1959年，总后勤部换将，邱会作被任命为总后勤部长，在此之前他已经离开总后，在高等军事学院学习。
为何把他调回总后，或许有几点原因。第一土地革命和抗战之初，在后勤系统工作过。第二，解放后调任总后担任过副部长兼副政委，对总后各方面工作比较了解；第三年轻有干劲；第四出身红1军团。
以上四条或许是他接替总后部长不可或缺的因素，因为干后勤工作的将领不少，有资历，有能力的也大有人在，但综合起来相比就不一样了。比如张令彬老后勤，可年龄五十出头，而邱会作在四十出头，身体和精力更好。
1959年，在新一届军委下成立的军委办公会议，成员分别是罗瑞卿、谭政、肖华、杨成武、邱会作、肖向荣等。他们分别是总参、总政、总后以及军委办公厅负责人，还有一点就是出身红1方面军红1军团，被称为“双一”，这是巧合，还是用什么，这里就不多说了。
邱会作当时总后部长，也是军委办公会议成员，参与军委日常工作处理。在他没有到任前，以及到任后的一段时间，总后日常工作以及党委工作由政委李聚奎负责。
李聚奎是老资格，曾经担任红1军团1师师长，邱会作过去也在1军团任职，土地革命最高职务是团职。俩人那时候的交集不多，解放战争时虽然都在东北，李聚奎在机关和后勤方面，邱会作到前线当政工。
从资历和过去之前，以及军衔来说，李聚奎都是上级。按照不少单位惯例，职务和资历高，而且政工干部担任党委书记比例更大一些，因为政工除业务之外，其他都管。但也不是完全都有政委主持党委工作，也有军事干部负责。
在谁当党委书记，他们内部是选举过的，当然也是不合规的。按照规定，他们这样一级的党委是上级任命的，而不是选举出来的。那么，谁当合适呢？有人站队政委，也有人站队部长，最终弄得不了了之。在邱的回忆中，上级是支持他担任党委书记，说不能论资排辈，至于是不是这样不得而知，但最终结果是邱担任了。
邱来主持党委工作，或许考虑一点就是他是军委办公会议成员，在参加军委日常工作以及上级召开会议时，能第一时间了解上级的决定和贯彻执行，如果政委是书记，他作为办公会议成员之一，在处理一些问题时可能不是很顺手。
在邱看来，自己当上党委负责人后，政委是不高兴的，经常故意找茬儿，多次给总政等首长反映他的情况。一开始肖华找邱谈话，让他尊重老干部，团结一起。邱很不高兴，反呛对方，认为是对方故意找茬，自己从来是尊重的。具体是谁的问题，从邱的回忆当中也都谁一家之言，因为没有说起哪些事，即便举一些例子，也可能是有利自己的一方让人做判断。
在政委的回忆中，没有提到俩人的关系如何紧张，如何不睦，甚至都没有提到这位部长。
其实，军政关系有分歧，有意见是常有的事情，也存在于其他干部身上，每个人的出发点和性格不同，考虑的问题也不一样。像兰州军区冼恒汉与韩先楚矛盾也很激烈，但像南京军区许世友与杜平很融洽，杜平作为政委把对方视为兄长，上级，在工作上配合对方多一些，名义上是同级，实际上有些上下级之分，对抗的情绪就少，矛盾自然也不多。
在1966年，上级考虑他们的矛盾问题，将政委调去干军事教育工作，让副部长改任政委。这位副部长是四野出身政工干部，1955年担任总后参谋长、后勤学院院长、总后副部长。
为何把政委调走，留下部长呢？
第一，在当时上级要总后把后勤工作提升到一定位置上，过去大家对干后勤工作是排斥的，都愿意到前线打仗，不愿留在后方。也至于战争年代负责后勤工作的都是老弱病残等干部。如今经历过现代化作战后，后勤的重要程度不言而喻，要在业务方面提升效率，就要用到精力旺盛的干部，他还年轻，而政委已经六十多岁。
第二，他是军委办公会议成员之一，他就代表后勤系统。上级对他在当时的工作也是认可的，这一点很重要，并不是我们相信的靠能力之外的关系来维系。
第三，高等军事学院主要负责人身体不好，而政委过去在后勤学院工作过，有这方面经历等。把俩人调开是为更好的工作，他们可以在不同位置上继续发挥作用，减少不必要的内耗。
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