1959 年，邱会作正式接过总后勤部部长的重任。当时的总后勤部，正处于从战争年代后勤体系向现代化后勤保障体系转型的关键时期，邱会作敏锐地意识到，干部队伍的优化调整是推动后勤工作迈向现代化的关键一步。上任伊始，他便雷厉风行地展开了一系列干部调整工作。​

在战争年代，由于战事紧迫、环境复杂，后勤工作缺乏统一的统筹规划和明确规范。各大战区为了适应各自的作战需求，往往形成了相对独立的后勤保障体系，呈现出自成一体、各自为政的局面。在这样的大背景下，军事指挥层更倾向于将作战能力强、身体素质好的干部派往前线，而将一些身体状况欠佳、年龄较大的老干部安排在后勤岗位。这种安排在当时的战争环境下，或许是无奈之举，但长期积累下来，却在前线与后勤之间埋下了矛盾的种子。前线指挥官们在作战过程中，频繁遭遇后勤物资供应不及时、保障不到位等问题，久而久之，对后勤部门形成了偏见，认为后勤工作效率低下，难以满足高强度战斗的需求。​
新中国成立后，特别是抗美援朝战争取得胜利，中国军队在现代化战争的洗礼中，深刻认识到后勤保障在战争中的关键作用。总后勤部的地位和作用也随之显著提升，后勤保障不再被视为战争的附属工作，而是被提升到与作战指挥同等重要的战略高度。然而，历史遗留问题和战后人事安排的复杂性，给总后勤部的发展带来了诸多挑战。战争结束后，总政部出于对老干部的安置考虑，多次将离退休老干部分配至总后勤部。这导致部分岗位出现多人重叠任职的现象，原本一个职务可能会安排多位负责人员，几个人共同承担一项工作的情况屡见不鲜。这种看似对老干部关怀的安排，实际上却使得后勤工作流程变得繁琐，职责划分不清晰，严重影响了工作效率的提升。​
与此同时，在干部管理方面，当时并没有建立完善的离退休制度。只要老干部身体状况允许，就可以继续留在工作岗位上。这使得一些年长且身体欠佳的干部长期占据着重要岗位，尽管他们有着丰富的革命经验，但在实际业务处理中，受限于身体条件和知识更新的滞后，工作效率明显低下。为了打破这种局面，提升总后勤部的整体工作效能，邱会作果断决定启动干部调整改革工作。​
邱会作经过深入调研和审慎思考，制定了一套独特的干部调整策略。他认为，对于那些资历深厚、为革命事业做出过重要贡献的老干部，应该给予适当的尊重和提拔。在他的推动下，张池明、汤平、韩振纪、张天云四位中将从二机部调任至总后勤部，分别担任副政委和副部长等重要职务。这一调整举措，一方面提升了老干部们的职级待遇，肯定了他们的历史功绩；另一方面，也为年轻有为、业务能力突出的干部腾出了关键岗位，为总后勤部注入了新的活力。​
总后勤部的组织架构中，设有 12 个二级部长职位。在这些重要岗位上，红军时期的干部有 7 名，抗战时期的干部有 5 名。这样的人员配置在总后勤部的历史上是前所未有的，既体现了对革命先辈的尊重和传承，又为年轻干部提供了成长和发展的空间。这种新老结合的干部梯队，使得总后勤部在保持丰富经验传承的同时，也能够不断吸收新鲜血液，适应时代发展的需求。​
在干部提拔过程中，邱会作并非一帆风顺，也遭遇了不少阻力。以杨恬的提拔为例，当邱会作提议将杨恬提升为总后勤部参谋长时，内部出现了明显的意见分歧。杨恬是一名典型的 “三八式” 干部，自抗战时期就投身革命事业，最初参与政治宣传工作，凭借出色的宣传能力和组织才能，为革命思想的传播和动员群众做出了重要贡献。解放战争期间，他转战后方，担任华北军区后勤部参谋处处长，在军务管理和后勤保障规划方面展现出卓越的才能。新中国成立后，杨恬继续在总后勤部发光发热，先后担任秘书处处长、计划局代局长等职务，并因工作表现优异被授予校级军衔。此后，他的职务不断晋升，担任总后勤部副参谋长兼计划局局长，达到正军级。1964 年，杨恬凭借在后勤工作中的突出贡献，晋升为少将。​
尽管杨恬有着丰富的工作经验和卓越的工作成绩，但在被提拔为参谋长时，仍有少数人在党组常委会议上对他的提名表示反对。面对这种情况，邱会作没有轻易放弃，而是积极开展说服工作。他耐心地向反对者阐述杨恬的工作能力和过往贡献，分析其担任参谋长一职对总后勤部发展的重要意义。同时，邱会作也做好了充分准备，如果说服工作无法奏效，他将严格按照组织原则，采用少数服从多数的方式来解决这一争议。最终，在邱会作的努力下，大多数成员的支持意见占据上风，杨恬的任命得以顺利通过。​
邱会作主导的总后勤部干部调整工作，不仅有效优化了干部队伍结构，提升了后勤工作效率，还为总后勤部的现代化建设奠定了坚实的人才基础。这一系列调整举措，得到了总政部的高度认可和赞扬。总政部认为，总后勤部在邱会作的领导下，在干部选拔任用和自我调节方面展现出了卓越的能力和高效的执行力，为全军后勤系统的干部管理工作树立了良好的榜样，也为中国军队后勤保障体系的现代化发展提供了宝贵的经验借鉴。