1934年10月，中央红军被迫开始长征；1935年2月，遵义会议召开后不久，张闻天接替博古在党内“负总责”，开始主持中央日常工作；1935年10月，长征结束到达陕北；1937年7月，日本全面侵华，抗战爆发。
1937年“12月会议”召开，会议决定不设党的总负责人，张闻天成了中央书记处书记之一。新成立的书记处由毛，王明，张闻天，陈云，康生组成。
1941年初，中央将各根据地的高级领导调到延安，集中了120余名高级干部参加整风；1941年9月，张闻天开始检讨自已的“错误”，写出了长达四万字的自我批判的“反省笔记”，将自己从方方面面予以彻底否定。
1942年1月底，为了用实际行动弥补自己的不足，以求“行动上的整风”，张闻天决定化名“张晋西”，和夫人刘英率领一个“延安农村工作调查团”去了陕北和晋西北农村调查。
张闻天的调查大体可分为四个阶段：第一阶段为陕北神府县调查 (1942年2月18日—4月12日) ， 整理出《贺家川八个自然村的调查》。
第二阶段为晋西北兴县调查 (1942年4月22日—9月10日) ，整理出《碧村调查》、《晋西北兴县十四个自然村的土地问题研究》 (大纲) 以及其他13个自然村的调查资料。
第三阶段为陕北米脂县调查 (1942年9月26日—12月2日) 。 整理出《杨家沟地主调查》以及刘家峁、高庙山二村地主的调查。然后在米脂城内调查。
第四阶段为陕北绥德调查 (1942年12月10日—1943年2月24日) 。整个调查，延续一年零两个多月，是此前我党历史上时间最长的一次农村调查。
据调查团成员之一、中央研究院的马洪回忆，张闻天每到一地都是住在农民家里，从一个人一个人的调查开始，然后再以村镇为单位，这样由下而上地进行调查。“记得在神府调查时住在贺家川，闻天同志几乎每一家都去过，每一家户主都亲自谈过话，调查得非常仔细”。
张闻天的夫人刘英也回忆：在米脂杨家沟，张闻天“差不多连每个地主家都去了。哪一个地主开明些，他就与他交谈，交朋友”。
据《张闻天晋陕调查文集》记载，张闻天考察地方，问题广及经济、政治、社会、法律等方面。村民谈话，涉及普通农民、小学教员、商人、绅士、村长、党员；到家访谈调查包括农民、地主等。
特别是在《杨家沟地主调查》中，马维新是杨家沟村最大的地主，张闻天一方面揭露了他的剥削本性，同时也表现了他善于经营和生活节俭的一面。“他治家极精明，不任意花钱。只在子女求学费用上，他不惜大量支出。他个人无抽烟喝酒嗜好，早起早睡，终日忙碌。因此，在他当家时期，差不多每年收支相抵均有盈余，使他能够不断的以此做放账置地的资本”。张闻天对地主阶级的这一评价比较公允，远比一些革命者眼中的“恶魔”客观得多。
经过调查，张闻天提出了不少颇有价值的理论见解，无不闪烁着智慧之光。比如，对神府县按人口平分土地 (一般除中农外) 的做法，他提出土地革命具有正反两方面的作用，认为“在土地革命后，则土地不但分散使用，而且也分散了所有……旧的矛盾 (封建剥削) 是解决了，这是经济发展的一大进步。然而旧的矛盾的解决，不过是新的矛盾的开始。这种新的矛盾虽是它今天还不大显著，但必须给以研究。”这在当时是一个比较大胆的论断！
张闻天更大胆、更有远见、更有价值的见解，是“发展新式资本主义”， 即落后的中国农村必须利用资本主义加快发展生产力。
张闻天提出：“农民已起分化。除富农、雇农外，农村人口的大多数，是中农、贫农小资产阶级成份，这已是资本主义发展的园地。我们有些干部，不懂得发展新式资本主义是新民主主义经济的全部方向和内容，也是将来社会主义的前提”。
张闻天认为，发展新式资本主义有其必然性。因为“资本主义生产方式是现时比较进步的，可使社会进化的”。“在资本主义方式的经营下，首先是富农经营自己土地，并雇长工。土地集中使用而又合理分工……土地产量越高对富农资本家越有利，对全社会更有利”。
张闻天说：“现时不要怕富农，因为今天的富农，每户平均剥削不到一个雇工，垄断不到一百垧山地，这有什么不得了呢？……有些农民出身的干部体贴农民疾苦这是对的。但把改善农民生活完全放在合理分配别人的财富上，则是不对的。应主要从发展生产、增加社会财富来求民生之改善，才是比较妥当的”。
张闻天还认为： “在新民主主义政权下，只要资本主义发展了，工人生活一定会改善”。
张闻天甚至预言：“中国将来才是社会主义和共产主义，今天则要实行新民主主义，就是新式资本主义。因为中国太落后，只有走过新式资本主义的第一步，才能走社会主义的第二步。社会主义和共产主义是我们的理想。发展新式资本主义是我们现时的任务，也是我们当前的具体工作。若把理想当现实，乱来一阵，会弄糟糕的”。
张闻天主持的晋陕农村调查形成的一系列调查报告，符合中国社会的基本实际，不仅为抗战时期农村政策调整提供了依据，也为新中国成立后的土地改革、农村经济建设积累了经验。不可思议的是，八十多年前，张闻天已经对中国农村经济的发展道路给出了“发展新式资本主义”的等大胆论断。这一远见和超越，在党内堪称罕见。
完成晋陕调查后，张闻天又给中央写出一份长达约2万字的报告《出发归来记》。在《出发归来记》中，张闻天精辟地论述了共产党人对于调查研究应当采取的基本态度——“一切必须从客观的实际出发，必须从认识这个客观的实际出发”。通篇贯穿着实事求是、自我省思、追求真理的精神。
1943年后，张闻天虽然身为中央领导之一，但是却没有担负任何实际领导工作，只是主持政治材料室，编辑国际，国内参考资料……
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