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膜蛋白(尤其是质膜相关蛋白)在细胞信号传导中起核心作用,其异常与多种疾病(如癌症)相关。
目前大多数药物(如抗体、小分子抑制剂)虽能靶向膜蛋白,但仍存在耐药性、毒性、靶点不可及性等问题。PROTAC等蛋白降解技术虽成功降解胞内蛋白,但对膜蛋白效果有限,因其主要通过溶酶体途径(如内吞、自噬)降解。
近日,安进(Amgen)公司的科学家在Nature Communications上发表最新研究,介绍了一种名为溶酶体膜靶向嵌合体(Lysosome Membrane Targeting Chimeras,LYMTAC)的小分子技术平台。这种双特异性小分子通过与半衰期很短的溶酶体膜蛋白(LMP)结合,可以将靶点蛋白拉到溶酶体中降解。
即便目标蛋白最终没有被降解,只要它被重定位到溶酶体膜上,就能有效阻断其信号传导功能。这意味着,LYMTAC不仅能够通过降解(事件驱动)来消除致病蛋白,还能通过重定位(占位驱动)来发挥抑制作用。
如图1A所示,LYMTAC是一种双功能性分子,由三部分组成:
POI ligand(结合目标蛋白的小分子配体);
LMP ligand(结合溶酶体膜蛋白的小分子配体);
Linker(连接两者的化学链)。
LYMTAC与PROTAC的不同之处在于,PROTAC分子的一端与E3泛素连接酶结合,而LYMTAC分子的一端则与溶酶体表面表达的LMP结合;LYMTAC与LYTAC的不同之处在于,LYTAC一般由抗体-配体组成,是一种大分子,而LYMTAC是一种双功能小分子,因此在药物形式上更小巧灵活。
图1. LYMTAC的开发
在初步实验中,研究人员首先验证了LYMTAC-1(多激酶抑制剂+MTH1配体),发现其可以选择性降解膜定位的激酶(如EPHA2、INSR和TGFBR2),而几乎不影响胞内激酶。于是他们构建了LYMTAC-2(FKBP12F36V配体+MTH1配体),用于降解难成药靶点KRASG12D。
实验结果显示,LYMTAC-2能部分降解KRASG12D,这一过程依赖于溶酶体膜蛋白RNF152,且需要泛素化和溶酶体功能(被TAK-243和BafA1抑制)。免疫共沉淀实验显示,LYMTAC-2可诱导KRASG12D泛素化。值得注意的是,即使在阻断降解的情况下,KRAS被强制锚定在溶酶体膜上,依然会导致其下游ERK信号的抑制。
图2. LYMTAC诱导KRASG12D泛素化和溶酶体降解
接下来,研究团队设计了基于pan-KRAS抑制剂的LYMTAC-4。在AsPC-1(胰腺癌细胞,KRASG12D突变)细胞中,LYMTAC-4可以降解KRASG12D并抑制ERK信号,且杀伤细胞效果优于KRAS抑制剂或PROTAC。洗脱实验显示,KRAS抑制剂停药后信号迅速反弹,而LYMTAC-4的抑制作用则更加持久稳定。
图3. KRAS的重定位与持续信号抑制
除RNF152外,研究人员还测试了LAPTM4a、LAPTM5等膜蛋白,这些膜蛋白也能与LYMTAC协作降解KRASG12D。这一发现表明,LYMTAC不仅可以针对某一个效应器,还具有更广阔的拓展潜力。
图4. 将LYMTAC平台扩展到其他LMP
总体来说,LYMTAC具有双重作用机制,对KRASG12D等难成药膜蛋白来说,不仅能直接降解,还能通过重定位抑制其活性,且药效持久,潜力更大。
图5. LYMTAC的双重作用机制
这项工作表明,LYMTAC是一种在小分子层面上,利用溶酶体膜蛋白的靶向蛋白降解平台。与LYTAC/AbTAC等抗体平台不同,LYMTAC作用于细胞内,药物形式更小、更灵活,为膜蛋白靶向药物研发提供了全新的策略,有望解决目前抗体和小分子药物的局限。
注:文章图片均来自Nature Communications
参考资料:
Dhanusha A. Nalawansha et al. LYMTACs:chimeric small molecules repurpose lysosomal membrane proteins for target protein relocalization and degradation. Nature Communications(2025)
https://www.nature.com/articles/s41467-025-63128-4
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