护自己的职业特权，千方百计维护太监制度。1901年，两广总督陶模呈上一封著名的奏疏，称既然皇宫嫔妃数量大为减少，应该以女侍取代太监。李莲英先是将其藏匿不上报，直到成功劝说慈禧太后绝不会废除太监制度后，才将此奏呈上。陶模的奏疏内容如下：
奏为请除数千年之弊政，以广盛治，谨陈管见，仰祈圣鉴事。窃维国家兴衰，系乎主德。自古人君未有亲君子而不致治者，未有亲小人而不致乱者。治乱之机，不可不察也。夫以人民之众，事机之繁，远而外国，近而宫廷，悉待治于一人之身，位则至尊，而事实至难。虽日近正直明智之士，讨论于前，犹惧未足以应万机。而乃以小人间之，则天下之不危者，几何？盖小人者，岂必皆大奸大恶，但使不读经史，不识道理，惟伺人主之喜怒为向背，则朝夕侍侧，即足以损君德于无形。夫廷臣虽有不肖，人主无由而近之，其得以常近人主者，惟宦官而已。人主与宦官日近，必与贤士大夫日疏，德之不明，过之不闻，内外之相隔，上下之不通，莫不由此，是以宦官干政之祸，史不绝书。至其有关君德者，其机甚微，而为害尤烈也。我朝家法严明，二百余年从未有内监预闻政事，至治之盛，往古所无。
然臣谓除弊当如除莠，留其芽孽，终恐发生，不若绝其根株，永无滋长。在皇上春秋鼎盛，圣德日新，岂至习于近侍，而为亿万世计，似有应烦圣虑者。伏思前代用宦官，盖由妃嫔众多之故。我皇上后宫减少，左右使令，本有宫女，至内廷各项差使，悉可改用士人，均不必定须内监。
今者乘舆西幸，扈从内监，其数尚多，臣愚以为宜及此时，大加裁汰，酌留忠谨者二三十人，余悉遣散。回銮之后，请旨饬下王公大臣，共同筹议，定宫府一体之制，永不再选充内监，则是数千年相沿之弊政。至我皇太后皇上而始除，非惟一时之盛事，实亦千古之美谈。
方今外侮纷乘，事机危迫，诚如圣谕，欲求振作，当议更张。惟兴革之事，本非一端，中外臣工，当已陆续上陈。微臣之意，窃谓事有似微细而实重要者，宦官是也。此等弊政，若不早除，何以为变法自强之本。且环球各大国，均无内监，独中国尚仍旧习，彼中人士，恒相讥议。若改此制，则风声所播，外国倾心，于折冲樽俎之事，不无关系。臣备职外臣，妄言内政，惟是受恩深重，未报涓埃，冀效愚忱，以仰裨圣治于万一。伏乞皇太后皇上圣鉴训示。谨奏。
自此之后，建议废除太监制度的官员纷纷上书陈言，也有传言说太监制度即将被废除，但是太监们在宫中的权力依然如故，像陶模这样正直勇敢的满洲官员只是少数。书面上的改革措施非常多，然而真正具有远见且于民有益的措施依然漫漫无期。改革之路上反对派力量强大，旧制根深蒂固，阻碍了改革的步伐。内地报纸起初还笔锋犀利地抨击包括太监制度在内的腐化旧制，但不久便遭到官府的压制，此类进步新声由此渐消于耳。
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