近日,东南大学生命健康高等研究院、东南大学附属中大医院教授高山研究团队在Molecular Cell杂志发表题为“ICAM1 mRNA entraps ILF2/ILF3 to inhibit transcription of EIF4E and global protein synthesis”的研究论文。该研究突破了“mRNA仅作为蛋白翻译模板”的传统认知,首次提出并系统阐明了mRNA通过形成内源性双链RNA,作为功能性分子直接参与肿瘤调控的新机制。东南大学医学院蒋思远副教授为该论文第一作者,高山教授为通讯作者。

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据介绍,生命科学中心法则认为,DNA转录生成信使RNA(mRNA),mRNA翻译蛋白质,蛋白质执行生物学功能,这是生命活动的基本运行框架。相较之下,非编码RNA(ncRNA)因不编码蛋白而被长期视为主要承担调控功能。然而,近年来的大规模转录组与蛋白组联合分析发现,在生理及疾病状态下,mRNA表达水平与其对应蛋白丰度之间普遍存在显著不一致性。这一现象提示,mRNA的生物学效应并不必然完全依赖其翻译产物,传统以“蛋白功能”为核心的静态功能分类体系,可能系统性地忽视了mRNA本身发挥独立功能的可能性。

细胞间黏附分子1(Intercellular Adhesion Molecule 1,ICAM1)是一种经典跨膜蛋白,在肿瘤发生、发展及免疫调控中具有重要作用。既往研究表明,ICAM1 在多种癌症中与肿瘤侵袭、转移和免疫逃逸密切相关,但其在不同癌种中既可表现为促肿瘤因子,也可呈现抑肿瘤效应,其功能差异背后的分子机制长期未明。

研究人员在实验中发现,利用CRISPR–Cas9技术完全敲除ICAM1蛋白可显著抑制肿瘤细胞增殖;而通过shRNA下调 ICAM1 mRNA表达,却反而促进细胞生长。值得注意的是,ICAM1蛋白缺失与 ICAM1 mRNA降低导致了截然相反的肿瘤表型,提示ICAM1 mRNA可能具有独立于其编码蛋白之外的生物学功能。进一步的功能实验直接证实,ICAM1 mRNA本身具有非编码抑癌作用。

机制研究表明,ICAM1 mRNA可与其顺式反义转录本ICAM1-AS在细胞核内形成稳定的内源性长双链RNA(dsRNA),并以长度依赖的方式结合具有dsRNA结合能力的转录调控复合物 ILF2/ILF3。该dsRNA 结构充当“分子陷阱”,阻止ILF2/ILF3与染色质DNA的相互作用。

当ICAM1 mRNA 或ICAM1-AS被敲低时,ILF2/ILF3更易结合至翻译起始关键因子EIF4E的启动子区域,显著增强其转录活性,从而提升细胞整体蛋白合成水平。多项实验结果表明,ICAM1 mRNA 缺失会导致全局翻译效率升高,并伴随c-MYC、CDK2等多种致癌蛋白上调;相反,维持ICAM1/ICAM1-AS形成的dsRNA结构,可抑制EIF4E介导的翻译程序,从而限制肿瘤细胞增殖。

在临床肺癌组织样本中,研究团队观察到ICAM1蛋白普遍高表达,而ICAM1 mRNA 及 ICAM1-AS却协同下调,呈现出显著的RNA–蛋白表达不一致性。这一现象提示,肿瘤细胞可能通过削弱ICAM1 mRNA的抑癌性非编码功能,同时保留甚至增强ICAM1蛋白的促肿瘤作用,从而获得生长优势。此外,ICAM1-AS 的低表达还与ICAM1靶向抗体药物偶联物(ADC)的治疗敏感性密切相关。

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ICAM1 mRNA以功能性RNA调控ILF3-EIF4E信号通路模式图

该研究首次提出并系统阐明了一条“mRNA–反义RNA–转录调控因子-蛋白翻译”的全新调控轴,揭示mRNA可通过形成内源性双链RNA,直接调控转录因子活性和全局蛋白合成,从而独立于其编码蛋白参与肿瘤发生发展。研究进一步指出, ICAM1蛋白是癌蛋白,而ICAM1 mRNA则表现为抑癌基因功能,这一发现挑战了传统癌基因的定义,也提示shRNA/siRNA介导的RNA降解策略并不能简单等同于蛋白功能缺失。该工作为理解mRNA的非编码化功能提供了全新范式,并对经典中心法则提出了重要补充与拓展。(编辑 刘敏 校对 王倩 编审 程守勤)

论文链接: https://www.cell.com/molecular-cell/abstract/S1097-2765(25)01016-0