6月15日下午至6月16日凌晨，以色列与伊朗双方继续展开了大规模军事行动，包括空袭、暗杀和报复性导弹袭击。

以色列国防军发言人纳达夫·肖沙尼中校，在6月15日晚间接受采访时表示，以色列已经“消灭了伊朗政权的所有高级指挥官”。他强调，以色列“将继续行动，直到我们认为已经消除了生存威胁”。

路透社援引海湾地区两位匿名消息人士的话报道称，自以色列对伊朗发动袭击以来，至少14名伊朗核科学家在袭击中身亡。消息人士透露，这些袭击手段包括汽车炸弹和精准打击，目标锁定伊朗核计划的关键人物。

6月15日，伊朗革命卫队情报部门负责人穆罕默德·卡泽米及其副手在以色列袭击德黑兰时身亡。内塔尼亚胡在采访中告诉福克斯新闻主播：“我可以告诉你，我们在德黑兰抓到了他们的首席情报官和他的副手。”

情报部门负责人穆罕默德·卡泽米及其副手

同一天，伊朗警察局长萨达尔·拉丹据报在以色列的行动中被暗杀。据称，该局长是在德黑兰遭摩萨德近距离射杀。

警察局长萨达尔·拉丹

伊朗卫生部16日凌晨公布了最新的伤亡数字。发言人侯赛因·克尔曼普尔表示，自周五以来，共有 224 人丧生，另有1277人受伤，其中522人已出院。此前人权组织称，以色列袭击伊朗已造成至少 406 人死亡，另有 654 人在袭击中受伤。

以色列国防军从15日下午至夜间，继续对伊朗发动大规模空袭，目标包括伊朗国防部、外交部、防空系统基地、军用机场、核研究中心及情报机构核心人员。此次打击被以方称为“结构性斩首行动”，目的是“从中枢瓦解伊朗的战争能力”。

据以色列媒体N12报道，以方预计将在本周一对伊朗居民发布大规模撤离令，以避免军事设施周边的民用设施遭到袭击。与此同时，伊朗官方媒体证实，德黑兰城区发生数起爆炸，大量民众已开始向北部山区撤离，首都主要出口交通严重拥堵。

在以色列打击持续进行的背景下，伊朗于15日下下午至晚间也对以色列发动新一轮报复性袭击。据以军发布通报，伊朗向以色列中部和北部城市发射多枚导弹和无人机，袭击覆盖特拉维夫、海法、雷霍夫特、巴特亚姆等地。

6月15日星期日，以色列“铁穹”防空系统在以色列特拉维夫上空发射导弹拦截导弹。

以色列军方称，有7人在袭击中受伤，包括一名72岁女性。“铁穹”防空系统在此次攻击中启动，并成功拦截了部分来袭目标，但仍有导弹落入民用区域，造成一定程度的破坏。