1627年，天启皇帝落水生病后，服用“仙方灵露饮”后身亡，16岁的崇祯接替他做了大明皇帝。
魏忠贤在天启皇帝时期，权势滔天，做了很多祸国殃民之事，这让他成了崇祯皇帝最想杀掉之人。
魏忠贤，原本是北直隶肃宁街头的一个市井无赖，赌博欠了巨额债务后，为躲债，入宫做了太监。
入宫后，魏忠贤结交了太子宫太监王安，获得王安的庇护。不久后，魏忠贤又结识了将他送上权力之巅的女人：客氏。客氏是朱由校的乳母。史书记载，魏忠贤“形质丰伟”，“言辞佞利”，“喜鲜衣驰马，右手执弓，左手彀弦，射多奇中”，身材魁梧壮硕，伶牙俐齿，多才多艺，擅长乐器、蹴鞠、下棋，喜欢表现自己，这让他获得了客氏的欢心，和客氏结为“对食”。
1620年，宋神宗和宋光宗两位皇帝先后去世，将朱由校推上了皇帝的宝座。朱由校和乳母客氏的感情非同一般。在客氏的推荐下，魏忠贤获得了天启皇帝的重用，提拔他做了司礼秉笔太监和东厂提督太监。天启皇帝是一个喜欢木匠活，不喜欢处理朝政的皇帝，整天忙着做桌椅板凳，小宫殿，将朝堂事务都交给了魏忠贤处理，这让魏忠贤逐渐成为了权势滔天的九千岁。
在后宫，客氏担心皇帝的妃子生下孩子，母凭子贵，获得皇帝宠信，导致自己失宠，一直联合魏忠贤用狠毒的手段打压后宫嫔妃。怀有身孕的裕妃张氏被他们幽禁于别宫活活饿死；生育有2女的成妃李氏被客氏幽禁半月之久，靠私藏的食物活了下来。连张皇后也被他们弄流产了。
天启皇帝有过3个皇子，张皇后所生的皇长子朱慈然，因流产而死。慧妃范氏所生的皇次子朱慈焴，容妃任氏所生的皇三子朱慈炅，皆不满1岁就夭折，这让人怀疑皆是客氏和魏忠贤所为。
在朝堂，魏忠贤结党营私，大兴冤狱，陷害忠良，杀害了左光斗、杨涟、周起元、周顺昌等大臣。
在民间，魏忠贤养了“五虎”、“五狗”、“十亥”、“四十孙”等众多“义子”，这让天下人对他恨之入骨，但因为魏忠贤掌管着大明特务机构，犬牙、党羽众多，人们对他敢怒不敢言。
朱由检（崇祯）做信王期间，就听说了以魏忠贤为首的阉党的所作所为，让他对魏忠贤深恶痛绝。
1627年，天启皇帝病逝时，由于在客氏和魏忠贤的毒害下，他没有子嗣，只能让弟弟朱由检继承皇位。
崇祯继位后，为了防止魏忠贤及其党羽反扑，引发国内动乱，他选择了安抚魏忠贤，提拔了魏忠贤手下的很多太监。魏忠贤当权期间，杀害了东林党人在内的很多大臣，这让朝中恨他之人不再少数，开始陆续上书弹劾魏忠贤及其党羽。崇祯一律按下不表，既不处理弹劾魏忠贤的大臣，也不处理魏忠贤，这种暧昧的态度，让魏忠贤惴惴不安，也激发了其他大臣更加大胆的弹劾魏忠贤。
魏忠贤四面楚歌后，为了向崇祯表现自己的忠诚，也为了试探崇祯的态度，他跑到崇祯面前大哭。
崇祯冷静地看着面前的魏忠贤，他让太监拿着大臣弹劾魏忠贤的奏折，当着魏忠贤的面读给他听。魏忠贤听着奏折中大臣弹劾自己的一条条罪状，吓得冷汗直流，心惊肉跳，整个人瘫软在地。
魏忠贤知道自己完了。为了保住性命，他向崇祯提出了辞职。崇祯顺势免去了魏忠贤的司礼秉笔太监和东厂提督太监，让他去南京给朱元璋守陵。崇祯本打算放魏忠贤一马，可是魏忠贤离开时，财宝整整装了40车，还让1000名骑兵护送他回乡，这彻底惹怒了非常节俭的崇祯。
崇祯下令让人逮捕魏忠贤。
魏忠贤得知后，知道自己即便不死，也会受尽折磨，牢底坐穿，所以躲在一家客栈中上吊自杀了。
临死时，魏忠贤留下遗言：“重用东林党人，大明亡国不远矣。”
崇祯觉得，除掉魏忠贤是一件大快人心的好事。魏忠贤死后，魏忠贤的党羽，也悉数遭崇祯清算。
阉党倒台后，东林党人开始得势。不过，以东林党人为首的文官们，大多是一些只会逞口舌之快，遇事互相推诿，拿不出解决方案的人。崇祯在位期间，大明外有大清入侵，内部接连发生旱灾、洪灾等自然灾害，导致粮食短缺，引发社会危机，各地农民起义不断。国家也面临着腐败严重、国库空虚等诸多问题。崇祯需要能臣干吏，帮助自己解决这一系列麻烦，但是文官们整天忙于内斗、党争，互相拆台，心思不用在朝政事务上，这让崇祯对文官们恼怒不已。
崇祯在位17年时间，换了19任内阁首辅，17任兵部尚书，17任刑部尚书（其中7人被杀），都察院一把手更是换了132次。地方大员，有7位总督，11位巡抚被处死。这足以说明崇祯的焦虑，对文臣的不信任和不满，也加剧了崇祯和文臣之间的对抗，让他疲于应付，痛苦不堪。
崇祯殚精竭虑，夙兴夜寐，想拯救大明王朝，但是文官们尸位素餐，不担责，不做事，崇祯一人再忙忙碌碌，也注定难有成效。李自成的大军兵临城下后，崇祯哀求官员捐款，用作军饷对抗起义军。大臣们个个哭穷，不愿捐款。周皇后变卖自己的嫁妆，凑了5000银两交给自己的父亲周奎。希望他以国丈身份，带头捐款。谁知？周奎自己一分钱不出，还将女儿给他的5000两贪污了2000两，只捐了3000两。窥一斑而知全豹。大明官员的无耻腐败可想而知。
这一刻，崇祯才真正理解了魏忠贤临终时的警告：“重用东林党人，大明亡国不远矣。”理解了魏忠贤的那句“除去老奴，恐失衡之势再难控制”，理解了天启皇帝告诉他的“魏忠贤恪谨忠贞，可计大事。”崇祯又命人厚葬了魏忠贤，算是变相地承认了魏忠贤的部分正面作用。
魏忠贤是一个罪恶累累、祸国殃民的奸佞，这是毋庸置疑的，但魏忠贤掌权期间，他可以为天启皇帝压制以东林党人为首的文官集团，让皇帝和文官集团之间有一个缓冲，避免皇帝直接和文官集团正面冲突，陷入无休无止的争论和内耗中。魏忠贤还通过重启矿监税使、强征“辽饷”等，给辽东前线筹集军费。魏忠贤贪污，但他有节制地贪污，100万两军饷贪污40万，60万用于前线开支、购买红夷大炮等，让军队不会因为军饷短缺，影响士兵生存和战斗力。
魏忠贤被杀后，没有人为崇祯压制东林党人，没有人为崇祯搞钱。崇祯虽然勤勉，但能力较弱，最终大明在他手中走向了覆灭。1644年，国都被攻破后，崇祯为保住天子尊严，上吊自杀。
崇祯临死时，留下遗招：“朕凉德藐躬，上干天咎，然皆诸臣误朕。朕死无面目见祖宗，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，毋伤百姓一人。”至死他都对文官们充满着不满和愤恨。
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