酶作为生物催化剂,以其高效性和精准性在自然界物质转化中扮演着关键角色。然而,这些生物大分子在工业应用环境中结构脆弱,容易失活。将酶固定在固体载体上虽能增强其稳定性,却常常因传质阻力导致活性大幅下降。面对种类繁多的酶和催化反应,如何为特定酶快速找到最佳的固定化载体,一直是生物催化领域的核心挑战。

2026年3月8日,《Nature Communications》期刊在线发表了清华大学化学工程系戈钧袁志宏教授团队题为《Accelerated discovery of highly active enzyme nanohybrids with parallelized Bayesian optimization in hybrid space》的研究论文。这项研究开发了一种名为并行化混合空间贝叶斯优化(PHBO)的机器学习算法,在有限的实验次数内,成功从超过10^7种可能的反应条件中,为三种不同酶筛选出高活性恢复的纳米载体。

打开网易新闻 查看精彩图片

研究团队首先构建了一个包含7种锌盐(分类变量)和17种配体(分类变量)以及盐浓度、配体浓度、反应时间(连续变量)的混合变量反应空间。针对传统贝叶斯优化难以处理混合变量的问题,他们开发了PHBO算法。该算法通过概率重参数化技术将分类变量转化为连续分布,并定制了混合变量核函数,同时引入Nearby Liar方法实现并行化采样推荐(每轮推荐8组条件)。以葡萄糖氧化酶(GOx)为模型,PHBO在11轮迭代后实现了约110%的活性恢复,远超传统单因素实验方法的86.1%和对比算法LocalSearch的水平。PHBO探索的实验条件分布更均匀,尤其关注低浓度区域,发现了Zn(Ac)2和2-tIM在配体/锌摩尔比1.4左右的最优组合(B6)。

研究进一步将PHBO扩展到过氧化氢酶(CAT)和南极假丝酵母脂肪酶B(CALB)的载体发现中,并引入了迁移学习技术。利用GOx优化过程中获得的知识作为先验,CAT仅用6轮迭代就实现了100%的活性恢复,CALB在10轮迭代后达到80%以上。可视化分析显示,CAT在低浓度和中等反应时间区域活性较高,而CALB则在低到中等浓度和长反应时间区域表现优异。对比实验表明,引入迁移学习的PHBO在第一轮推荐中,CAT和CALB的平均活性恢复分别达到71.31%和28.49%,远高于无迁移学习的对照组的28.74%和4.39%。

打开网易新闻 查看精彩图片

基于已有数据,研究团队利用PHBO的代理模型构建了响应曲面,揭示了特定前体组合下活性恢复与浓度的关系。对于GOx(Zn(Ac)2和2-tIM)、CAT(Zn(Ac)2和HTM)、CALB(Zn(NO3)2和2,4-dmIM),最优摩尔比附近区域均存在高活性窗口。实验验证表明,当配体/锌摩尔比过低时难以形成沉淀导致包封率低,摩尔比过高则因配体水解造成碱性环境使酶失活,且CALB和CAT在摩尔比超过40时无法沉淀。

对最优载体CALB@Zn(2,4-dmIM)2的结构表征显示,与结晶态的CALB@ZIF-8相比,该最优载体呈无定形态,几乎无孔结构,粒径仅20-50 nm。XPS分析表明Zn 2p结合能向低能方向位移,意味着Zn与N的相互作用较弱,为酶提供了更灵活的结构维持环境。圆二色谱证实从该载体释放的CALB二级结构保存完好,而ZIF-8固定的CALB则出现α螺旋峰蓝移。尽管是无定形颗粒,经过10次高速离心循环后,CALB@Zn(2,4-dmIM)2的活性仍保持近70%。

READING

BioPeers

欢迎关注本公众号,所有内容欢迎点赞,推荐❤️,评论,转发~

如有错误、遗漏、侵权或商务合作请私信小编~~

欢迎大家投稿课题组 研究进展 、招聘及招生宣传~

所有文章只为科普、科研服务,无商业目的~