吴石是父亲吴国琬和二太太董氏所生的儿子，董氏生了四个儿子，吴石排行老二，大太太王氏一直没有生育，吴石是1915年考入的保定军校，成为了第三期的学生。
保定军校在1912年由北洋军政集团创立，引进了德日先进军事教育体制，总共只办了9期，学员有6000多人。
1930年时，蒋介石侍从室主任张治中，实际上就曾把优秀的吴石推荐给老蒋当情报组组长，但老蒋当时没有采纳。
保定军校第三期的学员里，大多都是参加过辛亥革命的学生，吴石的同学有张治中、白崇禧、吴仲禧等，1916年，吴石以第一名的成绩从800多名学员中毕业，所以大家都称他为“吴状元”，总统黎元洪给吴石颁发了毕业证书。
吴石回到了家乡福州，参加了民军，并于1923年与20岁同乡王碧奎结婚，吴石比王碧奎大9岁，两人共生下了6子2女，但最终只有2子2女存活下来。
1927年，吴石任福建军事厅参谋处处长，1929年，吴石赴日留学，第二年从日本炮校毕业，又考入了日本陆军大学。
吴石去留日时，是带着妻子和三个孩子一同前去的。
吴石在日本学习的第三年，他与老友何遂在东京相聚，何遂是去日本访问的，两位好友谈了很多有关中日时局的看法与分析。
1934年，吴石又以第一名的成绩从日本陆军大学毕业，在日本待了6年的时间后，41岁的吴石带着满腹军事经纶回国了。
1937年抗日战争爆发，吴石让王碧奎带着孩子逃往重庆，4年后才与吴石在桂林会合，而吴石在白崇禧的推荐下，任第四战区参谋长，在前线奋斗。
在吴石亲手制定的“豫湘桂战役”失败后，吴石分析了失败的原因：政府腐败，专制独裁，脱离民众，而非军事装备和指挥训练。
此时吴石接到去重庆中央任职的来电，要他出任军政部部长办公室主任参事一职。
抗战结束后，国民政府从重庆返回南京，1946年，老蒋调吴石任国防部史料局局长。
吴石对国民党内部的腐败越来越失望，于是他在参加了由张君劢在1946年刚刚创办的“中国民主社会党”。
1947年，吴石加入了“三民主义同志联合会”，简称为“民联”，开始为共产党传递情报，吴艺五是吴石在地下民联的领导人，掩护吴石地下工作的，是吴石的亲戚吴长芝，吴长芝赴美留学回来后开办了大兴贸易公司，为地下工作提供了很多经费。
在吴石受老蒋之命携家眷赴台前，他让副官聂曦和王正均转移了298箱绝密资料藏于寺院里，这些资料叫《末次情报资料》，是日本驻华时，由末次太郎负责成立的情报机构“末次研究所”收集的50多种中英日在1912年到1940年期间的报纸，有755辑，2.2亿字，之后封存于厦大图书馆，极其有价值。
1949年8月16日，吴石离开福州赴台，这一别就是永远。
对于网上流传的吴石以“密使一号”在台收集重要情报的称呼，是误传的，吴石赴台后，任国防部参谋次长，以这个身份为掩护，收集了很多重要的情报通过交通员朱枫和台工委领导人蔡孝乾传回了大陆。
随着蔡孝乾的叛变，朱枫的暴露，王碧奎被谷正文诱骗，以及台湾白色恐怖的日益严峻，吴石最终被发现了，被送上了特别军事法庭，最终与朱枫、陈宝仓、聂曦4人在1950年6月10日下午4：30于马场町刑场被执行了死刑。
在狱中受尽酷刑，依然不屈，正如《沉默的荣耀》里于和伟饰演的吴石所说的那样：
“既如此，便如此！”
“若一去不回，便一去不回”！
“人生无怨无悔的事，不多”！
“自己的决心已经下得太晚了，为人民做的事太少了。现在既然还有机会，个人风险算不了什么。”
这就是吴石这一生所走过的历程，他用57年的时光，向世人证明了什么叫“生得伟大，死得光荣”！
五十七年云与月，半生戎马铸孤忠。
潜潮暗涌藏锋日，秘策深筹破壁功。
碧血已凝青史里，丹心犹照夜台中。
榕城故垒潮回处，犹作当时虎啸风。
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