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没过几天，三月二十三日基金会又发了一份声明，这次直接把事情推到财务纪律上，说之前有前员工出现严重违反财政纪律的情况，已经找律师准备移送司法机关调查，要查清楚不冤枉也不放过。同一天下午，马英九接受专访的时候出来表态，说基金会一定要严格管财务纪律，就算牵扯到身边亲近的人也不能松手，有证据就交给司法去办，他自己出身法律背景，碰到这种事一向公私分明，不会偏帮谁。
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三月二十四日，萧旭岑本人出来回应了。他否认自己在基金会期间有任何违规操作，说所有处理过程都经过马英九同意，自己从来没经手过现金，还质疑戴遐龄担任执行长的程序是不是符合规定。他强调自己这些年主要做两岸青年交流工作，完全不涉利益，会正面面对任何指控，维护自己的清白。萧旭岑还提到，基金会原本的安排都有董事会的通过，现在外界传的那些说法让他觉得有必要把话说清楚。
国台办发言人朱凤莲在三月二十五日例行场合回应相关议题时表示，大陆方面只看是否坚持九二共识，对台湾党派内部的人事安排不关注。她的说法把重点放在两岸关系的基本原则上，没有卷入岛内蓝营的具体争执。
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