多年来，玩家们一直很好奇，到底《魂斗罗》系列讲了一个什么故事呢？
其实最初的剧情并没有那么复杂，仅仅是外星异形入侵地球的主线。但后来随着版本的不断增加，以及剧情线出现了大量的分支，导致很多剧情最后圆不上了。也正是如此，如今玩家们只认正传剧情，其他的作品只能作为参考。
以前每当我们玩到新的版本，都以为最终BOSS就是幕后黑手。但如今看来并不是啊！
天王创魔心、天王鬼、阴兽、脑垂生命体......这些外星异形基本上就是最主流的反派了，也是我们主要面对的敌人。
但如今我们将所有的版本完全理顺之后才发现，它们并不是幕后首脑。而真正的幕后黑手从来没有出现过，却展现出了比外星异形都还要高出几个维度的实力。
游戏主线是：魂斗罗战士在地球联邦的指挥之下，成功干掉了入侵地球的外星物种。
多年后我们发现游戏还有一条暗线，而这才是被掩盖的真相啊：
在数千年前，有一个远古的高等文明种族，被称之为“真神族”莫伊莱，他们发现了更加适合生存的星系，决定搬离这个星系。为了给整个种族留下后路，它们在离开之前建造了一个木星神殿，并且将“莫伊莱遗物”存放在这里。
“莫伊莱遗物”是万物之始，同时也是生命的源头，是真神族生命的种子。真神族为了保护和看守莫伊莱遗物，在木星神殿增设了“防御机制”，这个“防御机制”是某种形态的生命体，类似于《普罗米修斯》黑水，一旦接触到空气就会变成异形。
真神族离开之后再也没有回来，莫伊莱遗物被存放多年后，渐渐产生了自我意识。
它企图通过诱惑其他生命体过来将自己带离这里，然后繁衍出新的种群。于是它故意散播信号，让地球联邦捕捉到木星神殿的位置，并且展示远远超越了人类的科技手段，这瞬间就吸引了地球联邦当时的三位幕后首脑的注意。
于是地球联邦这边偷偷安排飞船前往木星神殿，并成功带走了“莫伊莱遗物”。当人类离开之后，他们并没有发现，木星神殿的“防御机制”已经被打开了，为了夺回“莫伊莱遗物”，“防御机制”多年以来一直在不断进化，终于在公元2631年进化完成。
也是在这一年，一颗陨石坠落在新西兰附近的加尔加群岛上。造访者正是木星神殿的“防御机制”进化出来两名守卫和两名随从：天王鬼和黑蛇、阴兽魔神像和岩兽魔神像。
天王鬼、阴兽魔神像和岩兽魔神像，都顺利降落。但黑蛇但运气不好，在掉落之后身体被强烈的爆炸炸得粉碎。
它们来到地球之后直接将当地的武装力量完全控制住了。不过它们并没有马上展开侵略，而是慢慢适应地球的气候，并且将加鲁加群岛打造成一个名叫“红隼”的组织。
你怎么也不会想到，高出人类好几个维度的外星异形，使用的居然是地球老鹰的标志。
《魂斗罗1》，2633年红隼以加鲁加群岛为基地，向附近展开了侵略行动。地球联邦这边马上派出两名精锐的战士，被称为魂斗罗的比尔.雷泽和兰斯.比恩前往加鲁加群岛查看情况，并且破坏对方的计划。
比尔和兰斯捣毁了异形的巢穴，消灭了天王鬼龙神和天王创魔心，人类以为大获全胜了。但其实仅仅是除了疥癣之疾而已，更狠的还没有出来。
《魂斗罗2》发生的时间是2634年，在南美洲的GX军事训练基地，哈尔将军发出了一条求救信号：“我们受到了强烈攻击……那些怪物卷土重来了。”
这次比尔·雷泽和兰斯·比恩再次打入异形内部，顺利完成了任务，消灭了天王鬼、阴兽魔神像和阴兽。但依然没有动摇异形巢穴的根基。
《魂斗罗3》发生的时间在之后两年，也就是2636年，天王鬼再次重生。要求地球联邦交出“莫伊莱遗物”，可惜遭到了地球联邦的拒绝，谈判破裂。
此时的异形已经掌握了基因融合技术，完全适应了地球环境，直接轰炸了地球的一个城市以示警戒。
比尔·雷泽与兰斯·比恩（不同的版本中主角名字不同）奉命摧毁敌军中枢系统，先后消灭了阴兽、天王鬼龙神、天王鬼、天王创魔心、脑垂生命体......算是彻底消灭了天王鬼一脉。
《魂斗罗4》黑蛇在坠入地球之后，渐渐身体变成了胚胎，这之后它想办法控制了附近的一个基地，并秘密将自己的身躯放在实验室的玻璃容器之中，静静等待复苏。（美版中则是人类提取了天王鬼残留的细胞，创造出的“黑蛇”）
最初登场于GB平台的《Operation C》，之后再次出现时是在《魂斗罗4》。黑蛇降临之后，以人类为养分，在体内将天王鬼重生了。
黑蛇的智商相当的高，选择与唯利是图的雇佣军部队“疯狗”（Mad Dog）和“毒蝎”（Scorpion）勾结，共同制造混乱。可惜最终还是被主角火力压制了下来。
到这里，木星神殿的“防御机制”总算彻底被消灭了。其他外传中发生的故事基本上也与外星文明没有什么关系了。
那么，这一切的幕后黑手是在什么时候曝光的呢？
没错，就是PS2上面的《真魂斗罗》。
地球联邦总部的幕后首脑是三位远古人，他们独占地球资源很多年，当年是去木星神殿盗取“莫伊莱遗物”的策划人。在拿到“莫伊莱遗物”之后，虽然一直无法完全破译，但也从其中获取到了一些重要数据，并且掌握了生命的密码，让这三个人类一直保持年轻状态，以及超越普通人类的大智慧。
要是他们破译了“莫伊莱遗物”就能掌握了生命的起源，就会成为“真神”不死不灭。
“莫伊莱遗物”当年诱惑人类将它带下来之后，虽然是高等文明的产物，但自身无法直接破译，因此一直处于胚胎状态，静静等待时机成熟的那天。多年以来也一直在悄悄收集地球的信息。
这么多年来，只有兰斯发现了真相。但却被三个远古人灭口了。
在弥留之际，兰斯选择和天王鬼的胚胎融合，变成了拥有人类外表的怪物，勉强活了下来。并且自己建立了“红隼”部队来抗衡地球联邦。当比尔知道真相之后，才知道这么多年来所谓的地球防卫战，其实是侵略者死守“赃物”啊！
比尔最终还是反水了，他成功攻入了联邦总部。哪知道在这个关键节骨眼儿，三位远古人却意外破解了“莫伊莱遗物”的核心，并在很短的时间内得到了神秘力量。然而三个远古人怎么也没有想到，“莫伊莱遗物”居然是有意识的，而所有的一切根本就是它策划的。
人类和外星异形全都是棋子。
可惜一切都太晚了，三个远古人被它完全吸收，“莫伊莱遗物”成为了游戏的最终BOSS。
好在“莫伊莱遗物”刚刚苏醒，力量并没有达到巅峰状态，很快就败下阵来。
哪知道在爆炸之后居然还想拉着主角垫背。当然了，主角团的技术是够硬的，硬生生将其消灭在天际之中。
属于《魂斗罗》的剧情在这里就基本上彻底完结了。这之后虽然有新的剧情，但没有外星文明的加入，似乎已经很难再深入人心了啊！
注：文中部分图片来自网络，如侵删
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