赵忠茂关于干旱缺水的新论主要内容如下：

1. 洪水减少打破自然循环：40年前内蒙古夏天洪水丰富，能为河流湖泊和地下水补水，形成良性循环。后来洪水减少甚至消失，湖泊干涸，地下水无法补充，生态陷入恶性循环。

2. 地表水流路径改变：90年代后，人为干预使地表水流路径支离破碎。水土流失治理阻断雨水自然汇聚，小塘坝建设也无法恢复自然循环。

3. 森林面积变化的影响：内蒙古森林面积大幅增加，树木根系吸收深层地下水且蒸发量大，还破坏地表径流，使雨水难聚集形成洪水，导致河流湖泊干涸，地下水无法补充。

4. 人类活动破坏地表蓄水系统：人类过度疏导河流，使其失去自然调蓄功能，河水快速入海，无法补充地下水；大规模平整土地，破坏自然蓄水地形，雨水迅速形成径流流失；填充池塘、河道、湖泊，改造湿地洼地，使自然蓄水空间减少，水调节气温功能丧失，气候变化加剧，降雨量减少，形成干旱恶性循环。

5. 对传统治水观念的反思：不应仅将洪水视为灾害，而应借鉴西班牙等国家的经验，注重洪水资源化利用，实现洪水管理与水资源保护的有机结合。

6. 质疑温室效应理论的误导性：认为过度强调温室效应在水资源管理方面可能存在误导性，会使人们忽视人类活动对水资源的直接影响，导致水资源管理政策偏差。