对于倭寇问题，洪武皇帝朱元璋曾经想过一劳永逸解决问题，奈何天时地利人和都不满足条件，最终害死不了了之，真正大的变化还是来自于日本国内部。明朝建立初期，开国皇帝朱元璋在整顿内陆局势时，发现山东至浙江沿海频繁遭受武装船队袭扰。这些劫掠者主要由两部分构成：其一是元末农民起义军残部，如张士诚、方国珍的旧部，他们在与朱元璋争夺天下失败后逃往海上；其二便是日本九州、四国地区的落魄武士与浪人。

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这两股势力相互勾结，形成早期倭寇集团。面对海上的问题，朱元璋采取了双重策略。一方面，他于洪武二年（1369年）派使者杨载出使日本，要求南朝征西将军良怀约束倭寇。但良怀在回信中自称“日本国王”，拒绝承认明朝宗主地位，甚至扣押明朝使臣。另一方面，朱元璋會计划仿效元朝组建水师远征日本，但考虑到元军两次渡海征日均遭台风摧毁的教训，最终在《皇明祖训》中将日本列为“十五不征之困”。旣然远征和怀柔都没有起到作用，明朝只得部署起防御措施。

明洪武十七年（1384年），朝廷颁布政令从军事、经济两个方面对抗倭寇的骚扰。军事上，明军在山东至福建沿岸修筑七十五座卫所城寨，设置烽堠（瞭望塔）两千余处，常驻兵力约十万人，形成“卫一所一寨”三级防御体系。此外，明廷推行“片板不许下海”政策，禁止民间建造双桅以上船只，违者以“通倭”论处。此举核心意图还是在经济上封锁倭寇。这种高压政策在短期内的确起到了一定作用，但未能根治问题。

据《明太祖实录》记载，仅洪武五年（1372年）至洪武九年（1376年），倭寇就劫掠山东胶州七次、浙江温州十二次（尽管规模与影响都不大）。直到日本政局出现转机，情况有所改善。洪武二十五年（1392年），日本室町幕府第三代将军足利义满结束南北朝分裂，统一全国。为获取明朝的丝绸、瓷器等商品，足利义满主动称臣纳贡。

建文三年（1401年），他派遣使团携带“日本国王臣源道义”的国书赴明，燕王朱棣“靖难”成功后正式授予其“日本国王”金印，开启“勘合贸易”时代。在此制度下，日本商船需携帶明朝颁发的“永乐勘合符”（贸易凭证），经浙江市舶司查验后方可进行朝贡。不过这样的局面并没有维持多久，毕竟日本国内的政治环境就像过山车，稍有不慎换个人上台就把之前的政策推倒重来。