《阴阳双绝》的故事背景设定在明朝洪武时期，发生在《倚天屠龙记》结尾后的十几年。故事围绕大理段氏后代段子羽展开。故事一开始，他就用九阴白骨爪击杀了明教厚土旗的掌旗使颜垣等一众高手。随后，他接连打败明教的左右使、法王和五散人，甚至张无忌也被他打得落花流水。
在金庸的武侠世界里，虚竹、段誉、张无忌三人可谓自带优势，而段子羽则更是超凡脱俗，实力更强。
段子羽的超凡之旅
段子羽是大理皇室的正统后代，南帝段皇爷的曾孙，末代天定贤王段兴智的孙子。
宋朝末年，大理被蒙古征服，段兴智被家臣拼死救出。失去国家和家园后，段兴智隐居在西域。没想到后来他的后代又遭遇灭门之灾，只有家人欧阳九抱着年幼的段子羽逃亡。
欧阳九也不是普通人物，他的祖上当年是西毒欧阳锋的管家，学到了蛤蟆功的四成功夫。这里有点问题，一开始说欧阳九是欧阳锋的管家，聪明伶俐，所以欧阳锋传了他蛤蟆功。后来可能觉得时机不对，改成了说欧阳九的先人。
欧阳九夜曾闯入一位武林高手的家中偷东西，结果被打得伤痕累累。幸亏路过的段子羽的父亲用一阳指救了他。欧阳九夜感激不尽，便成为了段家的仆人。段子羽的父亲因为使用了一阳指，内力尽失，需要五年才能恢复。谁知在第四年时，仇家找上门来，段子羽的父母不幸遇难。
欧阳九抱着刚出生的段子羽，艰难地逃了出来，一路东躲西藏。等段子羽长大一些，欧阳九就把蛤蟆功全部教给了他。不过，欧阳九的武功水平有限，他也知道自己不够强大。再加上段家的一阳指失传，小主人段子羽在江湖上很难出名，更不用说报答父母的血海深仇了。于是，在段子羽十二岁那年，欧阳九冒着生命危险，闯入了终南山的活死人墓，从杨过和小龙女的后人手中偷出了《九阴真经》。
《九阴真经》的厉害自然不用多讲，段子羽学会了其中的武艺后，武功大有长进。刚踏入江湖，他就用《九阴真经》里的九阴白骨爪杀死了明教的颜垣和几十个壮汉，手段极其残忍。后来，他又用鬼魅般的横移身法，加上九阴白骨爪和蛤蟆功，与青翼蝠王韦一笑斗了六七十回合。不过，韦一笑毕竟是成名多年的高手，用寒冰绵掌重创了段子羽。
在紧要关头，峨眉派的掌门百劫师太及时赶到。自从周芷若失踪后，峨眉派的势力大幅衰退，直到百劫师太出现，才扭转了这种不利的局面。百劫师太本名郭诗韵，是桃花岛武学的传人，她的武艺已经超过了昔日的灭绝师太，峨眉派也因此逐渐有了与少林、武当并立的实力。峨眉派本来就不喜欢明教，而百劫师太的性格也与灭绝师太相似，她对明教一直看不顺眼。看到段子羽与明教对抗，百劫师太对他十分赏识，不仅救了他，还强行帮他打通了任督二脉，开通了小周天的运行。
段子羽被百劫救下，想拜她为师。峨眉派都是女弟子，从不收男弟子，所以百劫拒绝了段子羽，建议他去武当山。然而，当段子羽与韦一笑交手时，宋远桥、张松溪、殷梨亭等人在场却没出手相助，这让段子羽心中充满了怨恨，说什么也不愿意去武当山。百劫没有收他为徒，他宁愿一生没有门派，做个孤魂野鬼。虽然百劫没有收段子羽为徒，但她对他明显有着深厚的好感，让他三个月后再去峨眉山，传授他一些武艺。
段子羽的人生才刚开始。在三月之约那天，他救下了第一个老婆张宇真。张宇真是天师教天师张正常的女儿，偷了明教的圣火令，被韦一笑、殷野王、范遥、颜垣等几十人追杀。明教的这些高手被段子羽耍得团团转，但张宇真也受伤了，幸好被段子羽救下。不过因为误会，段子羽挨了她一记天雷掌，三天内不能动手。最后，欧阳九拼死保护，张正常也赶来了，这才救了他们俩。
张正常武功极高，甚至可以为死去的欧阳九夺回一息生机。因为欧阳九的死，张正常觉得欠了段子羽一个人情，便邀请他去天师府学艺三年。段子羽心里很动，但还是决定去找回段家的独阳指，所以婉拒了。张正常也不勉强，只传授了段子羽天师教中最为厉害的天雷剑法和先天禹罡步法。这套剑法非常强大，不输于独孤九剑。段子羽将天雷剑法与九阴真经结合起来修炼，武功再次有了显著的进步。
在江湖上，段子羽可以说是屡战屡胜。他先是结识了丐帮帮主史红石的女儿史青，学会了降龙十八掌。之后，段子羽又被华山二老推举为华山掌门，学会了掌门必备的紫霞神功。华山二老还传授了他两仪刀法、反两仪刀法和华山剑法。后来，百劫师太又传给了他弹指神功和兰花拂穴手，并将断成两截的倚天剑交给他，后来这把剑也被重新铸接好了。
段子羽已经练成了不少高超的武功，但还没有停下脚步。他从张正常那里得到了剑魔独孤求败的独孤九剑，又在天龙寺学到了一阳指和六脉神剑。后来，他和第三个老婆明教地字门的门主司徒明月一起掉进了昆仑山的悬崖，意外发现了张无忌埋下的《九阳真经》。段子羽原本已经学会了《九阴真经》，现在又学会了九阳神功。这两种功法一个偏阴柔，一个偏刚猛，差点把他撑死了。最后，他和司徒明月一起修炼，调和了阴阳，内力比以前更强了。
段子羽现在已经学会了九阳真经、九阴真经、一阳指、六脉神剑、降龙十八掌、蛤蟆功、天雷剑法和独孤九剑等高超武功。这些武功加起来，比五绝还要厉害，甚至比张无忌更强。
段子羽和张三丰谁更强？这个问题真让人头疼。
段子羽武功练成后，常常与明教作对。昔日的明教教主张无忌也再次出现在江湖上，但张无忌不再是主角，根本不是段子羽的对手。最终决战时，张无忌被打得吐血。小昭带来的十二宝树王面对段子羽也毫无还手之力，瞬间就有四位被斩杀。
最后，杨过后代请来了张三丰来解决这场冲突。这时的张三丰已经活了两百多岁，早已看透世事，成了传说中的仙人。段子羽见到这位仙人，心中十分敬仰，上前跪拜。张三丰劝说双方放下武器，和平共处。段子羽虽心中不满，但也不敢违抗。天师府的年轻天师张宇初实力也不亚于张无忌，战斗中天师府也有不少人牺牲，他心里更是不甘。但考虑到惹怒这位活神仙后果严重，他也只好停战。
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