近日，福建农林大学海峡联合研究院朱方捷教授团队合作在《Nucleic Acids Research》期刊上发表题为“The specificity landscape of WRKY transcription factors reveals the bidirectional influence of non-CG methylation”的研究成果。福建农林大学生命科学学院博士研究生马娜娜、硕士研究生蒋定坤、未来技术学院博士研究生李甜、浙江大学博士后罗琳为该论文共同第一作者。福建农林大学海峡联合研究院朱方捷教授、生命科学学院郭洪洪讲师、上海精准医学研究院黄晶研究员为该论文的共同通讯作者。

DNA甲基化是最早被鉴定的表观修饰。动物基因组中DNA甲基化通常发生于CG二核苷酸，然而，植物中除CG甲基化外，还存在大量非CG甲基化（CHG和CHH，H=A/G/T）。非CG甲基化对植物转座子沉默至关重要，同时也常见于启动子区（如CHH island）。前期研究认为，非CG甲基化抑制转录因子（TF）结合。然而，该结论假设DNA甲基化不改变TF序列特异性（即不改变TF基序），假设未必成立。

该研究开发了高通量全甲基化系统进化技术methyl-SELEX与methyl-ampDAP-seq，并利用其构建了54个WRKY家族转录因子的461个顺式元件组文库。数据分析表明，非CG甲基化可显著改变WRKY转录因子的序列特异性，且甲基化对WRKY亲和力的调控具明显双向性——取决于结合模式、位置、以及具体WRKY因子的特性，非CG甲基化既可抑制、也可促进WRKY家族转录因子的结合。同时，本工作也提供了目前最完整的WRKY家族顺式元件组数据集并建立了WRKY的数据库WRCD（http://transysbio.cn/WRKYRCDB.php）进一步促进数据共享。

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非CG甲基化既可促进、也可抑制WRKY结合