在陕北黄土高原与毛乌素沙漠交界的苍茫大地上，静卧着一座距今约4300年至3800年的石峁古城。作为中国已知规模最大的史前城址，它以皇城台为核心，构建起内城、外城的两重城垣，与周边寨山等卫星聚落形成覆盖20余万平方公里的庞大体系，宏大的城防、神秘的祭祀遗迹与精美的玉器，无不昭示着一个早期国家的辉煌。
这座古城的先民从何而来？复杂社会如何运转？困扰学界多年的谜题，被一项历时13年的古DNA研究解开。中国科学院古脊椎动物与古人类研究所团队联合陕西省考古研究院等单位，对石峁遗址、周边及晋南地区共169例古代人骨样本展开核基因组分析，首次用遗传学证据揭示了石峁人群的来源与社会结构。
研究覆盖石峁核心区（皇城台）、内城、外城及周边卫星聚落的144例核基因组显示，无论身处哪个等级区域，人群的遗传成分高度一致，均源自陕北本地仰韶晚期人群——以五庄果墚遗址为代表的祖先群体。他们不仅与同时期河南农业人群遗传相似，还拥有一支独特的祖先成分，暗示更早时期有古老人群融入，共同构成石峁先民的基因库，实证了石峁文化的本土连续演化。
石峁并非封闭的孤岛。少数个体中检测到北方草原裕民成分与南方沿海稻作人群的遗传痕迹，说明它与南北人群保持着零星但持续的交流。南方成分扩宽了对稻作农业北传的理解，草原成分则是长期互动的结果，但这些交流并未改变主体人群的连续性，反而勾勒出“主干清晰、多元交融”的动态图景。
更令人惊叹的是对社会结构的解析。石峁的殉葬制度有明显性别偏好：外城东门“头骨坑”的公共仪式人祭以男性为主，高规格贵族墓的殉人则全为女性，且与墓主无直接亲缘，甚至有二级亲缘关系的殉人。通过墓主DNA重建的四代家族谱系显示，父系血缘是社会核心，男性是家族传承者，配偶来自不同家族；较高地位的家族还会有意识规避近亲婚配。Y染色体单倍型单一、线粒体单倍型多样的特征，进一步支持了父系主导的居住体系。
这项发表在《自然》杂志上的研究，不仅解开了石峁人群的身世之谜，更首次用古DNA解析了大规模史前都邑的社会结构。它证实中华文明从起源阶段就保持本土连续演化，同时与周边文化多元互动，为“多元一体”格局的早期演进提供了关键实证，也为理解早期国家的权力构架与社会组织模式，提供了鲜活的微观范本。
石峁古城的石头不再沉默，古DNA让4000年前的人群与社会“活”了过来——他们是本土生长的先民，是多元交流的参与者，是父系社会的构建者，更是中华文明早期实验的亲历者。
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