不知不觉几年下来自己也快毕业了,感谢丁香园这些年来的帮助。没有什么可回报的东西,就发个帖教教新人如何设计引物吧,尽量做到手把手的教,图文并茂。

引物设计的帖子不少,以前很多战友会推荐 Oligo、PrimerPremier、DNA man 等等软件。这些软件设计完最后还是要去 BLAST 比对下,所以我教大家一种易懂实用的在线设计方法,觉得好的话请投个票。

就以人的 PTEN 基因为例,首先你要找到他的基因序列,如果你要用的是 cDNA,就找它的 mRNA 序列。如果你要做的是 DNA,就找 DNA 的序列。

以 cDNA 为例,普遍的一种方法是上 PUBMED 中 GENE 栏搜索找到 cDNA 那栏,但 PUBMED 导出序列不太方便,我介绍个网站 http://asia.ensembl.org/index.html

1. 输入目的基因,进入

打开网易新闻 查看精彩图片

2. 在左侧栏选择 TRANSCRIPT,选择后进入

打开网易新闻 查看精彩图片

3. 选择 PTEN-001 中的 TRANSCRIPT 进入,点击左侧 cDNA

打开网易新闻 查看精彩图片

4. 然后点击 CONFIGURE THIS PAGE 进入设置你要显示的内容

打开网易新闻 查看精彩图片

5. 除了第一栏 SHOWEXONS 选择 YES 外,其他的都选择 NO,然后取个名字保存 SAVE CONFIGURATION AS

打开网易新闻 查看精彩图片

6. 然后在左侧栏点击 DOWNLOADVIEW AS RTF 可下载你要的 cDNA 序列,这个文件可以用 WORD 打开,不同的颜色代表一个外显子间断

打开网易新闻 查看精彩图片

下载后打开的 WORD

打开网易新闻 查看精彩图片

7. 然后根据可以根据你感兴趣的序列设计引物了,比如我在分别在第 6 和第 7 外显子分别设计上下游引物。选取并复制第 6 和第 7 外显子序列

打开网易新闻 查看精彩图片

8. 登陆 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,粘贴这段序列,设置好 RANGE 和 PCR 产物的大小,然后在下面点击 GET PRIMERS,可以在线设计并比对引物

打开网易新闻 查看精彩图片

9. 最后选择一个比较特异性的引物,条带大小要尽量单一,其他的基因序列尽量不要比对到

打开网易新闻 查看精彩图片

我们长期为科研用户提供前沿资讯、实验方法、选品推荐等服务,并且组建了 70 多个不同领域的专业交流群,覆盖PCR、细胞实验、蛋白研究、神经科学、肿瘤免疫、基因编辑、外泌体、类器官等领域,定期分享实验干货、文献解读等活动。

添加实验菌企微,回复【】中的序号,即可领取对应的资料包哦~
【2401】论文写作干货资料(100 页)
【2402】国内重点实验室分子生物学实验方法汇总(60 页)
【2403】2024 最新最全影响因子(20000+ 期刊目录)

【2404】免疫学信号通路手册

【2405】PCR 实验 protocol 汇总

【2406】免疫荧光实验 protocol 合集

【2407】细胞培养手册