在美国港口费计划正式生效前，美国贸易代表办公室（USTR）宣布对该计划进一步调整，并试图澄清部分定义问题。
美国港口费计划将自2025年10月14日起对中国拥有、运营或建造的船舶，以及所有外国建造的汽车运输船征收新费用。此次调整主要针对汽车运输船市场和港口设备，意味着该计划将启动新一轮意见征询期，截止日期为11月12日。
新一轮意见征询期间，液化气运输船、液化石油气（LPG）运输船及滚装船的缴费日期延期至12月10日，其他船舶仍按原计划于10月14日起征收新费用。美国此前已明确，根据《国际船舶类型分类标准》（ICST）归类为132类的LNG运输船豁免征费。
此次意见征询的焦点之一在于汽车运输船的费率设定方式。对于汽车运输船市场，收费标准是按照“载车量”还是“净吨位”的争议一直存在。
根据6月12日公布的美国港口费计划修改版，USTR已将收费标准变更为“净吨位”，且在10月3日发布的最新收费细则中规定“自2025年10月14日起，对归类为汽车运输船或滚装船的船舶，按每净吨14美元的标准征收费用”。
不过，基于“原费用过低，无法有效推动中国取消相关行为、政策及做法” 的反馈，USTR拟将汽车运输船费率从14美元/净吨上调至46美元/净吨。
美国各方的争论点在于，若汽车运输船以“载车量”为标准，则存在被操纵的可能，而“净吨位”是美国政府采用的固定数值。
值得注意的是，该费用适用于所有外国建造的汽车运输船，不仅限于中国船舶。此举引发新的争议和批评，认为其超出《第301条款船舶费用》的授权范围，未来可能成为质疑费用的依据。
为维持最大化使用美国国旗船舶的激励机制并确保此类船舶的可用性，USTR提议对参与“海事安全计划Maritime Security Program）”的船舶予以豁免。但现行条款规定该豁免将于2029年4月18日到期，除非获得延期。
在LNG运输船领域，美国港口费计划中此前规定的“若未满足特定限制条件，USTR可暂停液化天然气运输许可”的条款被删除。USTR承认美国籍船舶的必要性及当前LNG运输船的短缺状况，同时表示将继续监测该领域进展。
在港口设备方面，包括起重机在内的货物装卸设备关税将进一步上调。橡胶轮胎门式起重机等设备将额外加征最高150%的关税。USTR认为此举将持续推动该类设备制造回流美国本土。
美国港口协会此前警告称，目前90%的港口起重机依赖中国进口，高关税将导致基础设施升级成本激增，并限制港口扩容能力。
此外，最新公布的修改意见还包括：对集装箱船和散货船领域提供补充定义；新增对特定乙烷及LPG运输船的豁免条款，但取消对中国建造的“五大湖船舶”（Lakers）的豁免；1万吨及以下船舶的豁免条款将于2029年4月18日到期，除非获得续期。
中国采取对等反制措施
在美国宣布自10月14日正式生效港口费之际，中国对此表示强烈反对并采取坚决对等反制措施。
作为回应，交通运输部于10月10日发布《关于对美船舶收取船舶特别港务费》的公告：宣布自2025年10月14日起，对美国的企业、其他组织和个人拥有船舶所有权的船舶；美国的企业、其他组织和个人运营的船舶；美国的企业、其他组织和个人直接或间接持有25%及以上股权（表决权、董事会席位）的企业、其他组织拥有或运营的船舶；悬挂美国旗的船舶；在美国建造的船舶，由船舶挂靠港口所在地海事管理机构负责收取船舶特别港务费。具体包括：
一、对上述船舶，按航次计收船舶特别港务费，分阶段实施，具体收取标准如下（不足1净吨的按1净吨计）。
（一）自2025年10月14日起靠泊中国港口的，按每净吨400元人民币计收；
（二）自2026年4月17日起靠泊中国港口的，按每净吨640元人民币计收；
（三）自2027年4月17日起靠泊中国港口的，按每净吨880元人民币计收；
（四）自2028年4月17日起靠泊中国港口的，按每净吨1120元人民币计收。
二、船舶在同一航次挂靠多个中国港口的，仅在首个挂靠港缴纳船舶特别港务费，后续的挂靠港不再收取。同一艘船舶，一年内收取船舶特别港务费不超过5个航次。
更早前的9月29日，根据修改后的《中华人民共和国国际海运条例》：
“任何国家或者地区对中华人民共和国国际海上运输及其辅助性业务的经营者、船舶或者船员采取或者协助、支持采取歧视性的禁止、限制或者其他类似措施的，除有关条约、协定能够提供充分有效的救济外，中华人民共和国政府根据实际情况采取必要的反制措施，包括但不限于向靠泊中国港口的该国家或者地区的船舶收取特别费用，禁止或者限制该国家或者地区的船舶进出中国港口，禁止或者限制该国家或者地区的组织和个人获取中国国际海上运输相关数据、信息以及经营进出中国港口的国际海上运输及其辅助性业务。”
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