海军舰队指挥部（驻台湾高雄市左营区—— “？？部队”）
指挥官： 一位，中将。
副指挥官： 一位，少将。
参谋长： 一位，少将。
副参谋长： 三位（作战、后勤、航空），上校。
政战主任： 一位，少将。
政战副主任： 一位，上校。
士官督导长： 一位，一等士官长。
本部单位
人事综合处 ，主管：上校处长。
情报处 ，主管：上校处长。
作战处 ，主管：上校处长。
战系处 ，主管：上校处长。
后勤处 ，主管：上校处长。
主计处 ，主管：上校处长。
督察室 ，主管：上校主任。
舰队作战中心（舰战） ，主管：上校主任。
数据链路训测暨修管中心 ，主管：上校主任。
保防安全组，主管 ：上校组长。
政战综合组 ，主管：上校组长。
文宣心战组 ，主管：上校组长。
公共事务组 ，主管：上校组长。
法律事务组 ，主管：上校组长。
勤务中队 ，主管：士官长中队长。
舰队
海军第一二四舰队 ，舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一三一舰队 （含2014年“精粹案”并入之原海军海蛟大队所辖光华六号导弹快艇、2015年成军之沱江级巡逻舰），舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一四六舰队 ，舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一五一舰队 ，舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一六八舰队 （含2014年“精粹案”并入之原海军二六一战队所辖基隆级驱逐舰），舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一九二舰队 ，舰队长：少将，副舰队长：上校。
战队
海军二五六战队 ，战队长：少将，副战队长：上校。
海军海洋监侦指挥部 ，指挥官：少将。
海军金门基地指挥部 ，指挥官：中校。
海军马祖基地指挥部 ，指挥官：中校。
海军东引基地指挥部 ，指挥官：少校。
大队
海军反潜航空大队 ，大队长：上校。
海军海锋第一大队 ，大队长：上校。
海军海锋第二大队 ，大队长：上校。
海军海上战术侦搜大队 ，大队长：上校。
海军乌坵连络组
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