1959年9月在北京庆王府的总参办公室里，一封辞职信让机关里的人都议论纷纷，张爱萍当时担任副总参谋长，刚上任不久就把这封信直接交给新任总长罗瑞卿，罗瑞卿才接任三天，看到信后立刻生气，当面问张爱萍是不是不欢迎自己，张爱萍看到信后，马上回复说和你没关系，别多想！

1954年总参扩编之后，副总长共有十一人，张爱萍是其中唯一一个从不迟到早退的干部，其他的人要么在开会时打瞌睡，要么干脆不来参加，他不是不懂那些规矩，只是做事太过认真，别人应付差事，他却要把每件事的来龙去脉都搞清楚，结果越是认真就越受排挤，越是想做事情就越被架空。

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一九五八年粟裕被批评为教条主义，接着一九五九年黄克诚因为彭德怀的事情也被撤职，总参谋长两年内换了两个人，张爱萍夹在中间，两边都没讨到好处，他曾经支持过彭德怀反对浮夸风，后来又被要求写检讨，还得接手人事清洗之后留下的烂摊子，他不是怕承担责任，而是对这种政治游戏感到厌烦，本来应该抓训练、管装备、准备打仗，结果天天开会、写报告、站队表态。

他的辞职并非一时冲动，早在1957年他就提出过这个想法，只是当时被压下来了，这次他下定了决心，连招呼也不打，直接递交了辞呈，他知道罗瑞卿刚刚上任，压力很大，但他更清楚再这样下去，自己早晚会被体制消磨掉锐气，他不怕得罪别人，只怕失去军人的本色，他想要的是实实在在地带兵打仗，不是坐在办公室里做个样子。

罗瑞卿当时确实生气，后来冷静下来也明白，张爱萍不是针对他个人，这个人太实在、太较真，放在机关里就显得很特别，但问题不在张爱萍身上，而在于整个系统，总参那个环境容不下只想做事、不想站队的人，所以张爱萍的离开，并不是他个人的失败，而是体制对技术官僚的一次无声淘汰。

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其实张爱萍这样的人在那个年代有很多，他们有本领有想法也有血性，可是体制往往最害怕这种人，你做事太认真别人就觉得碍事，你做人太干净别人认为你不懂规矩，后来张爱萍去了东海舰队又研究导弹做出成绩，但总参那边还是老样子每天准时上班开会不断却没人真正关心实战。

他离开时没有哭闹，也没有说大话，只是在收拾东西那天，默默看了看办公桌上的日历——上面排满了会议安排，他笑了笑，转身走了，这不是逃避，而是选择，他选了一条难走的路，但至少这条路是他自己选的。