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导语

心脏作为生物学领域跨尺度研究的核心对象,系统展现了从离子通道行为到全心脏动态的复杂多样性。本期我们邀请到加州大学洛杉矶分校 David Geffen 医学院与鹏城实验室博士后潘静武来分享,探索如何通过多尺度建模,连接分子、细胞和组织的动力学过程,深入揭示钙火花、钙波等核心现象的机制。我们将讨论这些模型如何为理解心律失常等疾病机制提供新视角,并探讨数字孪生技术在个性化医疗中的潜在应用,展现心脏科学从微观到宏观的创新路径。读书会将于本周六上午9:00-11:00进行,欢迎感兴趣的朋友报名参与!

内容简介

此次分享以“多尺度心脏数字孪生”为主题,详细介绍了心脏多尺度建模与仿真技术的背景、方法及应用。内容涵盖从单细胞水平到器官和人体系统的多尺度建模,展示了利用高性能计算和仿真技术研究心脏生理及病理过程的最新成果。报告还探讨了触发性活动引发的心律失常机制、药物毒性评估及临床治疗优化等领域的研究进展,展示了平台在药物研发、疾病诊断与治疗指导中的应用潜力。

内容大纲

背景介绍

  • 心脏建模的重要性及研究背景

  • 心脏疾病的临床现状及治疗手段

多尺度建模与仿真方法

  • 微观至宏观的多尺度信息抽取策略

  • 单细胞膜电位仿真及 T 管网络建模

  • 心脏组织及器官建模技术

  • 仿真性能优化与计算资源需求

典型应用示例

  • 触发性活动(EAD 和 DAD)及其导致的心律失常仿真

  • 基于仿真的药物心脏毒性评估

  • 心电图仿真与治疗效果指导

  • 成纤维细胞与心肌细胞耦联机制研究

阶段性成果

  • 多模态仿真数据生成

  • 针对心脏疾病的优化治疗建议

总结与展望

  • 当前平台的应用方向

  • 未来发展目标及技术挑战

核心概念

心脏多尺度建模Multiscale Cardiac Modeling):从单细胞到整体器官的层次化建模方法(A hierarchical modeling approach ranging from single cells to whole organs)

机电耦合Electromechanical Coupling):描述细胞电活动与机械收缩的耦合作用(Describes the coupling between electrical activity and mechanical contraction in cells)

触发性活动Triggered Activity):EAD 和 DAD 引发的室性早搏及心律失常(Premature ventricular contractions and arrhythmias caused by EAD (Early Afterdepolarization) and DAD (Delayed Afterdepolarization))

药物毒性评估Drug Toxicity Assessment):通过仿真技术预测药物的心脏毒性(Predicting cardiotoxicity of drugs using simulation technologies)

主讲人

潘静武,博士后,现任职于 UCLA David Geffen 医学院,同时受聘于鹏城实验室,主要研究方向为心脏电生理多尺度建模与深度学习算法应用。隶属于宋震团队,参与虚拟人体应用研究,致力于攻克心脏多尺度建模中的关键科学难题。潘静武博士具有力学专业背景,擅长非线性动力学、多尺度建模及高性能计算,在复杂生物系统建模领域表现突出。

时间:12月28日(周六)上午9:00-11:00

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参考文献

[1] Qu, Zhilin, et al. Multi-scale modeling in biology: how to bridge the gaps between scales?. Progress in biophysics and molecular biology 107.1 (2011): 21-31. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0079610711000514

[2] Qu, Zhilin, Dasen Yan, and Zhen Song. Modeling Calcium Cycling in the Heart: Progress, Pitfalls, and Challenges. Biomolecules 12.11 (2022): 1686. https://www.mdpi.com/2218-273X/12/11/1686

[3] Song, Zhen, Zhilin Qu, and Alain Karma. Stochastic initiation and termination of calcium-mediated triggered activity in cardiac myocytes. Proceedings of the National Academy of Sciences 114.3 (2017): E270-E279.

https://www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.1614051114

[4] Qu, Z., Hanna, P., Ajijola, O. A., Garfinkel, A. & Shivkumar, K. Ultrastructure and cardiac impulse propagation: scaling up from microscopic to macroscopic conduction. J. Physiol.n/a, (2024).

[5] Tsumoto, K. et al. Specific decreasing of Na+ channel expression on the lateral membrane of cardiomyocytes causes fatal arrhythmias in Brugada syndrome. Sci. Rep.10, 19964 (2020).

[6] Wang, Y. et al. Fibroblasts in heart scar tissue directly regulate cardiac excitability and arrhythmogenesis. Science381, 1480–1487 (2023).

[7] Bers, D. M. Cardiac excitation-contraction coupling. Nature415, 198–205 (2002).

[8] Song, Z., Ko, C. Y., Nivala, M., Weiss, J. N. & Qu, Z. Calcium-Voltage Coupling in the Genesis of Early and Delayed Afterdepolarizations in Cardiac Myocytes. Biophys. J.108, 1908–1921 (2015).

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