上期说到小智称霸了对战开拓区，由于在对决中输给了小茂，他见识到了世界的广大，因此小智决定乘船前往北方的神奥地区进行冒险。陪同着小智的除了皮卡丘和长尾怪手，还有同样来到神奥地区的小刚。
另一边在真砂镇里女孩小光正在山梨博士的研究所中，山梨博士是大木博士的前辈，并会为新手提供初始宝可梦，分别是小火猴、圆企鹅以及嫩苗龟。
今天正好是小光成为训练家的第一天，她和小遥一样梦想着成为顶尖的宝可梦协调训练大师。在选择圆企鹅作为搭档后小光还偶遇了小智和小刚，在小光的帮助下火箭队的抓捕计划被成功瓦解，而小智则在路上收服了第一只神奥地区宝可梦姆克儿。
随后他还见到一位宝可梦训练家真司，真司对宝可梦秉持着功利之心，只想要收服强大的宝可梦，而对于弱小的宝可梦他会毫不犹豫的放生。见状小智表示即便是弱小的宝可梦，经过训练家的悉心训练也能有变强的一天。不过对于小智的言辞真司却不以为然。
由于彼此的理念不同，小智和真司进行了一场BO3对决。第一回合真司的姆克儿击败了小智的姆克儿，第二回合小智的长尾怪手战胜了真司的小火猴。可是在最终的对决中皮卡丘却和电击怪打成平手，因此两人结下了梁子，真司将会是小智在神奥地区的一大劲敌。
之后小智带着小光和小刚一同开启神奥地区的冒险之旅。如今小光想要集齐5枚缎带参加华丽大赛的豪华庆典，而小智的目标则是参加神奥地区的联盟大赛，参赛资格同样需要获得8枚道馆挑战的徽章。于是小智在完成联盟大赛的报名后动身前往第一个道馆，途中他结识了一只嫩苗龟，一番相处嫩苗龟对小智十分喜爱，主动加入团队。
第二天大家再次遇到了真司，对方嘲讽嫩苗龟的实力不过尔尔，并在和小智的对决中用小火猴击败了嫩苗龟。这样的结果让真司愈发轻视嫩苗龟和小智，不过小智却安慰了伤心的嫩苗龟，他会陪同嫩苗龟一起成长直到彼此都变得更加强大。
接着又是一番旅途，小光还首次参加了宝可梦华丽大赛，同时小智也带着长尾怪手参加比赛。过程中小智发现长尾怪手对华丽大赛特别喜爱，不过这次的比赛结果并不如意，小智和小光被选手小望先后淘汰，对方还在决赛中击败了武藏和小次郎的宝可梦捕虫怪，因此小光将小望视为目标，立志要超越对方。
第二天火箭队袭击而来，为了保护被抓捕的宝可梦姆克儿进化成姆克鸟化解危机。随后大家总算抵达第一个道馆钢铁道馆，在小智之前真司先行挑战了馆主成功取得胜利，见状小智等待馆主修整完后提出挑战。比赛规则为3V3，但是馆主仅仅派出了头盖龙和大岩蛇就击败了小智的长尾怪手嫩苗龟以及皮卡丘，没想到神奥地区的道馆实力竟然会如此强大。
为了战胜馆主，小智与宝可梦开始艰苦的修行，多日后小智的实力提升再次登门挑战。第一场对决皮卡丘艰难战胜了大岩蛇，第二场较量长尾怪手击败了小拳石，于是馆主派出了王牌头盖龙，后者已经进化成为战槌龙。由于皮卡丘和长尾怪手都是带伤之身，数个回合后它们就被战槌龙击败。
随之比赛进入最终对决，嫩苗龟VS战槌龙。方一开场嫩苗龟利用灵活的优势与对手缠斗，然而战槌龙却用双刃头槌重重击飞嫩苗龟，但是嫩苗龟凭借坚强的意志再次起身，而小智也在一瞬间想到了破敌良策，就此嫩苗龟战胜了战槌龙。小智成功取得第一枚徽章石炭徽章，经过这次历练，他与宝可梦间的羁绊加深彼此，更加信任。
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