谷歌DeepMind和Isomorphic Labs合作，祭出了药物设计之王。
刚刚，IsoDDE横空出世，一夜成为全球最强药物设计AI，取得重大突破。
相较于AlphaFold 3、Boltz-2，IsoDDE大幅提升了预测准确性。
在蛋白质-小分子配体测试中，IsoDDE的准确率超过 AlphaFold 3两倍以上。
IsoDDE还能精准预测小分子结合亲和力，精度超越了传统基于物理的“金标准”，时间与成本却仅为零头。
不仅如此，仅凭氨基酸序列，IsoDDE就能准确识别靶点蛋白上的全新、可成药的结合口袋。
这些标志着，AI正从理解生物分子的模型，进化为赋能真实药物研发流程的「引擎」。
而打造IsoDDE的团队，可谓大有来头。
Isomorphic Labs，这家由谷歌孵化的AI制药公司，第一次外部融资便募集了6亿美元。
2024年，Isomorphic联合DeepMind共同发布了AlphaFold3，可以预测所有生命分子的结构和相互作用，成为药物研发的革命性工具。
目前，公司已经与诺华、礼来和强生等药企巨头在药物研发上达成重要合作，总金额超过30亿美元。
诺奖得主、Isomorphic Labs创始人Demis Hassabis更是放出豪言：「未来十年，AI将治愈所有疾病」。
IsoDDE的发布，正以将这一看似遥不可及的梦想变为现实。
最强AI制药模型，开启药物研发新纪元
预测真正新颖的生物结构
精准预测生物分子及其相互作用的结构，将重塑药物设计。
AlphaFold3曾彻底改变蛋白质-配体结构预测，
免费开放的AlphaFold 蛋白质数据库，已被全球190多个国家、超300万研究人员使用。
然而后续基准测试表明：对于与训练样本差异较大的结构，AlphaFold 3的精度差的多。
换句话说，它难以泛化到生物分子空间中未被探索的区域。
而这恰恰是药物发现中最富潜力、也最具挑战的未知领域。
IsoDDE在这里实现了质的飞跃。
在专为测试“新口袋+新配体”泛化能力设计的基准上，它在最难案例中的准确率是AlphaFold3的两倍以上。
为复杂生物制剂打开新窗口
不仅如此，随着疗法从小分子向更加复杂的生物制剂（如抗体）拓展，精准建模抗体-抗原界面变得至关重要。
在这方面，IsoDDE也实现了显著突破。
在高精度区间（DockQ > 0.8）的的全新抗体-抗原测试集上，IsoDDE的精度是AlphaFold 3的2.3倍，更是Boltz-2的19.8倍。
结合亲和力预测的新“金标准”
知道三维结构只是第一步。
真正优化药物，还需精准预测分子与靶点的结合强度（即结合亲和力）。
传统方法面临两难：
基于深度学习的方法速度快，但精度不足；基于物理的方法（如自由能微扰（FEP））精度高，却计算昂贵、耗时，且严重依赖实验解析的晶体结构。
而IsoDDE打破了这一困境。
在三大公开基准（FEP+4、OpenFE、CASP16 盲测任务）上，IsoDDE大幅领先所有现有深度学习方法。
甚至超越了FEP等物理方法，并且无需任何实验结构输入。
拓展更多可成药蛋白质
在没有已知配体的情况下，识别蛋白质上所有潜在的结合口袋，意义非常重大。
这将为针对全新的“不可成药”靶点的药物研发打开突破口。
IsoDDE正具备这种强大能力。
即便与训练集差异极大，IsoDDE仍能识别全新的、可成药的口袋，性能接近实验方法。
传统实验方法需耗费大量时间、资金，而IsoDDE 只需数秒即可完成计算。
以cereblon蛋白为例，过去15年，人们一直认为它只有一个主要成药位点。
但2026年Dippon等人通过实验，意外发现了一个全新的结合口袋。
而IsoDDE成功复现了这一发现：仅输入cereblon序列，就准确预测出经典口袋与全新口袋的位置。
谷歌诺奖大佬创立，十年内治愈所有疾病
2021年，Isomorphic Labs从DeepMind拆分出来，成为谷歌母公司Alphabet的子公司。
尽管Isomorphic Labs与DeepMind在组织上保持独立，但两者仍保持着紧密的业务关联和合作。
例如，Isomorphic Labs的创始人兼CEO，也是DeepMind的创始人兼CEO——Demis Hassabis。
Demis Hassabis被称为“地球上最聪明的人之一”，8岁编写出电脑游戏、13岁达到国际象棋大师级水平、20岁以双优成绩从剑桥大学计算机科学毕业，并在之后获得神经学博士学位。
因在AI蛋白质结构预测和设计所做的贡献，他与另两位科学家一起被授予2024年诺贝尔化学奖。
Demis Hassabis曾放言“十年内，AI将治愈所有疾病”，而Isomorphic Labs正是为了这一目标而创立。
2024年1月，Isomorphic Labs宣布与礼来和诺华达成了两项价值30亿美元的药物发现协议，一年后，诺华宣布进一步扩大了与Isomorphic Labs的合作范围。
2024年5月，Isomorphic联合DeepMind共同发布了AlphaFold3，可以预测所有生命分子的结构和相互作用，成为药物研发的革命性工具。
今年1月，公司宣布与强生旗下的生物技术部门杨森制药达成合作协议，将Isomorphic的AI设计引擎与杨森在药物开发方面的专业知识相结合，共同进行"跨模式、多靶点研究合作"。
2025年3月，Isomorphic Labs宣布在第一次外部融资中筹集了6亿美元，由Thrive Capital领投，GV参投，现有投资者谷歌母公司Alphabet跟投。
在Thrive Capital创始人Joshua Kushner看来，“Isomorphic Labs处在稀缺地位，将定义药物发现和设计的新时代”。
在木头姐的《Big Ideas 2025》报告中，也将Isomorphic Labs列为AI药物研发领域的少数关键公司。
目前，Isomorphic Labs正在用AI创建一个通用的药物设计引擎，不仅能用于单一靶点或单一药物类型，更能反复应用于任何不同的疾病领域。
公司在内部药物管线的开发上也颇为顺利，Demis Hassabis此前表示，其首款AI设计药物将很快进入临床试验。
—The End—
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