近日，南京农业大学沈其荣院士团队张瑞福教授课题组、中国农业科学院生物技术研究所与河南大学农学院合作在《Nature Communications》期刊上发表题为“General variation in the Fusarium wilt rhizosphere microbiome”的研究成果。中国农业科学院生物技术研究所苏律副研究员和河南大学农学院冯海超研究员为共同第一作者，南京农业大学张瑞福教授和中国农科院生物技术研究所燕永亮研究员为共同通讯作者。

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该研究通过Meta分析整合了来自多个独立研究的根际微生物组数据，并结合代谢组、宏基因组、转录组，系统揭示了镰刀菌侵染下根际微生物组的功能与结构变化规律。此外，研究团队创新性地提出了“操作性分析单元”概念（OAU），将来自不同地点、不同寄主植物根际样本，在尽可能相同的条件下进行分组比较，以剥离环境噪音，捕捉真实的病害信号。研究发现镰刀菌侵染可稳定地改变根际细菌群落结构。其中，黄杆菌属在发病植株根际显著富集，并可抑制病原菌生长。进一步研究通过代谢组鉴定到发病植株根系分泌物中的生育酚显著富集，该物质能促进根际黄杆菌生长。黄杆菌与生育酚联合使用可显著降低番茄枯萎病的发病指数，并有效提升根际黄杆菌丰度。