上海口岸手册报关聚焦加工贸易的进口料件与出口成品通关，核心围绕手册备案、进出口报关、手册核销三大核心环节，依托国际贸易单一窗口等平台办理，适配外港、洋山港等口岸特点，具体流程如下：
前期准备：加工贸易手册备案
备齐备案材料：企业需准备手册合同备案内部审核表、进出口合同、进口料件与出口成品预录入呈报表、单耗呈报表，以及加工企业生产能力证明等材料；若厂房为租赁，还需准备相关证明文件以便后续缴纳保证金和办理台账。

系统录入与提交审批：先携带材料到上海关区科思达等相关机构打单，核对无误后录入海关系统获取预录入号，再将材料提交至所属海关加贸科。金额 50 万美金以下的手册走二级审批，50 万美金以上则为三级审批。
领取手册编号：海关通常 5 个工作日内完成审批，审批通过后生成正式手册编号，企业可凭借该编号开展后续保税货物报关业务。
进口报关：保税料件到港通关（以上海外港、洋山港为例）
换单操作：货物到港后，企业或其代理凭正本提单，通过船代业务平台或国际贸易单一窗口支付相关费用，向船公司或船代换取提货单。
申报录入：通过国际贸易单一窗口填报报关单，在备案号栏准确填写加工贸易手册编号，同时录入料件的品名、规格、数量等信息，上传手册备案信息、装箱单、发票等单证。
海关审核：海关通过 H2020 系统先进行电脑审单，必要时转为人工审单，重点核对报关信息与手册备案内容是否一致。
查验与放行：若海关通知查验，企业可通过港口集中受理平台预约查验。查验场站会配合完成集装箱拖运、机检或掏箱等操作，海关核对货物与申报信息无误后，在手册上签注，出具放行指令。随后企业可通过上港 EIR 平台办理放箱，预约提箱后安排车队提货，将料件运至海关监管的加工厂房。
出口报关：加工成品离境通关（如上海浦东机场、洋山港出口）
前期备货与舱单传输：企业完成成品加工后，由船公司或船代通过单一窗口向海关传输预配舱单数据；同时准备好装箱单、发票等单证，安排车队完成装货。
提交出口申报：通过国际贸易单一窗口填报出口报关单，填写对应的手册编号，注明成品的相关信息，上传手册信息、出口提单等单证。
海关核查放行：海关审核单证后，若需查验则按流程完成查验。确认成品与手册备案信息一致后，发放放行通知。企业后续可办理装船或装机手续，完成成品出口。
后期收尾：手册核销
内部盘点与预处理：合同执行完毕或手册临近有效期前 30 天，企业先盘点料件和成品，若有剩余料件、边角料，需先向海关申请内销、余料结转等处理方案，获批后完成报关补税等手续。
提交核销材料：准备手册报核表头及对应的报关单表体、料件表体、成品表体，还有核销预录入呈报表、所有进出口报关单核销联等材料，到科思达录入信息生成报核表头并发送至海关系统。
海关核销审批：将核销材料提交至加贸科，经海关初审、复审后，一般 20 个工作日内完成审批。审核通过后，海关会出具《加工贸易手册报核表》并标注 “核销核算通过”，手册核销流程完成。若出现重量或金额倒挂等异常，企业提交正式情况说明，海关核实后可办理正常核销。