部本部单位

    • 战略规划司：司长室、战略研析处、国防政策处、建军规划处、军制编装处

    • 资源规划司：司长室、人力资源处、财物资源处、科技企划处，兼办财团法人国防工业发展基金会

    • 法律事务司：人权保障处、法律服务处、法规研审处、诉愿权保处

    • 整合评估司：司长室、效益评估处、模式模拟处、国防净评估处

    • 总督察长室

    • 国防采购室

    • 政务办公室：政务综合处、公共事务处、文书档案处、总务管理处、史政编译处

    • 人事室

    • 政风室

    • 主计室

  • 常设性任务编组：

    • 法规会

    • 诉愿审议会

    • 官兵权益保障会

    • 国家赔偿事件处理会

    • 教师申诉评议委员会

    • 性别平等教育委员会

    • 国防事务涉密审查会

    • 安全调查办公室

  • 直属机关（构）

    • 军事新闻处

    • 政治作战局

    • 军备局

    • 军医局

    • 主计局

    • 全民防卫动员署

  • 研究机构

    • 国家中山科学研究院（监督行政法人，国防科研机构）

    • 国防安全研究院（公设财团法人，国防部智库）

  • 直属单位

    • 国防部勤务大队

    • 国防部医务组联合诊所

军事机关

负责执行军队指挥，军事机关及其所属部队得编配参谋本部。

    • 国防部陆军司令部（负责执行陆军部队指挥）

    • 国防部海军司令部（负责执行海军部队指挥）

    • 国防部空军司令部（负责执行空军部队指挥）

军事机构

    • 宪兵指挥部

    • 资通电军指挥部

军事法院

    • 战区临时法庭（战时）

    • 作战区临时法庭（战时）

    • 特定部队临时法庭（战时）

    • 国防部高等军事法院（战时）

其他

    • 国防大学

    • 国防医学院

    • 中华民国陆军军官学校（陆军官校）

    • 中华民国海军军官学校（海军官校）

    • 中华民国空军军官学校（空军官校）

    • 空军航空技术学院（空军航院）

    • 陆军专科学校（陆军专校、陆军士校）

    • 中正国防干部预备学校（中正预校）

    • 国防部大直非营利幼儿园

    • 国防工业发展基金会（业务由资源规划司兼办）

    • 驻美军事代表团（直属国防部）