南京大屠杀的预谋早在日军兵临城下之前就已经显露出来了。日军华中方面军司令官松井石根宣称：“南京是中国的首都，占领南京是一个国际性的事件，所以必须做周详的研究，以便发扬日本的威武而使中国畏服。”
第10军司令官柳川平助一踏上中国的土地就扬言：“山川草木都是敌人。”
上海派遣军司令官朝香宫鸠彦已经发出一连串由他签署盖章，标有机密“阅后销毁”字样的命令，内容是：杀掉全部俘虏。
第三舰队司令官长谷川清叫嚣：“日本决意继续战争，为制中国于死命，须以控制上海、南京为要着。”他一次又一次地下达了轰炸南京的命令。
随军摄影记者河野公辉曾在第6师团司令部，看到一份传达命令的文件：农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。
第16师团33联队第3大队的町田说：“部队早就下达过命令，无论男女，凡是活着的，一律杀掉，即使一只猫也不要放过。”这个师团的中队长天野乡更是公开号召士兵：“抢劫、强奸、放火、杀人，什么都可以干。”
第16师团是围攻南京的主力部队之一，该师团的向井敏明与野田毅两个少尉，从无锡打赌百人斩竞赛，沿途杀向南京。12月10日中午，部队到达紫金山麓，他俩已经分别砍杀了106和105人，因为分不清到底是谁先杀满100人，胜负难决，于是决定竞赛继续进行，目标增加到看谁先杀满150人。
站在紫金山上眺望南京城，向井敏明对《东京日日新闻》的记者说：“不知不觉中，我和野田都超过了一百人，好高兴啊。”
1937年12月13日，南京守军的最后一道防线轰然瓦解。六朝古都沦陷之日，成为扶桑之国狂欢之时。日本天皇裕仁传令电贺松井石根：“战绩卓著，史无前例。”
就在日本举国上下一片欢腾的时候，日军已经使南京这座江南佳丽地，金陵帝王州陷入苦难的深渊，变成了火海与血海。
此时此刻，南京城里有多少人面临着杀身之祸呢？
南京城陷时的人口由三部分组成，第一部分是南京常住人口，南京城陷的时候大约还有五十多万；第二部分是流动人口，主要是从上海、苏州、无锡一带逃难到南京，这一部分人仅据八卦洲一带的统计就有四五万人；第三部分就是南京的守军，南京守军在南京保卫战开始的时候大约有十五万人，经过十天的血战，大约有一万人伤亡，后据统计有五万人安全撤退到了后方，也就是说南京城陷时，大约有八九万人仍然滞留在南京城。这三部分加起来在60-70万人。
松井石根在亲自起草的《攻占南京城要领》中已经明确规定，无论中国守军投降与否，都要进城扫荡。对抓捕的一些中国百姓加以处置，所谓的处置就是——杀。
这是有组织、有计划、有预谋的大屠杀。成千上万的无辜百姓突遭横祸，顷刻之间家破人亡。
住在夫子庙附近的常志强，沦陷前夕在逃往难民区的途中，全家八口人和一群难民在内桥南面的王府园过了一夜，这一夜常志强感到特别的冷。第二天早上，大家正准备离开，然而，灾难降临了。外面传来日本人追着人杀的凄厉求救声。
大家吓得全都愣住了，而日本兵已经冲了进来。看到向外走的人，端起枪来就开枪，常志强的父亲当即中弹身亡。日本兵一面开枪一面逼近，近距离不好开枪后，日本兵就用枪头上的刺刀捅，常志强的母亲被一刺刀戳倒。
常志强的三个弟弟分别只有四岁、六岁和八岁，他们一个个地被日本兵的刺刀夺去了生命。常志强的姐姐被日本兵抓着头发扔到墙上摔下来昏死过去，而常志强面对这巨大的惊吓也眼前一黑晕了过去。
等到他跟姐姐醒来后发现那几个日本兵已经不见了，留下的是满地的尸体，常志强的母亲在临终之前还身受重伤的孩子喂奶。
年仅10岁的常志强和12岁的姐姐抱头痛哭，而此时的南京就像他父母兄弟一样，随着日本军队的铁蹄所至，更多的中国人也正在遭到戕害。
极少数的外国人执意留在南京，亲身经历了日本军队带来的浩劫，美国牧师约翰.马吉就是其中之一。他在给夫人的信中写道：“我想人类历史上已有很长一段时间没有发生过如此残暴的事了，日本兵不仅屠杀他们没能找到的所有的俘虏，而且大量杀害了不同年龄的平民百姓，就像在野外猎杀兔子一样，许多百姓在街上被日本兵随意杀掉。从城南到下关，整个城市到处都是尸体。”
马吉用他那部16毫米的摄影机冒着生命危险记录下了南京大屠杀的部分实况。
南京已经成为一座死城，只有日本军队在到处活动。在石城内外，众多的和平居民正在遭受血光之灾，而那些被俘的守城官兵，正在被一批批地押上屠场。
日本《东京日日新闻》随军记者铃木二郎回忆说：“我随同攻陷南京的日军一道进城，在城内待了四天，目击日军无数暴行。12月13日在中山门附近城墙，见到极其恐怖凄惨的大屠杀，俘虏们在城墙上排成一列，许多日本兵端着插上刺刀的步枪齐声大吼，冲向俘虏们的前胸或腹部刺去，一个接着一个被刺落到城外去了。只见飞溅的血雨喷向半空，阴森的气氛使人汗毛直竖，我站在那里吓得目瞪口呆，不知所措。”
正当铃木二郎目瞪口呆之际，在三汊河日军的又一个大屠杀现场。国民革命军83军156师466旅931团步炮连的士兵骆中洋正在想办法逃出重围。
骆中洋设法逃脱了屠杀现场，但是和他一起被围困在三汊河的一万多中国军民，绝大多数未能生还。
与此同时，在中山码头附近，国民革命军88师538团2营4连的士兵张士荣和一批被俘的中国军人正处于死亡的边缘，正在坐以待毙的张士荣被日被日本海军挑去做修理码头的苦力。
在侵华日军的词典中，所谓扫荡就是屠杀，至于处理、解决、处置、处分、处刑、扫除等等，其实也是屠杀。
在日军的命令文书、战斗详报、阵中日记以及老兵的回忆中，这些字眼比比皆是。
以处理为例，中岛今朝吾在12月13日的《阵中日记》中写道：“因采取大体不留俘虏之方针，故决定全部处理之，光是佐佐木部队就处理掉15000人。”
中岛今朝吾在日记中还写道：“守备太平门的一中队长处理掉1300人，现集中在仙鹤门附近的约有7000-8000人，处理掉这7000-8000人需要一个相当大的壕沟，很不容易找到，所以预定把他们先分成100人、200人一群，然后诱至适当地点处理之。”
东史郎当时具体参与执行了处理的命令。
“12月14日我们从国际难民区抓到了五百人，把他们带到了玄武湖统通杀死。12月16日，我又接到上级的命令，收容两万名中国俘虏，因此，我们到了马群镇。虽然上级说有两万多人，但我们去看了，大约有七千三百人左右。我听说要把这七千三百多俘虏处理掉，当时我想七千多人这么庞大的数字应该不会全部被杀死。后来这七千三百多人按照五百人一组或四百人一组被全部杀死了。”
南京沦陷第三日，松井石根再次命令上海派遣军和第10军在各自警备地区内，应扫荡败残兵，收集隐匿之武器与军需器材，扫除战场。
第114师团重机枪部队的二等兵田所耕造说：“我在城里扫荡过残敌，把俘虏绑在树上，军官们一面教导怎样枪杀和刺死的方法，一面把他们弄死，军官和下士官把蹲在挖好的坑前的俘虏的脑袋砍下来。”
正是松井石根再次命令扫荡的这一天，12月16日，张士荣在中山码头附近的惠民桥旁，目睹了触目惊心的一幕。“在桥底下拉出来一个带伤的我们的同志，就在马路边的台子上，一个日本海军抽出来刀，一刀就把头砍掉了。”
张士荣心如刀割，与他一起做苦力的战俘有两个哭出声来。“到晚上回来以后，那两个同志被弄去揍得死去活来，第二天早上还没去做工，就把那两个同志先弄出去了，之后就没有回来，被砍死在江里。”
12月17日，松井石根在日记中洋洋自得地说：“今天举行南京入城仪式，对于眼前从未经历过的盛大场面，真是感慨万千啊。”
然而，南满铁路公司南京事务所所长西义显却是别有一番滋味在心头。他在《悲剧的证人》一书中指出：“以军司令官松井石根大将为首举行了入城式，在这五天内，穿上了军服的日本民族成了一大群妖魔鬼怪，穷凶极恶，惨无人道，凶暴到了极点。其残酷的发疯程度在历史上是空前的。
纵容部下为非作歹，滥杀无辜的第6师团师团长谷寿夫受到表彰。第16师团第45联队中队长田中军吉创造新的杀人记录，一连杀了俘虏及非战斗人员男女老幼300多人。
12月21日，松井石根命令第16师团负责警备南京及其周边地区。国民政府的原址成了第16师团的司令部。
中岛今朝吾以蒋介石的官邸充当自己的住宅，并在自己的日记中强调：“蒋介石住过的地方应该归我使用。”身为师团长的中岛今朝吾只是为了试斩，叫人用他的军刀砍下过两名中国战俘的头颅。他对日军杀人、强奸、抢劫、放火的行为毫不在意，说是要一个不漏的找出隐藏在城内的散兵，并加以处理。说什么中国人不论多少统统杀掉，日本兵放火烧中国人的房子是为了取暖。又说，强奸在战争中是不得已的。
1938年1月下旬第16师团调离南京时，不仅中岛今朝吾的行李陡然增加许多，而且师团所有人带的行李都超过了规定数量的两倍。连松井石根都知道，这些行李中有大量缴获、抢劫来的物品。
第16师团在下关登上轮船，队伍中的东史郎注意到了码头上这样的情形：“昭和十三年，1938年1月23日，我们从这里乘船去大连。在码头上，我看得很清楚，我们进城40天后，仍然在杀人，我不清楚杀了多少人，是用卡车运来杀掉的。”
东史郎所说的杀人场面，张士荣天天看在眼里，已经成为他终生惨痛的记忆。
张士荣回忆说：“这个地方从12月13日开始杀人，一直杀到1938年4月份，每天两汽车或者三汽车。”
尽管日语把照片称为写真，然而与日军一起拥入南京的随军记者所拍摄的照片，只要稍稍透露出事实真相，就被盖上了“不许可”的印章。日本战败后，军部下令必须将战争见证的资料全部烧毁。但每日新闻社大阪总部却保存了所有的照片，并在1998年编辑成两册，《“不许可”写真集》出版。
从当年“不许可”发表的照片上，对于日军的侵略罪行、对于南京大屠杀我们可以看到冰山一角。除了记者，日本官兵普遍有一种病态心理，喜欢把杀人、强奸作为英雄壮举，立此存照，他们用镜头将人们带到了犯罪的第一现场。
正是日军自身留下的罪证，引出了一本相册背后的故事。“1938年1月份，有一个少尉日本军官抓着一个战刀进来了，拿着两卷交卷给我们冲，叫我们每样洗一张。”罗瑾回忆说
冲洗出来以后，罗瑾一看，不禁怒火中烧。照片上竟然都是日军的暴行。
“我就到里面去的时候，匆匆忙忙，心惊肉跳。把这一卷凡是杀中国人头的和强奸的我都把它每样多印了一张出来。”罗瑾回忆说。
类似的例子并不鲜见。1938年美国《了望》杂志发表了一张日军在南京刺杀战俘的照片。说明词中写道“这张照片是日本人自己拍摄，交卷送到上海冲洗时，在一家日本人开的照相馆工作的中国人多洗了一套，然后偷偷带了出来”。
另外一组揭露南京大屠杀的照片，刊登在1943年10月1日出版的美国《画报周刊》上。“最残酷的莫过于活埋了，悲惨的哀嚎，那人类生命中最后挣扎出来的一种尖锐的无望的呼声，抖散在波动的空气里，远在数里以外我们犹可以隐隐听得”。
2003年，一本日本老兵的摄影机公布于众，一个叫伊藤兼男的日本航空队队员留下来的。照片记录了1937年7月13日至1938年3月30日期间他在中国的所见所闻。其中关于南京大屠杀及以后几个月的照片有144幅之多。每一幅照片之下都有伊藤兼男本人写的详细文字说明，标注了照片的拍摄时间、地点和出处。
在一页大概伊藤兼男自己也看不下去了，在册页的右上角写了个“惨”字。照片上的日军随时准备着给还有口气的遇难者补上一枪。
这就是大屠杀的场面。
燕子矶集体屠杀五万余人；
草鞋峡集体屠杀五万七千余人；
鱼雷营、宝塔桥一带集体屠杀三万余人；
煤炭港集体屠杀三千余人；
中山码头集体屠杀一万余人；
汉中门外集体屠杀二千余人；
三汊河集体屠杀二千余人；
江东门、上新河一带集体屠杀二万八千余人；
凤台乡，花神庙一带集体屠杀七千余人；
仙鹤门集体屠杀七千余人
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