海军司令员萧劲光在1962年4月迎来了两位新的副手：常务副司令员李作鹏和政治部主任张秀川。他对他们的到来表示欢迎，因为他觉得海军需要增加力量，提高训练水平，避免再发生重大事故。他和李作鹏还有过解放战争时期在东北的共同经历，相互熟悉。
李作鹏作为海军常务副司令员，是海军的二号人物，在萧劲光不在时，负责海军的全面工作。萧劲光本来希望他能主抓军事训练工作，提高海军的战斗力。但是李作鹏却一心执行林彪的“突出政治”的指示，把军事训练视为资产阶级反动路线，大搞政治运动，忽视技术基本训练。这让萧劲光非常失望和痛心，他觉得李作鹏不是一个合格的军事干部，而是一个政治野心家。
两人之间的分歧日益加深，萧劲光认为海军是一个复杂的军种，需要加强军事技术训练，提高部队的实战能力。李作鹏认为只要突出政治思想工作，就能解决一切问题，不怕牺牲就能战胜敌人。1964年，萧劲光推广郭兴福教学法，培养基础训练方面的尖子，取得了明显的效果。李作鹏却指责他“坚持单纯军事观点”，干扰了他的工作和海军的训练。
1965年，在东南沿海发生了两次海战，海军部队虽然取得了胜利，但也暴露出了许多问题，如组织指挥不力，协同作战不熟练，出现了一些失误。这些问题都与缺乏训练有关，但是李作鹏却不以为然，他在战斗总结报告中夸大了“突出政治”的作用，忽视了技术和战术的重要性。他把“突出政治”当成了一种神奇的法宝，认为只要有不怕死的精神就能打赢仗。
其实政治思想工作是军队建设和作战的重要方面，但是不能过分突出，忽视了军事训练和实战能力。这样只会造成部队的低效和损失。萧劲光深知这一点，但是在林彪主持军委的十几年里，他无法改变这种状况。直到1971年九一三事件后，“突出政治”的风气才有所缓和，海军的训练工作才有所恢复。
1965年5月11日，海军党委召开了三届二次全会，萧劲光和李作鹏之间的分歧公开化，引发了一场激烈的争论。李作鹏攻击萧劲光的建军思想，给他罗列了一系列的罪名。不久后，罗荣桓总长下台，文化大革命开始，海军的许多老干部被打倒。李作鹏则升任为海军第一政委和党委第一书记，成为海军的最高领导人，直到1971年九一三事件后被撤职。
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