1644年清军入关后，中原虽定，但西北边境的准噶尔汗国始终是清朝的心头大患。这个由卫拉特蒙古准噶尔部建立的游牧帝国，鼎盛时疆域覆盖今新疆全境、青海北部、外蒙古西部及中亚巴尔喀什湖以东地区，面积达400多万平方公里。准噶尔骑兵配备火器，曾击败沙俄远征军，连康熙都感叹“此贼不灭，边患无穷”。从康熙到乾隆，三代皇帝耗时70年，才彻底终结这个威胁，也由此奠定了现代中国的版图基础。
康熙十六岁亲政时，准噶尔首领噶尔丹已统一卫拉特四部，正率军东扩。1690年，噶尔丹以“追击喀尔喀蒙古”为由南下，喀尔喀诸部不敌，联名向康熙求救。康熙御驾亲征，两军在乌兰布通展开激战——清军以火炮轰开准噶尔用骆驼组成的“驼城”，噶尔丹虽率残部逃脱，但准噶尔东扩的势头被遏制。1696年，康熙再次亲征，在昭莫多之战中设伏，噶尔丹的主力被全歼，走投无路的他最终服毒自尽。但准噶尔汗国并未灭亡，策妄阿拉布坦继位后，将扩张重心转向西南，1717年派军攻入拉萨，杀死和硕特汗王拉藏汗，占领西藏。康熙派十四阿哥胤禵率军远征，耗时三年才将准军逐出藏区，却因路途遥远、粮草不济，未能直捣伊犁。
雍正继位后，准噶尔的威胁仍在。1729年，雍正派傅尔丹、岳钟琪分两路进攻准噶尔，却因保密不周，傅尔丹部在和通泊遭准军伏击——一万余清军战死，这是清朝与准噶尔交锋中最惨痛的失败。虽然后来策凌在光显寺之战中斩首准军一万余级，扳回一局，但雍正帝深知“准噶尔败则求和、胜则复扰”的循环难以打破，最终选择与准噶尔划界议和：科布多定为“中立区”，清朝割让克木可穆齐克以西的乌梁海地区。此时的清朝虽未彻底征服准噶尔，但通过设立驻藏大臣（1727年）、平定青海罗卜藏丹津叛乱（1723年），已将西藏、青海纳入版图，完成了对准噶尔的战略包围。
乾隆继位时，准噶尔汗国已陷入内乱：策妄阿拉布坦的女婿阿睦尔撒纳与大策凌敦多布之孙达瓦齐争夺汗位，阿睦尔撒纳战败后率部投清，不仅带来了准噶尔的地形、兵力部署图，还揭露了各部之间的矛盾。1755年，乾隆力排众议，派五万清军分南北两路进攻伊犁——北路军由班第率领，南路军由永常率领，阿睦尔撒纳为向导。清军一路势如破竹，仅用三个月就抵达伊犁，达瓦齐率残部退守格登山。没想到，清军将领阿玉锡仅率24人夜袭准军大营，准军以为被清军主力包围，顿时大乱，达瓦齐被俘。但阿睦尔撒纳并不满足于“辉特汗”的封号，他想要的是整个准噶尔的统治权，于是在1756年反叛，杀死清军留守将领班第。乾隆大怒，下令“尽行剪戮，永绝根株”——清军对准噶尔各部进行彻底清剿，男丁无论老幼一律诛杀，妇孺充为奴隶；加上天花流行，准噶尔部人口锐减，曾经雄踞中亚的游牧帝国就此从历史舞台上消失。1759年，准噶尔汗国最后的抵抗被粉碎，乾隆将这片土地命名为“新疆”，意为“故土新归”，并设立伊犁将军统辖整个新疆地区，下设参赞大臣、都统等官员，还鼓励内地汉人移民屯田，使新疆从军事占领转向行政治理。
经康雍乾三代近百年的经营，清朝的疆域达到极盛。1820年（嘉庆二十五年）的清朝版图显示，其控制范围西至巴尔喀什湖，北至外兴安岭，东到库页岛，南达南沙群岛，总面积达1316万平方公里。这些领土并非简单的军事占领，而是通过一系列制度设计实现了有效管辖：在东北设立盛京、吉林、黑龙江三将军；在蒙古实行盟旗制度；在新疆设伊犁将军；在西藏设驻藏大臣；在台湾设台湾府（1885年升为省）。这些措施将原本松散的“朝贡体系”转化为直接的行政控制，使清朝成为一个真正的多民族统一国家。
尽管晚清时期，由于列强侵略，清朝丢失了外东北（1858年《瑷珲条约》、1860年《北京条约》割让给沙俄）、外蒙古（1911年独立）等部分领土，但现代中国的版图框架——960万平方公里的“雄鸡”形状，正是基于清朝的极盛版图奠定的。民国成立时，明确继承了清朝的疆域；新中国成立后，又通过与苏联、蒙古等国的外交谈判，确认了边界线，并通过民族区域自治制度（如新疆维吾尔自治区、西藏自治区）巩固了对边疆地区的治理。可以说，康雍乾三代的努力，不仅解决了困扰中原王朝千年的“游牧-农耕”对抗问题，更给后世留下了一份关乎国家领土完整的核心遗产——没有他们的坚持，现代中国的版图可能只是“汉地十八省”，而非如今辽阔的960万平方公里。
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