在全球范围内，抗菌药物耐药性 （AMR） 已成为公共卫生的重大威胁。养老院作为老年人长期居住的场所，往往是多重耐药菌 （如ESKAPE病原体） 和新兴真菌病原体 （如耳念珠菌 Candida auris） 的“温床”【1, 2】。这些病原体不仅增加了患者的发病率和死亡率，还通过患者在不同医疗机构之间的转移，进一步扩散到更广泛的医疗网络中。然而，传统的病原体检测方法依赖于培养和分离单个菌株，这种方法不仅耗时，而且无法全面反映病原体在群体中的传播动态。随着宏基因组测序技术的发展，研究人员现在可以通过高通量的测序手段，直接从环境或宿主样本中获取病原体的基因组信息，从而更全面地了解病原体的传播路径和耐药性基因的分布。

近日，来自NIH的Julia A. Segre团队在Nature杂志上发表了一篇题为Clonal Candida auris and ESKAPE pathogens on the skin of residents of nursing homes的文章，他们通过对养老院内个体皮肤、鼻腔和肛周样本进行宏基因组测序，证实了病原体在养老院居民之间的克隆共享现象，提出皮肤不仅是耳念珠菌 Candida auris 和ESKAPE等病原体的储库，还可能成为院内感染和跨区域传播重要源头的观点。这些发现强调了在养老院中实施全面感染控制措施的重要性，以防止多重耐药病原体的传播。

该团队对57名养老院居民的皮肤、鼻腔和肛周部位进行了为期三个月的连续采样，其中42名居民的样本被用于深度宏基因组测序。基于测序数据，他们构建了一个包含4935个细菌宏基因组组装基因组 （MAGs） 和183个真菌MAGs的基因组目录，最终，他们在21名居民的皮肤样本中检测到了38个近乎完整的耳念珠菌MAGs。随后，该团队进一步分析了居民皮肤上携带的碳青霉烯酶基因，通过回顾性分析伊利诺伊州广泛耐药菌 （XDRO） 登记处的公共卫生监测报告，他们发现9名居民在数月前已被报告为碳青霉烯耐药菌的携带者，而皮肤宏基因组测序结果进一步证实碳青霉烯酶基因 blaKPC、blaNDM 和 blaVIM的存在，这些基因不仅在肛周和腹股沟褶皱部位被检测到，还在指尖、趾蹼和鼻腔等部位被发现，表明皮肤可能是这些耐药基因的长期储库。

通过平均核苷酸一致性 （ANI） 网络分析和系统发育树构建，该团队发现耳念珠菌和大肠杆菌的MAGs在多个居民之间高度相似 （≥99.95%） ，表明这些病原体在养老院内存在克隆传播。例如，K. pneumoniae 的MAGs在12名居民中形成了一个大的克隆群，而 A. baumannii 的MAGs则在5名居民中形成了一个克隆群。通过对74个耳念珠菌分离株基因组进行分析，该团队发现耳念珠菌在养老院内和芝加哥大都市区域内存在克隆传播。例如，来自同一居民不同身体部位的耳念珠菌分离株在SNP水平上高度相似，表明这些分离株可能是通过自体接种或同时接种多个部位而传播的。此外，耳念珠菌的克隆株在不同养老院和急性护理医院之间存在跨区域传播。

综上，这项工作证明养老院居民的皮肤不仅是耳念珠菌和多重耐药ESKAPE病原体的储库，还可能是这些病原体及其耐药基因传播的重要源头，强调了在养老院中实施全面感染控制措施的必要性，尤其是在皮肤和鼻腔等部位的病原体定植监测和去定植干预方面。

https://doi.org/10.1038/s41586-025-08608-9

制版人：十一

参考文献

1. World Health Organization WHO Bacterial Priority Pathogens List, 2024 (World Health Organization, 2024).

2. World Health Organization WHO Fungal Priority Pathogens List To Guide Research, Development and Public Health Action (World Health Organization, 2022).

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