乾隆三十三年六月，两淮盐引案爆发，前两淮盐运使卢见曾因隐匿提引银两被江苏巡抚密劾，朝廷打算抄家查办。当时纪晓岚正在内廷值班，他的长女嫁给卢见曾之孙，两家是儿女亲家。纪晓岚急着通风报信，却不敢写一字，只让人送了封装着茶叶和盐粒的无字信。卢见曾琢磨出“查盐空”的意思，赶紧转移财产。事情败露后，纪晓岚以泄密罪被流放新疆乌鲁木齐，这年他四十八岁。

纪晓岚在新疆待了近三年，走了条绕东天山的环形路线：从乌鲁木齐出发，经昌吉、阜康、吉木萨尔、巴里坤、哈密、鄯善、吐鲁番，再回到乌鲁木齐。他的差事是监管修筑城墙，相比其他流放者，待遇算轻松。这段日子里，他听当地百姓讲了不少边疆的风土人情、鬼怪故事，后来都写进了《阅微草堂笔记》。他还在星星峡镇留下文字，说那里夹在山峡间，阴气森森，只有九户居民，峡西曾有魑魅，建了关帝庙后邪魔渐消，过客常留香火钱，还有两匹神马，一匹往各山觅食，每月初一十五到庙；一匹每天去村店，和过客的马同槽吃，饱了就走。

清代流放新疆的名人不止纪晓岚。林则徐因鸦片战争在1841年被遣戍伊犁，在西北苦寒之地完成《四洲志》，这是近代中国第一部相对完整的世界地理书，叙述了五大洲30多个国家的地理、历史和政治状况。刘鹗则在光绪三十四年，因私自购置太仓米和为外国人买地发配新疆，到乌鲁木齐后在城隍庙行医维持生计，慢慢有了名气。可他没等到宣统皇帝大赦，在大赦前一个月失足滑倒中风，抢救无效去世，终年五十二岁。

乾隆三十六年，乾隆想起纪晓岚编书的本事，下诏让他回京。十月纪晓岚在密云迎接銮驾，被复任翰林院编修。后来他官越做越大，三迁御史，三入礼部，还主持编撰《四库全书》。但新疆的三年流放，让他体会过君主无常、官场险恶，那些边疆见闻也成了《阅微草堂笔记》里最鲜活的部分。而林则徐的《四洲志》、刘鹗的行医故事，和纪晓岚的笔记一起，成了清代流人在新疆留下的特殊印记。