琉球群岛曾是独立王国，1372年中山王察度派使者向明朝进贡，建立宗藩关系，五百多年使用中国年号，派贡船队贸易。

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1609年萨摩藩岛津氏率兵入侵，俘虏国王尚宁，强迫签署誓约，每年输粮八千石。从此琉球名义独立，实际受萨摩控制，继续向清朝朝贡。

1872年明治政府宣布琉球为藩，册封尚泰为藩王。1879年3月27日派松田道之带军警四百人进驻，宣布废藩置县，将国王押解东京。琉球官员向清朝求援，清政府无力干预。日本通过武力吞并琉球，设立冲绳县。

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北海道原住民阿伊努人生活上万年，以渔猎为主。1869年明治政府改虾夷地为北海道，任命黑田清隆开拓，军队进驻。1871年起本土移民涌入，黑田分配土地，阿伊努猎场变农田。

1899年颁布北海道旧土人保护法，强制同化，禁止狩猎祭祀，强迫改日本姓名。明治时期，日本视北海道为防俄基地，通过移民和政策纳入版图，无视阿伊努人同意。

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二战后1943年开罗宣言限制日本领土于本州等四岛，琉球群岛由美国托管。1945年波茨坦公告附加同盟国决定条件。

1951年旧金山和约确认美国行政权，日本保有潜在主权。1972年5月15日美国移交施政权给日本，琉球成冲绳县。冲绳占日本国土0.6%，承载七成驻日美军设施，居民抗议基地噪音和士兵犯罪，反对活动持续。环境污染事件发生，影响生活质量。

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北海道阿伊努人1997年废止旧土人保护法，2008年国会决议承认原住民身份，2019年通过阿伊努施策推进法，设立民族共生象征空间。

但超七成阿伊努人仍感歧视，就业不公，语言使用者不足十人。联合国讨论领土争议，日本表面缓和，回避权利归还。

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琉球和北海道冲突延续，美军基地扰民，阿伊努语言濒危，居民抗议持续。