大凡一种思想、典章制度的产生或废弃，都是由其所处的社会决定的，魏晋时期宗庙制度的循古与变革也体现出这种特点。两汉时期，特别是汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”以后，儒家经学成为文化之主流思想，儒家典籍中有关三代，特别是周代古礼的记载亦成为影响当时相关制度的关键性因素。
西汉初期，“汉承亡秦灭学之后，宗庙之制，不用周礼。每帝即世，辄立一庙，不止于七，不列昭穆，不定迭毁”汉高祖、惠帝、景帝、宣帝时分别在郡国立太上皇、太祖、太宗、世宗庙，其数量之多、耗费之巨是惊人的。元帝永光四年（前40）采纳韦玄成等人的建议，罢除郡国所立之帝庙，依据儒家文献中记载的周天子七庙制度，确立从庙数而言为七庙，实则为六庙的皇帝庙数制度。成帝以后，“一祖二宗亲庙四”七庙模式逐渐确立。东汉光武帝建武二年（26）于洛阳立高庙，四时仅祭祀太祖高皇帝、太宗孝文皇帝及世宗孝武皇帝三帝神主。三年正月又于洛阳立四亲庙，祭祀生父南顿君以上至高祖舂陵节侯。建武十九年，张纯、朱浮及众公卿依据古礼“事大宗者不事私亲”奏议，应立平、哀、成、元四帝庙，取代现在的四亲庙。光武帝以宗庙处所尚未确定为由加以搪塞，仅于洛阳高庙加祭孝宣、孝元二帝神主，成帝、哀帝、平帝神主暂且祭祀于长安故高庙，使臣下主持祭祀其为本生高祖父以下所立四庙。此时洛阳高庙中祭祀西汉五帝（即太祖、文、武、宣、元五帝之神主）。明帝即位，以光武拨乱中兴之功，单独为其立庙，尊之曰世祖庙。自明帝起，东汉历代诸帝皆以循制为由藏主于世祖庙而勿改，由此延续至后世的一庙异室之制已经基本确立。
东汉初期的宗庙制度的改革无疑与当时社会观念及政治变动有紧密的联系。汉灵帝时京都四时所祭，高庙西汉五主，世祖庙七主，世序杂乱无以辨昭穆。汉末，依据蔡邕等人建议，确立起就虽然名义上仿照儒家经典记载的天子七庙，而实际上因含有始祖庙、六亲庙以及诸因有功德而有“祖”、“宗”庙号，世世不毁的宗庙，从而使宗庙庙数达到十一所。在内外矛盾交织冲击下，黄巾起义后，东汉政权实际上已经丧失了有效控制国家的能力。诸军事集团割据称雄，战乱不息。经过反复的较量，曹氏、刘氏、孙氏相继建立起魏、蜀（汉）、吴政权，三国鼎立局面至此形成，长期、激烈的战乱使社会生产和思想文化遭到严重摧残。自东汉中、后期起，思想学术领域中的有识之士就不断对杂糅谶纬、符命神秘思想，并且阐释烦琐、支离的儒家经学提出了尖锐的批判，佛、道以及其他诸子思想、学说的兴起，对儒学独尊的地位提出了严峻挑战。
在长期酷烈的战乱中，各统治集团为延揽人才，避免资才于敌雠以自困，因而对当时崇尚风节德行，鄙薄实效功能而迂阔不切时宜的儒学名教浮华社会风气大力加以矫正。即使在曹魏统治下儒家经学传统比较悠久的中原地区，儒家章句训诂之学似乎萎靡不振：“从初平之元，至建安之末，天下分崩，人怀苟且，纲纪既衰，儒道尤甚。至黄初元年之后，新主乃复始扫除太学之灰炭，补旧石碑之缺坏，备博士之员录，依汉甲乙以考课。……太学始开，有弟子数百人。至太和、青龙中，中外多事，人怀避就。虽性非解学，多求诣太学。太学诸生有千数，而诸博士率皆粗疏，无以教弟子。弟子本亦避役，竟无能习学，……正始中，有诏议圜丘，普延学士。是时郎官及司徒领吏二万馀人，虽复分布，见在京师者尚且万人，而应书与议者略无几人。又是时朝堂公卿以下四百余人，其能操笔者未有十人，多皆相从饱食而退。”儒风之衰颓为后人所讥，以至于被称为“经学中衰时代”。但是，曹操及其统治集团内有识之士并没有忽视儒教伦理的思想教化作用。曹操本人据说通晓“古学”，并注意以儒家经典来教育子女。荀彧、袁涣也多次以文、武兼用，统治冀可持久，建议曹操重视儒学，尤其是礼学的教化作用。建安八年（203），曹操下令于郡、国、县设置学校，传授仁义礼让先王之道。刘馥、杜畿、颜斐等地方守、令立庠序，厉行教化，保证了曹操此令基本得以贯彻执行。魏文帝曹丕时（220—226），曹魏儒学之复振渐趋正规轨道。黄初五年（224）“立太学，置五经课试之法，”此举虽然被讥讽为“具文”，但它毕竟体现出当时统治集团即便在兵戈纷扰之暇，尚能够独具卓识，注重倡兴儒学。为强化儒家经学的地位，在孝廉选举问题上，魏文帝采纳华歆的建议，力矫自东汉末年以来单纯依据在乡里清议控制下形成的以浮华、虚诞为特征的“虚誉”标准，附加以客观性的经学考试。明帝先后于太和二年（228）、四年颁布诏书，强调尊经重学。并注意选择恰当人选，跟随高堂隆、苏林、秦静等儒学耆宿学习经书，以保证思想学术能够薪火相传。这标志着曹操于乱世时实施的“唯才是举”，不十分崇尚德行的权宜政策已经发生了根本性的转折，原本出身寒微的曹魏皇室对儒家经学已经基本秉认同之心态。
由于曹魏自建国至明帝时期政治比较稳定，经历劫乱的学术呈现繁盛局面，宗庙礼制在借鉴两汉制度的同时，又依据当时社会诸因素，尤其是当时左右学术思潮的郑玄、王肃经说而有所变革。《礼记·王制》：“天子七庙，三昭三穆，与大祖之庙而七；诸侯五庙，二昭二穆，与大祖之庙而五；大夫三庙，一昭一穆，与大祖之庙而三；士一庙，庶人祭于寝。”对于“天子七庙”，汉魏、魏晋之际的郑玄、王肃的解释大相径庭。魏用郑玄说而晋依王肃说，由此而导致魏晋宗庙制度出现根本性的变异。郑玄以为天子立四亲庙，并始祖而为五，加文、武受命二祧，合为七。建安十八年（213），汉献帝册命曹操为魏公，秋七月，于邺城建魏宗庙。祭祀曹操曾祖处士君，祖曹腾，父曹嵩三世，且延续东汉的一庙异室之制。其之所以与追谥父至高祖与太祖而为五的“诸侯五庙”古礼不符，或许与下列因素有关：“追尊先世及定四亲，皆至司马氏而后粗为明审。”三国以前非世族阶层之世系排列或许尚未有明确的制度界定，故家世无法详细考证。如西汉初期，汉高祖刘邦仅为其父太上皇立庙而未尊奉古礼追封七世、议定七庙；受东汉末期所确立的以郑玄之说为依据的宗庙制度的影响；长期战乱、动荡造成事随权立，难以事事尊奉古礼等。曹操虽于官渡之战后初步统一了中国北方地区，但这种依靠武力实现的强制性统一，统治并不稳固。经过魏文帝时期的惨淡经营，至魏明帝曹叡太和年间，曹魏政治已渐趋稳定，政治中心由邺正式确定于洛阳，曹氏由出身卑微的寒族向尊奉儒教的世族转化过程已经基本完成。
太和元年（227）曹魏遵照儒家经典记载以及当时在经学界风靡一时的郑玄有关诠释，在洛阳修建魏宗庙，迎自高皇帝至文帝四世神主于邺庙，安置于洛阳宗庙。景初元年（237）正式议立七庙制度，以武皇帝曹操为魏太祖，文皇帝曹丕为魏高祖，明帝曹叡为魏烈祖，“三祖之庙，万世不毁。其余四庙，亲尽迭毁，如周后稷、文、武庙祧之制。”不过，自曹魏中、后期开始，汲汲于名物之训诂，多偏向于具体微观的形而下的郑玄经说受到汉魏之际形成的以阐扬经书义理相标榜、重视博通、鄙弃烦琐的名物事象训释的荆州学派后学王肃经说强有力的挑战。王肃曾师从荆州学派主要代表人物之一宋衷，深受荆州学派学风之熏染，故对郑学大加抨击：“肃善贾、马之学，而不好郑氏，采会同异，为《尚书》、《诗》、《论语》、《三礼》、《左氏》解，……皆列于学官。其所论驳朝廷典制、郊祀、宗庙、丧纪、轻重，凡百余篇。”王肃远承西汉刘歆之说，认为在位皇帝的六世祖、五世祖庙应在亲庙数中。从上引景初年间所立七庙记载来看，曹魏在宗庙立庙问题上，依据郑玄经说，而非如隋代许善心“至景初间，乃依王肃，更立五世、六世祖，就四亲而为六庙”立制，可谓毫无疑义。曹魏宗庙之制承袭周礼、汉制，特别是以郑玄学说为依据，确立一祖二宗并四亲庙而成七庙的宗庙制度，其中亦不免含有曹魏皇室以汉室继承者自居，以与蜀、吴争正统的用意。
蜀汉政权宗庙制度尽管由于史书缺乏详细记载而难以考究。但依史籍某些零星记载可知，刘备即位后建宗庙，祭祀自汉高祖以下历代诸帝，并专设有高庙令典掌之。蜀亡，刘备孙刘谌自杀于昭烈（刘备谥号）庙，可知当时刘备庙别立于他处。以此情理推测，刘备既以汉室正统自居，其宗庙制度与汉、特别是东汉制度不应有很大差异。吴宗庙制度总体说来比较混乱。其既有承袭汉制之处，如：孙权依后汉光武帝事父南顿君故事为其父孙坚于长沙临湘立庙。孙权称帝后，追谥孙坚为武烈皇帝，尊坚庙曰始祖庙。又为其兄孙策立庙于建邺。也有不习古礼之处，如：孙坚庙不立于京师建邺；孙权卒，孙亮于宫东为其立庙，曰太祖庙。孙皓即位后，追谥父故废太子孙和曰文皇帝，宝鼎二年（267）为其立庙于京邑，建号曰清庙。吴宗庙制度之所以不序昭穆、渎乱不符古礼，大概与当时典章制度散阙难以追循有关。孙权之所以称帝时不立七庙，盖与其出身孤微有关，这与东晋末年桓玄篡位称帝，唯立父桓温神主于建康，庙祭不及于祖，以掩盖先世隐情颇为相似。也可能与当时孙氏为致力于稳定其在江东的统治，不得不以汉臣自居，以明无犯上谋逆之意，借此笼络江东世家大族，以减缓创业之阻力有密切之关系。同时，孙吴的宗庙还带有江南地区浓郁的巫觋祈祷的地方风俗色彩，例如：孙权“于建邺立兄长沙桓王策庙于朱爵桥南。权疾，太子所祷，即策庙也。”这与汉魏时期巫风畅行，淫祀盛行或许有关。“湘楚其俗尚鬼，……病及仇怨，重皆祷祀。”
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