《山海经》的《东次三经》部分相当古怪，总共只有9座山，但写了6900里。如果按照周朝的里程来计算，有接近3000公里。山与山之间的距离少则几百里，多则上千里。更古怪的是，山与山之间只有两种形态，一种形态是水，一种形态是流沙。
所以古人在分析的时候，很多人认为这写的是海中岛屿。但这很明显是不对的，山海经水体的概念是很清晰的。海的概念包括两类，一类是陆地上的湖泊，一类是大海，两者有一个共同特征，就是当时的人们对这样的水体不太了解。正因为此，书里的海往往没有名称，只有方位，比如东海、南海、西北海等等。有名称的海只有一个，那就是渤海，但最初的渤海在西部，是一个湖泊，不过到后来也用作称今天的渤海了。比较了解的湖泊称作泽，“有大泽方千里，群鸟所生及所解”，知道湖泊的面积，知道这里是候鸟繁衍和栖息的地方，这就是了解。除了海和泽之外的其他陆上水体称作水，有名称的水是河流，比如渭水、洛水，没有名称的水就是其他形式的散流。
以下是《东次三经》原文中的一段：又南水行七百里曰孟子之山。其木多梓、桐、多桃、李；其草多菌蒲；其兽多麋鹿。是山也，广员百里。其上有水出焉，名曰碧阳，其中多鳣鲔。
向南方“水行”，代表这是陆上的水体，需要乘船前进，然而这是广阔水体，而不是河流，因为河流的宽度是有限的，大可以乘车前行，不管是安全性还是便捷性或者速度都更优。“广员百里”，指的是露出水面的山体面积。“有水出焉，名曰碧阳”，山上还有河流，这里正好体现了水体有名和无名的区别。
这九座山并不是连成一条直线，因为在介绍的时候，水行方向一会是向东，一会是向南。初看起来的确像海中岛屿，但通过以上的分析，我们知道这是陆地上的水体围绕的山体，在这些水体之外，还有陆地。也就是说，这些山与山之间的广大区域是被水淹没了。《东次二经》则一部分需要水行，一部分不需要，这其实介绍了水淹的过渡地带。
而流沙，往往让人想到塔克拉玛干那种流动沙漠。但是中国沙漠只出现在中西部，东部地区不管是植被还是气候，都是无法形成广阔沙漠的。其实流沙还有其他形态，郦道元在《水经注》中明确解读《尚书》中的“流沙”为“沙与水流行也”，那就是浅水情况下，大量的沙土随着水而流动。
这很容易让人想到上古一次重大历史事件，那就是大禹治水。“洪水滔滔，怀山襄陵”，一些山被直接淹没了，更高的山也被淹没了一部分。《东次三经》的情景，正是对这八个字的直接描述。所以我们可以推测，《东经》部分，甚至是整个《五藏山经》部分，描述的是大洪水淹没时代的地理。因为这部分看起来是一个整体。至于其中涉及到一些玄幻的内容，比如诸神的存在，这并不影响对所描述的地理时代的判断。
刘歆在《上山海经表》中说到，《山海经》是大禹治水进行考察的途中记录的各地的山水物产，至少从《东次三经》这部分来说，是印证了刘歆的话的。当然，他这话也不全对，因为《山海经》主要由四大部分组成，每部分的作者和写作年代是不一样的，这是学界共识。他这话说的是《五藏山经》的成书情况。
但是在其他部分，同样体现出了大洪水和大禹治水的相关信息，但大都不是直接讲述。比如在《大荒东经》，讲到“有大人之国，有大人之市，有一大人踆其上”，这里的巨人部落在山上，而在《海内经》有一句“大人之市在海中”，山上和海中的区别，就是大洪水淹没的情况和没有淹没情况的区别。
《海内东经》在《山海经》中非常惹眼。整个《大荒经》和《海经》每一部分都写到了国，这些国其实是人类部落；但是《海内东经》没有写到任何一个国。其他部分都写到了很多外形独特的动物，如巴蛇、开明兽等，海内东经只写到一个，那就是雷神。这里把神归纳入生物的类别，是因为《山海经》里的神有更多的生物性，比如雷神，写到了它的外形是人首龙身，是用“鼓其腹”这样的物理动作来实现雷声。这和春秋战国以来出现的虚构的神仙是不一样的。
有人认为《山海经》是一本猎奇的书，只记录那些外形独特的人类，而对体型比较正常的人类就没有记载。这是说不服人的，哪怕是体型相对比较客观的人类，也会出现部落名称，如大夏、月氏等。而没有出现任何一个部落，就只有一种可能：笔下的这一片地方没有人烟。
中国东部，地势相对平坦，海拔比较低，气候温暖湿润，一向是最为繁华的地方。然而《海内东经》写到的这片地方，却正好没有人类，当然会让人想到东部也是大洪水灾难最深重的地方。所以这一部分记载的是这是大禹治水刚完成不久，东部地区的洪水虽然被引入大海，但人口还没有恢复的时候。也就是夏朝。这虽然写的是大洪水之后，但是也由果及因，给我们展现了大洪水的灾难程度。
学界一般认为，《山海经》不但各部分是不同的作者在不同的年代写作的，而且各部分的内容大多是在不同的时代叠次增补的。我们在不考虑这些状况的情况下来进行分析，《山海经》只在第18卷直接写到了大洪水：洪水滔天，鲧窃帝之息壤以堙洪水，不待帝命，帝令祝融杀鲧于羽郊。鲧复生禹，帝乃命禹卒布土以定九州。就算在这句话中，真正直接描写大洪水的只有四个字：洪水滔天。
但通过以上分析，我们可以得出结论，《山海经》虽然极少正面描写大洪水，但是很多篇章都离不开大洪水，这是一部洪水浸泡下的地理兼神话著作。当然也比较着重于表现禹治水的功绩，除了上一段的引文，以及《海内东经》的直接描述之外，还讲到了禹攻共工国、杀相柳、禹所积石等信息，这都是跟大禹治水相关的。
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