在清代的城市和乡村，活动着各种社会阶层、群体和个体。
如何将这些人纳入一定的秩序体系以使之担当各自的社会角色并达到社会控制的目的，是统治者面临的重大问题。清政府大力推行的基层社会组织是里甲、保甲、坊厢制度。
与此同时，在清代的地方基层社会还存在着传统的家族、宗族体系，以及在明清时代逐渐变得更为发达的民间秘密社会组织。民间的日常生活是伴随着这些社会组织的存在而展开的。
一、里甲制和保甲制
顺治元年（1644），刚刚入主中原的清朝政府在部分府州县实行“总甲法"。"各府、州、县、卫所属乡村，十家置一甲长，百家置一总甲。凡遇盗贼、逃人、奸宄窃发事件，邻佑即报知甲长，甲长报知总甲，总甲报知府、州、县、卫，核实申解兵部。若一家隐匿，其邻佑九家、甲长、总甲不行首告，俱治以罪。"
这显然是以社会治安、控制为核心的制度。顺治十二年（1655），清政府又下令恢复明朝的里甲制度。以110户为里，一里之中推丁粮多者10人为里长，余百户为10甲，每甲10户，推1人为甲首。岁役里长一人，管理一里事务，10年轮换一周。
这种里甲制偏重于编造赋役册、按照田产丁数催办田赋徭役的职责。康熙二十五年（1686），清朝在直隶地方试行保甲制，取得一定成效后，将之推广到其他地区。这种制度，偏重于基层社区组织的“勾摄公事”职责，即负责本里、本甲民事案件当事人的拘传等。
康熙四十七年（1708）是推行保甲制最为得力的一年，清朝在这一年大力重申了推行保甲之制的必要性，对推行不力的官员加以申饬。保甲的职能大略有三：其一为勾索整理户籍；其二为催督税收；其三为社会控制。
康熙五十一年（1712）“滋生人丁永不加赋”和雍正元年（1724）“摊丁人亩”之后，社会控制成为保甲的最主要社会职能。
按清朝官方文献记载，保甲长的人选，要由“士民公举诚实识字有身家之人报官点充”，一般的生员、衙役都不可以充任。甲长三年一更代，保长一年一更代。保甲长的职责包括："凡甲内有盗窃、邪教、赌博、赌具、窝逃、奸拐、私铸、私销私盐、踩魏、贩卖硝磺、并私立名色敛财聚会等事，及面生可疑、行迹诡秘之徒，责令专司查报。"
在城镇中，城中社区曰坊，近城社区曰厢，以坊厢长统领编户牌甲，其守望相助的规矩，比乡村还要严格。各坊厢街巷，入夜均有更夫巡逻，击锣敲柳，定更至五更，分别敲1下至5下，与城中鼓楼按更击鼓相呼应。诸般职责，要旨都在社会控制。
二、家族、宗族制度
在周代就已经充分发达的宗法制度曾经对先秦时期的国家体制产生深刻的影响，降至帝制时代晚期的清朝，宗法制度对于国家体制的影响已经微弱，且主要集中于皇室体系中，但以“收族”、“睦族”、“赡族”为目的的家族、宗族制度在基层社会生活中仍然是重要的组织方式。
中国传统社会的强宗巨族，原以中原地区为盛。魏晋南北朝时期，北方草原民族崛起，汉族强宗大姓大量南迁，辽夏金元称雄黄准以北时，又有许多衣冠士族随着宋朝南渡。
经此两次巨变，北部中国的家族、宗族势力由强转弱，南部中国尤其江南一带，家族、宗族势力由弱而强。江南、江西、闽浙、湖广以及岭南诸地，一乡或数乡聚族而居，有众至数千户者，建祠堂、置义田、筑墓庐、修谱牒，所在多有。
家族是以家统族的基层社会组织。或为数世同居共灶的大家庭，或以一个同居共灶大家庭统辖形成众多族人附户的家族群体。
其组织类型主要包括“义门”式家族和核心式家族。“义门”式家族规模庞大，一般设一名宗子主持本族祭祀，一名家长、数名副家长统理家族义田、义塾等事务，家长一般由族众公推家中功名爵禄最高的尊长来担任。
这种大家族内部的小家庭，普遍各存私财、各营私利，但将涉及全家族公共事务的事情，交由家族统一管理。核心家族介于家族与宗族之间，通常以一个大家庭为核心，在其周围形成虽有血缘关系但却各家分灶而食，松散联系的组织。
处于核心的家庭往往是地方有财有势的官僚世家、强宗富户或书香门第。处于外缘的家庭承认核心家庭在处理、协调大家族事务时的权威性。这种组织形式极其松散，多存在于宗族制度不够发达的北部中国。就全社会而言，小家庭仍是社会的基本单位。
宗族是以宗统族的基层社会组织，在聚族而居各家分灶的家庭基础上，通过“立宗收族”的手段组成。
一种是官僚地主或富户为宗，向上追附共同始祖，向下以自己的宗枝为统系收拢同族家庭，建立新的宗族组织；一种是在原有血缘宗统基础上，按照宋代以来新的宗族组织原则，择立族长，进行宗族整合而形成的宗族组织；还有一种并非人为组织起来的类型，是在官僚或者缙绅之家周围自然形成的族人松散联合组织，亦可称为核心式家族组织的外延。宗族一般比家族人口多，血缘关系也更为复杂。
清代宗族组织设有以宗子、族长为首的管理机构。宗子又称主奉、主祭，是有祖宗代表身份的全族最高首脑。族长又称宗长、族正、族首、祠长、户长等，一般情况下是宗子的副手，也有的宗族之族长同时也是宗子；还有的宗族宗子是名誉领袖，族长是实权首脑。
宗子、族长一般情况下由合族公推产生，辈分、道德、爵秩、资财是其推举的标准，而资财往往起决定性作用，有些时候宗子、族长产生后，要报地方州县备案。
宗子、族长是族权的代表。其中包括：第一，宗族祭祀权，以祖宗继身名义代祖宗立言行事；第二，家法族规执行权，对犯有"忤逆奸盗"之族人，依家法惩罚，直至处死（须报地方政府备查）；第三，族内行政、教化、裁判之权，监督甚至主持族人的嫁娶、立嗣、财产继承、买卖、过户；第四，族内共有财产的支配权，管理族田收入，作为祭祀、救济、修谱、建祠、恤孤贫、奖进学等支出；第五，主持乡约月奖等族内的教化权。
宗族组织皆建有祠堂，作为供奉祖先神主、接待宗族宾朋、合族祭祖、处理族内事务、执行家法族规的场所。宗族均有本族内部的宗族法——族规，用以规范族人的思想行为、调整族内人际关系和处罚违规犯禁的族人。
宗族组织均有以族田为主要形态的族产，祭田、墓田、义塾田、赡族田等，名称各异。清代族田发展较快，多者上万亩，少者数百亩。其来源一般包括初立宗族者留传、族人捐置、族内集资购买、族人分家时抽留，其地租收入是宗族所有公共活动的物质基础，故皆禁止典卖。
宗族组织皆修有族谱，追忆本族的由来，考订始祖，明晰族中世系，修订家法族规，记载族人科第与事功，其目的在于慎终追远，增强阖族的凝聚力。
清代家族、宗族制度与保甲制度相表里，对基层社会之控制、贫弱社会成员之赡济、乡村社会之教化等均曾发挥积极作用。
但是，家族、宗族毕竟是血缘关系为纽带的基层组织，一些强势宗族，庇护族人，蔑视有司，干预司法的弊端相当多见。尤其是在闽粤大族之间，争山场，争风水，争坟地，常有械斗，动辄殴毙数十上百人。
史载："闽省械斗之风，泉、漳尤甚。缘民俗犷悍，生齿日繁，仇怨甚深。且聚族而居，大者千余户，小者亦百数十户，大户欺凌小户，小户忿不能平，亦即纠合亲党，抵敌大户。每遇雀角微嫌，动辄鸣锣号召，千百成群，列械互斗，其凶横若此。"
三、民间秘密社会
里甲、保甲、坊厢是清朝统治者从上而下推行的组织，家族、宗族是清朝统治者认可的基层组织形式，此外还有一类基层社会组织——民间秘密结社，则是清朝统治者所不允许的非法组织，尤其在雍乾时期，曾三令五申予以取缔。
清军入关之初，强制推行剃发、易服、逃人法等压迫政策，民族矛盾激化。各民族的武装抗清斗争失败后，故明遗民和具有强烈反清思想的人士，将反清复明的希望寄托到秘密结社之上，以反清为职志的天地会、哥老会等民间秘密结社遂活跃起来。
乾隆、嘉庆以降，清王朝的土地兼并恶性膨胀，吏治严重腐败，官民空前对立，加之自然灾害频仍，以民间秘密宗教为组织形式的民变接连发生。
在清代存留至今的历史档案中，涉及民间秘密宗教的民变案件有215宗，涉及的秘密宗教团体和秘密组织有白莲教、罗教、天理教、先天教、八卦教、闻香教、荣华教、红阳教、白阳教、清水教、天地会、哥老会、青帮、黑帮、白帮等60多个。
如此众多的民间秘密宗教和秘密团体，大致可分为3类：一类为宗教属性，如白莲教、罗教、先天教、八卦教；另一类为政治团体，包括天地会、哥老会；第三类是流氓、地痞组成的民间帮会，既非宗教属性也非政治属性，如黑帮、白帮等。
白莲教和罗教是清代民间规模最大的秘密组织，在全国各地蔓延滋长，形成各种不同名目的教派。其信徒信奉“真空家乡，无生老母”八字“真言”，宣扬“弥勒转世”，以《五部六册》为教义经典，信众烧香礼佛，宵聚昼散。
参加者主要是以农民为主的下层劳苦大众，川、楚、陕、冀、鲁、豫、湘、鄂、闽、台等地信众尤多。下层劳苦民众入教，往往以祈求消灾疗疾，行善积德为目的。
但在怀有政治野心的教首诱导下，或因天灾人祸的激发，长期郁结的对现实社会的不满可能爆发为公开的反叛。嘉庆元年（1796）的川楚陕白莲教运动，嘉庆十八年（1813）李文成、林清为首的天理教反清斗争等，都给清王朝以沉重的打击。
天地会，又称添弟会、三点会、三合会，会内总称"洪门"。是清代盛行于南方的以反清复明为目的的民间秘密团体。关于它的起源、创建者，至今仍聚讼纷纭。天地会以异姓结拜方式组织信众，成员以浪迹江湖的无业游民、手工业者为多，乾隆后期发展迅速，其活动持续到民国时期。后来蜕变为一般的民间结社，至今在海外华侨中，仍有“洪门”名目。
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