西南医科大学共有忠山校区和城北校区两个校区。

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忠山校区地址在四川省泸州市江阳区忠山路三段319号，属于学校的老校区。校区坐落在忠山之上，底蕴深厚，有忠山牌坊、江山平远堂、奎星阁等标志性建筑，其中奎星阁还是泸州爱国主义教育基地。该校区设有基础医学院、麻醉学系、医学影像系等院系，且临近附属医院，能实现学术与临床的紧密衔接。

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忠山校区为老校区，具有浓厚的历史文化氛围。校内有忠山牌坊、江山平远堂、奎星阁等标志性建筑。忠山牌坊立于苍翠香樟林中，见证着学校的发展；江山平远堂座落在忠山之巅，是历史文化名胜，登上可一览泸州的城郭山水。此外，跃进楼也很有特色，它是全校师生仅用54天建成的，被称为“54天的奇迹”。

城北校区地址为四川省泸州市龙马潭区香林路一段1号，是学校的法定注册地，2001年投入使用。校区位于沱江边，风格现代化，奥林匹克体育中心、逸夫图书馆是其标志性设施，前者常举办开学典礼、运动会等大型活动。这里聚集了基础医学院、药学院、人文与管理学院、医学信息与工程学院等多个院系，多数本科生的学习和生活都集中在此。

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城北校区是新校区，充满青春活力。北门有刻着“西南医科大学”几个字的大石头，南门是新修的，附近有沱江，风景优美。校内的奥林匹克体育中心、逸夫图书馆是标志性建筑。此外，校园里的三角梅四季常开，还有龙眼、李子等果树，从东门到东食堂的路段、图书馆后面的荷花池等都是拍照的好地方。