大清王朝的总督经历过长时间的发展，从清初到乾隆年间，最终形成了十三大总督并立的格局。这些封疆大吏各自镇守一方，掌管着数省的军政大权，是名副其实的地方一把手，其权力相当大。总督的官阶原本定为正二品，相当于今天的省部级官员，然而其手中权力过大，朝廷往往会为这些重要总督加授尚书、都御史等虚衔，使他们晋升至从一品甚至正一品（挂上了副国级乃至正国级的头衔）。
虽然总督的地位高于巡抚，但是巡抚并不受总督管辖，巡抚有权直接向皇帝上奏，以此牵制总督的权力。
然而一场太平天国运动，彻底改变了清朝的政治格局，咸丰皇帝原本指望湘军平定叛乱，却没想到此后汉人势力逐渐做大，地方总督的权力随之达到顶峰。这些封疆大吏中，最有代表性的当属曾国藩、李鸿章、左宗棠等人，他们手握重兵、把持地方财政，甚至参与中央决策。
直隶总督的权力是所有总督中权力最大的，总督府位于直隶省城保定，因为他管辖的范围是京畿要地，位处天子脚下，这个地位的总督都是皇帝最信得过之人。直隶总督一般都由正一品大学士兼管，同时兼任北洋通商大臣、直隶巡抚等重要职务，朝中许多大臣都是看他的眼色行事的，许多晚清名臣都是从这一职位上一飞冲天的。
两江总督无疑是九大总督中最富有的，总督府位于江宁（今江苏省南京市），因为他掌管的是清朝的财赋重地（总管江苏（含今上海市）、安徽和江西三省），清朝一半的赋税来自两江。两江总督一般会加授从一品兵部尚书和右都御史的荣誉头衔，同时兼任南洋通商大臣。后期两江总督还掌控着湘军和淮军等地方武装，实力不容小觑。如果没法用古代的权力来衡量他的地位，那么两江总督就像是今天的上海市市长、江苏省省长、安徽省省长和江西省省长的联合体，再加上军区司令和商务部长的部分职权，由此可其见权之大。
两广总督总管广东、广西两省（清朝时包括今海南省），总督府先后驻广州、广西梧州、广东肇庆，两广总督在前期并不出彩，但是晚清时期地位陡然上升，主要是因为广东成为南方海外贸易的唯一口岸，此口岸设立后，两广总督的地位急剧攀升，毕竟掌控着清朝的对外贸易。鸦片战争后，两广总督实际上承担了南方外交事务的处理职责，负责与洋人斡旋。
湖广总督掌管湖北和湖南两省，总督府长期驻于武昌，掌管区域是鱼米之乡，自古就有“湖广熟，天下足”的美誉。武汉三镇作为南北交通要冲，其战略地位不言而喻。然而湖广总督的权力多少受点限制，毕竟荆州驻防将军在此地驻扎。
闽浙总督管辖福建、浙江和台湾三省（后期台湾建省），总督府长期驻于福州，在清朝前期由于海禁等政策的影响，这一职位并不受重视。但随着海禁解除，加上台湾建省，闽浙总督的地位逐渐上升。尤其后期洋务运动的兴起（福州船政局），培养了大量海军人才，这奠定了闽浙总督的地位。
管辖范围相当于今天的福建、浙江、台湾。
四川总督管理四川和重庆地区，总督府位于成都，因其地处偏远，天高皇帝远，非皇帝亲信难以担任。四川总督的权力也受到一定制约，最主要的制衡力量来自成都将军（与总督平级）。
陕甘总督掌管陕西、甘肃、新疆和宁夏等地，几乎是整个西北，总督府位于兰州，虽然经济落后，但面积广阔，是经营西北的重要基地。由于西北地区民族成分复杂，陕甘总督还被授予处理民族事务的权力，这是其他总督所不具备的。从职位的任命就能看出来，陕甘总督几乎由满人或汉军旗人垄断，汉人是完全没有可能担任的。当然朝廷也不会让其做大，会设立西安将军、宁夏将军等来制衡。
云贵总督管理云南和贵州两省，总督府位于云南府，由于经济贫困、位置偏远、民族复杂，只能屈居各大总督后几位。早年有各大土司的制衡，雍正年间废除土司制度后，总督的权力得到很大的提升。云南的铜矿，是清朝铸币的重要原料，这极大的提升了总督地位。
东三省总督总管奉天（今辽宁）、吉林、黑龙江三省的军民政务，总督府位于奉天，负责管理清王朝的龙兴之地，由于只存在几年清朝便灭亡了，所以地位相对较低。但是东三省总督与巡抚是直接的上下级关系，巡抚是总督的属官（这与内地的巡抚与总督制衡有了鲜明的不同）。此种制衡也决定了其地位（集内政、外交、军事、财政大权于一身），可惜时间太短。
漕运总督是特定时期的产物，总督府位于江苏淮安，主要负责八省的漕政事务，具体负责漕运、检选运弁、漕船修造等工作，通俗的来讲便是专门负责大运河。这是一个绝美的肥差，他的核心使命是保障南方的粮食和财富能够安全、准时地通过大运河运抵北京，供应皇室，因此皇帝极为重视。由于只管理一条河上的事务，不直接管理地方民政，因此地位相对相对弱一点。仕途晋升更是没有其他总督高，漕运总督直接升任大学士或军机大臣少之又少。
东河总督又称河东河道总督，总督府主要驻于山东的济宁州，其主要职责是专管河南、山东两省境内黄河与运河的堤防、疏浚及防汛事务。东河总督的晋升途径也是非常可观，出色者可晋升尚书、大学士等。
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