蛋白质残留检测是生物制药领域，一项至关重要且法规强制要求的质量控制环节。它直接关系到最终药品的安全性、有效性和纯度，蛋白质残留检测方法存在多种挑战。例如：待测样品中可能含有许多干扰分子使得特定蛋白的检测变得困难；许多蛋白质在生物样本中的浓度很低，而不同蛋白质的浓度可以相差数个数量级等。
实验室可以直接检测和定量总蛋白，使用紫外和可见光谱法等进行快速定量，以相对于标准或基于已知蛋白质消光系数来确定总蛋白浓度。中国药典2025年版四部通则0731蛋白质含量测定法列出了七种测定蛋白质含量的分析方法，其中适合测定蛋白质杂质的分析方法有：福林酚法（Lowry法）与考马斯亮蓝法这两种方法。
福林酚法（Lowry法）基于生物素-硫氰酸盐反应，并涉及在碱性溶液中通过蛋白质还原并形成一种通过还原增色剂：福林酚生成的有色化合物。这种有色化合物可以在长波长（750nm）下产生并可测量，这有利于减少背景光，因为在此波长处较少的化合物吸收光，因此背景更低。
考马斯亮蓝法染料选择性地与某些氨基酸和三级蛋白结构结合。因此，不同蛋白质之间的染料结合效率可能会有所不同，为了使染料与蛋白质结合，蛋白质的质量必须很高，因此这种方法通常用于分子量较高的蛋白质。以上两种方法均有可能出现假阳性的结果，除消除假阳性的干扰，也可以采用其他方法进行辅助确认。
高效液相色谱法基于MS质谱分析样品在质谱，部分和流动相分离，被离子化后，经质谱的质量分析器将离子碎片按离子的质荷比分离，然后经检测器测量各种离子谱峰的强度得到质谱图。由于蛋白质分子通常较大，因此可选用较C18更大孔径的色谱柱。
微源检测实验室开发SEC-HPLC-FLD结合体积排阻色谱和荧光检测器的液相方法检测的蛋白残留含量，用适当的方法纯化酶液（液体酶）或洗脱后纯化（固定化酶）方法的分离效果好，特异性较强，能够以极高的精确度、特异性和准确性识别和定量这些杂质，适合于特定条件下的酶蛋白残留检测。
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