肿瘤微环境的主要成分是肿瘤细胞和免疫细胞。 肿瘤细胞（Tumor Cells）是肿瘤微环境中的核心部分，具有高度的异质性。 免疫细胞（Immune Cells）： 免疫细胞种类多样，包括 T 细胞、B 细胞、NK细胞和髓系胞细胞等，错综复杂 。单细胞测序数据分析中，区分免疫细胞和非免疫细胞是肿瘤免疫研究的关键。
2019年5月，免疫顶刊Immunity发表题为Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species的研究论文。文中提出了非免疫细胞的Marker基因：
Cells were defined as non-immune if belonging to a cluster low for PTPRC (gene for CD45) and high for any of the following genes: MUC5A (goblet cell marker), KRT5 (basal epithelial cell marker), SFTPD (secretory cell marker), EPCAM (pan-epithelial cell marker), CDH5 (endothelial cell marker), COL1A2 and ACTA2 (fibroblast markers).
人类（Human）免疫细胞Marker基因
1. 肿瘤相关巨噬细胞TAMs：LYVE1、SPP1、APOE、TREM2、FABP5、 C1QA/B/C、CD9。功能亚群：
促血管生成TAMs：高表达 SPP1、APOE、TREM2。
抗炎/稳态TAMs：表达 MRC1（CD206）、CD163、MAFB。
2. 树突状细胞（DCs）：
cDC1（经典1型树突状细胞）：CLEC9A、XCR1、BATF3、CADM1
cDC2（经典2型树突状细胞）：CD1C、FCER1A、CLEC10A（CD301）
浆细胞样DC（pDC）：LILRA4、CLEC4C（CD303）、IRF7
3. 单核细胞（Monocytes）
经典单核细胞：CD14、VCAN（Versican）
非经典单核细胞：CD16（FCGR3A）、CDKN1C、LILRB2
中性粒细胞相关单核细胞：S100A8、S100A9、CSF3R
4. 中性粒细胞（Neutrophils）
保守亚群：S100A8/A9（钙结合蛋白）、MMP8/9、CSF3R
肿瘤相关亚群：CCL3、CSF1、CSTB、CTSB（半胱氨酸蛋白酶抑制剂）
I型干扰素应答亚群：IFIT1、IRF7、RSAD2
5. 肥大细胞（Mast Cells）：TPSAB1、CPA3、KIT（CD117）
6. 其他免疫细胞
T细胞：CD3D（泛 T 细胞）、CD8A（细胞毒性 T 细胞）、FOXP3（调节性 T 细胞）
B细胞：CD79A、MS4A1（CD20）
NK细胞：NKG7、GNLY（颗粒溶素）
小鼠（Mouse）免疫细胞Marker基因
1. 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）
保守Marker：Lyve1、Spp1、Apoe、Trem2、C1qa/b/c、Fabp5、Cd9
肿瘤富集亚群：Siglecf（唾液酸结合Ig样凝集素F）
2. 树突状细胞（DCs）
cDC1：Xcr1、Clec9a、Batt3
cDC2：Itgax（CD11c）、Cd11b、Clec10a
浆细胞样DC（pDC）：Siglech（CD303同源物）、Irf7
3. 单核细胞（Monocytes）
经典单核细胞：Ly6C（Ly6c1/2）、Ccr2
非经典单核细胞：Cx3cr1、Fcgr4（CD16）
中性粒细胞相关单核细胞：S100a8/a9、Csf3r
4. 中性粒细胞（Neutrophils）
保守亚群：S100a8/a9、Mmp8/9、Csf3r
肿瘤相关亚群：Ccl3、Csf1、Ctsb
I型干扰素应答亚群：Ift1、Irf7、Rsad2
5. 肥大细胞（Mast Cells）
Tpsab1、Cpa3、Kit
跨物种保守性的Marker基因
巨噬细胞：LYVE1/Lyve1、SPP1/Spp1、APOE/Apoe和C1QA/B/C/C1qa/b/c
cDC1：人类 CLEC9A 对应小鼠 Clec9a，XCR1/Xcr1 在cDC1中保守。
中性粒细胞：肿瘤相关亚群的趋化因子（CCL3/Ccl3）和补体相关基因（C1QA/C1qa）
Nucleic Acids Res. 2018 Apr 6;46(6):e36.
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