上期说到小智结束合众地区的冒险，他与三色堇女士一同来到了卡洛斯地区，在此他结识了希特隆和柚丽嘉兄妹。经过一番友好问候，小智与希特隆准备进行宝可梦对决，但是火箭队的突然袭击中断了两人的比试。依靠果然翁的镜面反射，皮卡丘还被自己的电击重创，不过它没有投降，而是再度对着火箭队用出电球猛攻。
然而回应皮卡丘的仍旧是镜面反射炸裂电球回击而来，这是小智与呱呱泡蛙的首次邂逅，在呱呱泡蛙的帮助下众人瓦解了火箭队的袭击。之后小智找到了为新手提供宝可梦的布拉塔诺博士，对方会提供焰耳狐、针栗鼠和呱呱泡蛙作为选择。通过博士的治疗，受伤的呱呱泡蛙恢复了健康，同时小智一直陪伴在呱呱泡蛙身旁悉心照料。
接着博士告诉大家关于宝可梦的新阶段进化，这种进化名为mega进化，需要特殊的石头和与训练家间的深刻羁绊，这是进化之上的进化，也有一定的持续时间。突然火箭队再度袭击而来，妄图抢夺宝可梦，过程中小智和呱呱泡蛙再度联手赶走了火箭队。
第二天小智告别了布拉塔诺博士，准备开启冒险，这时充满正义感的呱呱泡蛙却出现在小智面前，原来它认可了小智的实力，并想与其一同上路。就这样小智收获了卡洛斯地区的第一只宝可梦，这只呱呱泡蛙将会是他今后最强的搭档。
随后希特隆和柚丽嘉也决定跟随小智旅行，其实希特隆乃是密阿雷道馆的馆主，他在与小智的接触过程中获得了勇气，因此他制造了一个机器人代为行使馆主职责，从而他能带着妹妹跟随小智一同领略卡洛斯的风光。
小智这边三人在路上遇到了一只小箭雀，通过呱呱泡蛙战胜对方，小智成功收服了它。接着大家就来到第一个道馆白檀道馆，战斗过程中皮卡丘竟然败给了溜溜糖球，小箭雀输给了碧粉蝶，因此小智的首次挑战惯例性落败收场。
于是小智离开了道馆，准备为宝可梦进行特训，这时他在路边遇到了一位少女训练家，对方名为莎莉娜，拥有焰耳狐作为初始宝可梦。原来莎莉娜小时候曾在夏令营中被小智救助过，从那时起她就对小智恋恋不忘，而今再次的命运相遇她决定要和小智一同冒险。
莎莉娜梦想成为一名卡洛斯表演女王，并计划参加宝可梦表演大赛的三冠卫星赛，多日后小智完成特训再次挑战白檀道馆。这次皮卡丘爆发了惊人的战力，先是单打独斗击败了溜溜糖球，再是通过小箭雀的消耗战胜了碧粉蝶，随即小智成功获得第一枚徽章昆虫徽章。
在告别了白檀道馆后大家前往下一个目的地，途中众人遇到了一只乌贼王，对方催眠操纵了君莎小姐的意识并从事着抓捕宝可梦的勾当。虽然小智等人成功解救了君莎小姐，不过乌贼王却逃离无踪，这一切似乎蕴含着一个可怕的阴谋，同时小次郎也在这次风波中得到了一只栗乌贼。
接着大家总算来到了第二个道馆遥香道馆进行挑战，第一场战斗呱呱泡蛙击败了大岩蛇，第二轮交锋皮卡丘战胜了宝宝暴龙，于是小智顺利获得第二枚徽章岩壁徽章。之后众人继续上路并结识了卡洛斯地区的冠军领袖卡露乃，对方还向小智展示了沙奈朵的mege进化，这个进化的条件需要宝可梦携带超级石训练家携带键石，当两者的心意相通石头共鸣时宝可梦就能mega进化，不过这个mega进化在一段时间后就会恢复原状。
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