进口日本食品清关需要国内收货人具备一定资质，并准备相关文件资料，按照特定流程进行操作。具体如下：
国内收货人资质
进出口权。
海关注册登记证。
签约通关无纸化。
进口食品收货人备案。
清关文件资料
输华产地证。
卫生证。
生产日期 & 保质期证明。
外包装彩色照片和翻译件。
若为木托盘，需有 IPPC 标识。

商业发票（Invoice）。
装箱单（Packing List）。
外贸合同。
境外生产商注册号。
部分产品需提供放射性检测报告，如蔬菜及制品、水产品及水生动物、茶叶及制品等。
清关流程
确认进口食品原料和生产工厂不在日本辐射产区，包括福岛县、群马县、栃木县等。
检查境外生产商是否已注册，若未注册，对于肉与肉制品、水产品等 18 类食品，需由所在国家（地区）主管当局向海关总署推荐注册；对于其他食品，可由企业自行或委托代理人向海关总署提出注册申请。
准备清关文件，国外发货。
国内收货人进行收发货人备案。
货物到港后，向海关报关。
海关审核单证，确定关税等税费，进口商缴纳税费。若海关查验，需配合查验。
检验检疫部门进行抽样检验（有概率），检验合格后出具入境货物检验检疫证明，此时货物方可销售。