目前全国已经有超50万家高新技术企业，2025年以来国家对高企资格认定的审查和监管愈加严格。截止到11月26日，全国各省市已有约4125家企业被取消高新技术企业资格！涉及上海（546家）、安徽（445家）、广东、浙江、江苏等30个省市地区。
据统计，2022年-2024年全国高新技术企业资质取消的数量分别为706家、1758家、3935家，年平均增长率为136.5%，资质被取消的企业数量成倍增加！
一、高企极易忽视财税合规
高企认定成功后不是一劳永逸，日常需要注重维护高企资质，比如：研发项目、研发费用归集日常管理；定期进行高新产品收入统计；科技人员管理；每年定期报表填报；重大变更报备等。尤其是高企的财税合规问题企业极易忽视。
如2025年，某央企下属公司在高企复审时，因研发费用占比长期不达标与税务合规存在重大疏漏，被取消高企资格，补缴企业所得税、滞纳金高达1.65亿元。
根据《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）第十九条：对被取消高新技术企业资格的企业，需按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。不过企业无需太过焦虑，及时做好自查自纠，没有问题的高企依然正常享受优惠扶持政策。
二、高企资格被取消有哪些原因？
根据2025各地发布的公告，主要是由于以下问题：
1.日常监管发现不符合高企认定条件
2.高新技术产品（服务）收入占比不达标
3.研发费用总额占比不达标
4.研发费用归集不符要求
5.科技人员占比不达标
6.知识产权问题
7.申请时存在弄虚作假
8.不属于《国家重点支持的高新领域》
9.累计两年未填报年报发展情况报表
10.注销
其中绝大部分高企资格取消都是栽在了忽视资质维护以及税务不合规上！如不符合高企认定条件、研发费用占比不达标、高新技术产品（服务）收入占比不达标等。
这些不光是高企资格被取消的主要原因，同样也是高企认定过程中关键的审查要点。
三、高新技术企业高频税务风险
所以无论是老高企，还是2026想要新认定高企的企业，都需要高度关注实践中被取消高新技术企业资格的情形以及高企认定前后所面临的税务风险。及时做好自查自纠、风险排查。
1.高新收入占比不足风险
根据《高新技术企业认定管理办法》，高企要求高新产品（服务）收入占总收入60%以上，这是认定和核查的关键指标。实操中，部分企业因核算不精准、混算普通产品收入、合同技术属性模糊，导致占比不达标，容易导致资格被取消。
建议企业高新收入留存销售合同、检测报告等证明材料；高新服务收入需拆分技术性收入，并通过技术合同登记认证。
2.研发费用不达标风险
按照高企认定管理办法，研发费用占销售收入比例按营收分档要求为：≤5000万元需达5%、5000万元-2亿元需达4%、>2亿元需达3%。研发费用也是高企认定和后期核查的最重要的指标之一。
如11月12日，湖南监管局开展调查高企研发费管理，针对部分企业研发费归集等问题，直接上报到财政部。
研发费用归集涵盖人员人工、直接投入等多类项目，任一项目归集失误都会导致占比不达标。建议单独建账核算研发费用，定期自查比对。
3.科技人员占比不达标风险
依据高企认定规定，科技人员占企业当年职工总数比例不低于10%，兼职、临时工需累计工作183天以上。实践中企业易因统计口径不准、人员变动大导致占比不达标，所以建议企业提前规范管理科技人员，准备完整的人员信息资料。
4.高企叠加优惠违规风险
在成为高企后，高企若同时符合小型微利企业条件，需择优选取15%税率或小微优惠政策，不可叠加享受，否则会引发税务稽查。
5.研发费用加计扣除优惠不合规风险
高企认定与研发费用加计扣除的研发费用归集口径不同，核算错误可能导致无法享受优惠，甚至面临税务审查处罚，这个问题在高企认定前后都需要注意！
6.重大变化及年报未及时报告风险
企业发生并购、分立、主营业务变更等重大变化，需15日内向认定机构报备；
累计两年未填报年度发展情况报表会被取消资格。
所以高企每年5月底前一定要注意填写年报！
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