1969年8月20日出生在河北石家庄。父母见他个子冒得快，1983年就把他送到省体校专门练篮球。他学东西上手快，1984年进了河北青年队，1985年直接升到省男篮打前锋。那年他刚16岁，身高已经两米出头，身体结实，篮下卡位和扣篮都拿手，很快在队里站住脚。
1989年他不到20岁就入选国家男篮，当上主力大前锋。之后几年他参加亚运会拿了冠军，还打过世界锦标赛，在亚洲赛场表现突出。1992年巴塞罗那奥运会，他跟着队伍出战，虽然上场时间有限，还是打出了自己的贡献。奥运结束后，他决定去美国继续打球和读书，尽管篮协明确警告会取消国家队资格。
到了美国，他先在犹他山谷社区大学适应环境。那边节奏快，身体对抗强，他咬牙跟上。1992到1993赛季打下来，数据稳步上升。之后转到犹他大学正式参加NCAA比赛，成为最早一批在中国大陆球员里进美国大学联赛的人。1993到1994赛季，他打满28场，还在对阵亚利桑那大学的比赛里拿到个人新高分数和篮板。
1994到1995赛季，球队来了新球员，他上场时间缩水不少。1995年夏天他去洛杉矶快船试训季前赛，出场时间稳定，但常规赛开始前被裁掉，没能留在NBA。之后他转去菲律宾联赛打了三个月，帮球队拿到加强赛冠军，当地球迷对他评价很高。那段时间他打得顺，证明自己在国外也能立足。
在美国读书期间，他在犹他大学遇到了日本裔女生高桥美子。她在美国长大，父亲做生意，家境不错。两人因为都是亚洲面孔聊得来，马健主动接近，1994年前后确立关系。他们平时用英语沟通，感情一步步稳下来。高桥美子后来全程支持他度过低谷。
1995年从菲律宾回来，马健申请重回国家队。1996年亚特兰大奥运会周期，他状态不错却没被选中。他公开说过选拔过程里关系因素占了上风，这番话传开后，篮协就彻底把他排除在外。从那以后他再也没有代表国家队出战国际比赛，跟男篮体系的联系断了。
回国后他先加盟北京首钢打CBA。1997赛季他帮球队完成保级，场均得分和篮板都很突出，证明自己还能打。1998年他转到北京奥神，当起核心球员。球队那年从乙级打上去，他贡献稳定，赛季末还入选北方全明星阵容。
在奥神期间他继续打主力，2000赛季前期数据保持不错。12月21日一场主场比赛后，球队突然把他开除。原因是合同出现纠纷，老板怀疑他表现有问题。马健不服，提起诉讼告球队侵犯姓名权。法院审理后判那份合同无效，因为缺少关键条款和签字，但他因此两年多没球可打。
官司期间他无法注册参赛，日子过得艰难。2002年11月他签约上海东方，12月7日完成首秀。2003年3月球队又因合同问题把他裁掉。那时他已经34岁，身心都累，就此选择退役。CBA阶段的转会和解约，让他跟几家俱乐部都留下了纠葛。
退役后马健没完全离开篮球圈。他先尝试做生意，还在2010年拍过几部电影演小角色。后来他转行当篮球解说员，主要在网络平台分析NBA比赛。解说时他话风直接，常点出中国男篮和CBA存在的问题，比如训练方式和管理模式。这让他在圈内一直有争议。
高桥美子这些年一直在他身边。两人结婚后生了两个儿子和一个女儿。小女儿2016年出生，到2025年已经9岁。大儿子早已成年。全家定居北京，生活平稳。高桥美子父亲早年在拉斯维加斯给过一套房子，帮助他们渡过经济难关。她入乡随俗，学会照顾家庭和支持马健的事业。
如今2025年马健56岁，身体保持得很好。他住在北京，经常在社交平台发健身视频，肌肉线条还像当年打球时那么结实。白天他打理自己的公司，晚上固定做NBA解说，跟搭档一起聊球，观点尖锐但专业。粉丝喜欢他这种不拐弯的风格。
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