出口退运货物超期，通常指超出出口放行后 1 年（一般贸易）或 6 个月（跨境电商）的原状复运期限，或是货物到港后超期未向海关申报，会面临税务、经济、货物处置及企业信用等多方面的不良后果，具体如下：
失去免税资格，高额税费无法避免：按规定，因品质或规格原因退运的货物，在规定期限内原状复运进境可免征进口关税和增值税。一旦超期，需按一般贸易方式申报进口，海关会按货物当前状态和价值重新审定完税价格，企业需全额缴纳关税与增值税，税率合计常达货值的 10%-35%。例如深圳某公司超期退运蜂窝陶瓷产品，因错报征免方式漏缴税费 2.28 万元，还额外被处以 0.68 万元罚款。
产生滞报金等额外经济成本：退运货物到港后，收货人需自运输工具申报进境之日起 14 日内向海关申报。超期未申报的，从第 15 日起海关会按货物完税价格的 0.05% 按日征收滞报金，且无上限。同时，货物超期滞留港口或海关监管仓库，还会产生高额的仓储费、堆存费，若需委托代理处理超期事务，还需支付额外的代理服务费，这些费用会随滞留时间不断累积。

货物面临被海关变卖或销毁风险：若退运货物到港后超过 3 个月仍未向海关办理申报进口或退运出境手续，海关有权提取货物依法变卖处理。若货物属于国家禁止或限制进口品类、对环境有污染等，无法退运且不符合进口规定的，海关会责令收货人在监管下销毁，销毁费用还需由收货人自行承担。变卖所得款项会优先抵扣变卖、运输等费用，再扣除关税、增值税和滞报金，剩余款项逾期无人申请或不符合返还条件的，将直接上缴国库。
影响企业海关信用与后续通关效率：频繁出现退运超期、申报失误等情况，会被海关纳入重点监管名单。此后企业进出口货物时，海关查验比例会大幅提高，通关流程变长、效率下降，影响货物正常流转。同时，不良记录还可能影响企业的海关信用评级，进而影响企业在出口退税、外汇结算等方面的便利化待遇，甚至可能导致进口国相关机构提高对该企业同类出口产品的抽查比例。
清关流程复杂化，错失处置时机：超期退运货物无法走常规退运清关流程，需转为一般贸易等方式申报，还需额外补充货物价值证明、超期原因说明等更多材料，审核流程也更严格，整体清关周期大幅延长。而长时间的流程延误可能导致货物贬值，比如设备锈蚀、电子产品技术迭代过时等，即便最终完成清关，货物的市场价值也会大幅降低，给企业带来额外的经济损失。