萧旭岑出面澄清，自2019年进入基金会以来，马英九就曾承诺他薪资水平不会低于在马府任职时的待遇，至今没有变过；同时强调现任国民党副主席一职为义务职，并未支领任何薪酬。他为自己喊冤，强调基金会的工作都有向马英九报告且获得同意，并否认外界对其两岸交流或以马办名义牟利的指控，透露马英九近年忘了很多事情，相关言论更引发马英九失智说。萧旭岑表示，任何污蔑他人格声誉的人，未来都会采取法律行动，更希望真心爱护国民党、保护马英九的人，不要再亲痛仇快。
马英九办公室在切割声明中特别赞扬接任执行长戴遐龄“人品端正、操守清廉”，此举被外界解读为对萧旭岑“谋财”的暗示。马英九在接受媒体专访时更明确表示，二人涉及财政纪律问题，将整理证据送司法调查，并强调在财政问题上“六亲不认”。熟悉萧旭岑的人士纷纷出面为其辩护，称其一向手脚干净且不直接经手资金，这种众口一词的支持在政坛颇为罕见。更关键的是，萧旭岑带队赴大陆主要是进行学生交流活动，而非与台商接触，所谓“油水”之说难以成立。
有分析指出，这场纷争本质上是争夺马办主导权的派系角力，但这种说法同样站不住脚。马英九卸任已十余年，政治影响力早已式微，在民进党执政的背景下，蓝营层面几乎无人会听从其意见。若仅为争夺马办内部组织的主导权，更是令人费解——目前卷入事件的各方人士都曾担任过高官，经历过政坛大风大浪，谁会在意一个“执行长”的头衔？
针对马英九“忘了很多事”的说法，媒体风向迅速转向关注其健康状况，猜测其是否出现轻微失智症状。但马英九的朋友、228基金会顾问廖继斌明确反驳，称本月初曾与马英九长谈90分钟讨论228事件，若真有失智症状，不可能进行如此长时间的深入交流。
从马英九的个性来看，他向来孤傲，少有推心置腹的朋友。即便有人为他挡刀挡箭，也鲜少获得特殊照顾。罗智强以副秘书长身份背负“马王政争”原罪，蔡正元帮忙扛下中影案如今锒铛入狱，邱毅揭发机要费案重创民进党形象，周锡玮成功赢下台北县成为首任新北市长，苏俊宾“自己找饭吃”这些例子都印证了一位大学教授的评价：“当马英九的朋友没有好处，当马英九的敌人似乎也没有坏处。”
这场马英九基金会的风波，表面是财政纪律争议，实则暗藏多重博弈。无论是派系斗争、路线之争，还是外部势力介入的猜测，都反映出国民党内部深层次的矛盾。在2026年“九合一”选举临近的背景下，这场内耗无疑将影响国民党的整合能力，而两岸交流的未来走向也因此蒙上一层阴影。
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