东南大学与南京大学同根同源，均源自1902年创立的三江师范学堂，且同为坐落于南京的“985工程”“211工程”“双一流”A类顶尖高校，堪称江苏高等教育的“双子星”。尽管有着深厚的历史渊源和同等显赫的办学地位，但历经百年发展与积淀，两校逐渐形成了截然不同的办学特色与发展路径，核心差异集中在办学定位、学科实力、科研导向、人才培养等多个关键维度，呈现出“综合文理翘楚”与“工科特色标杆”的鲜明分野。

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在办学定位上，两校的发展方向截然不同。南京大学以“综合性、研究型、国际化”为核心定位，致力于打造涵盖文、理、工、医、经、管、法、艺等全学科门类的顶尖综合大学，传承国立中央大学的人文与科学基因，侧重基础研究与学术引领，彰显着“人文智者”的儒雅气质，始终追求“止于至善”的学术境界。而东南大学则以工科为主导，其主体源自国立中央大学工学院，历经南京工学院时期的深耕细作，始终以工科为办学根基，聚焦国家重大工程需求，侧重工程技术的转化与应用创新，凸显“工科巨匠”的务实特质，是我国工科领域不可忽视的顶尖院校。

学科实力的差异是两校最直观的体现。南京大学的学科优势呈现“全而强”的特点，全学科发展均衡，A类学科总数达28个，位居全国高校第5位，其中12个A+学科集中在基础理科与人文社科领域，包括天文学、地质学、哲学、中国语言文学等，数学、物理等基础理科实力稳居国内顶尖，近年在量子信息、人工智能等交叉学科领域也实现了快速崛起，形成了文、理、工、医协同发展的良好态势。与之不同，东南大学的学科优势则是“专而精”，工科集群实力尤为突出，A类学科总数为19个，6个A+学科全部集中在工科领域，建筑学、土木工程、信息与通信工程等学科实力雄厚，其中建筑学连续多轮学科评估稳居全国前列，与清华大学并列顶尖，被誉为“建筑学家的摇篮”，同时其公共管理学科斩获A+，6G、低空技术等新兴工科领域布局超前，形成了“工科强势、文科突围”的特色格局。

科研导向的不同，进一步凸显了两校的办学特色。南京大学以基础原创研究为核心，强调科研的前瞻性与原创性，牵头“深时数字地球”“天体物理与宇宙演化”等国际大科学计划，在拓扑物理、引力子激发等前沿领域成果丰硕，《自然》《科学》等顶刊发文数量可观，重点聚焦量子信息、纳米材料、脑科学等关键前沿方向，力求在核心技术的基础研究层面实现突破，减少对外技术依赖。东南大学则以工程应用转化为导向，紧密围绕国家重大工程需求，长期参与C919大飞机、港珠澳大桥等国家级重点项目，其6G太赫兹芯片、智能医用导管等科研成果成功打破国外垄断，产学研融合能力极强，重点布局低碳技术、深海探测等国家战略领域，让科研成果真正落地见效。

在人才培养与校园氛围上，两校也各有侧重。南京大学推行“1+X+Y”人工智能通识课程体系，扩充双学士项目，侧重基础理论与跨学科培养，致力于培育兼具理论深度与综合素养的学术型、复合型人才，其计算机金融实验班等特色项目的毕业生，备受投行、券商等机构青睐。东南大学则设立集成电路领军班、“吴健雄登峰班”，采用导师制与项目制相结合的培养模式，要求学生完成国家级科研项目方可毕业，同时推动“寻脉问源式教学”，将课堂搬进工地、产业一线，专注于培养工程技术领域的领军人才。

校园文化方面，南京大学人文气息浓厚，鼓楼校区的古朴欧式建筑、仙林校区的清幽环境，搭配涵盖哲学、艺术等领域的多元讲座，书卷气十足，还曾作为《建国大业》等影视剧的取景地；东南大学则工科氛围突出，四牌楼校区作为六朝宫苑遗址，拥有大礼堂、孟芳图书馆等特色民国建筑，被誉为“四牌楼影视基地”，是《致我们终将逝去的青春》等影视剧的取景地，九龙湖校区周边产业密集，为学生提供了丰富的实习机会。

从录取难度来看，两校在江苏地区（2025年）的分数线均处于高位，整体而言南京大学略高于东南大学：南京大学物理+化学（非医学）661分、物理+化学（医学）658分，历史类643分，物理类必选化学；东南大学物理+不限654分、物理+化学（非医学）657分、物理+化学（医学）644分，历史类636分，物理类预留少量不限选科名额，其强工科专业组分数线已接近南京大学。

总体而言，东南大学与南京大学虽均在向综合化方向发展——南京大学不断加强新工科建设，东南大学持续完善人文社科布局，但两者的核心优势差距依然显著。若侧重基础科学、人文社科或医学领域的学习与研究，南京大学无疑是更优选择；若想深耕工程技术、建筑设计、信息技术等领域，东南大学则更具竞争力。两校优势互补、各有专攻，共同支撑着江苏高等教育的高质量发展，也为不同发展方向的学子提供了顶尖的成长平台。