洁净车间净化空调系统与一般空调系统在设计目标、技术参数和应用场景上存在根本差异，主要特点可归纳为以下方面：
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控制参数与精度： 净化空调系统除常规温湿度控制外，必须严格控制空气洁净度（如粒子浓度、含菌量）、室内压力差（通常需维持5Pa以上正压或负压）以及风速均匀性和换气次数；而一般空调系统仅关注温度、湿度、风速和噪声等基本环境参数，控制精度较低。
空气过滤能力： 净化空调系统采用三级或更高级别的过滤组合（初效、中效、高效或亚高效），并在末端设置高效过滤器以确保空气洁净度；一般空调系统通常仅配置一级或二级过滤（如粗效或粗效加中效），过滤能力有限。
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气流组织与换气次数： 净化空调系统通过顶送下回或单向流等气流组织方式，减少涡流和二次回流，使尘粒快速排出，换气次数较高（10次/小时至数百次/小时，例如十万级洁净室需15次/小时以上）；一般空调系统多采用低换气次数（通常低于10次/小时）和乱流度较大的气流组织，以温湿度均匀性为主要目标。
系统气密性与建筑要求： 净化空调系统对气密性要求极高，需通过密封材料和专用安装工艺防止交叉污染，且与建筑围护结构（如墙体、吊顶）协同设计，确保防尘、防渗漏；一般空调系统对建筑气密性和材料要求相对宽松。
能耗与成本： 由于高过滤效率、大风量和严格压差控制，净化空调系统能耗显著更高（制冷量可达400–1200W/m²，耗电量150–1500W/m²），系统造价和维护成本也远高于一般空调系统。
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