1951年5月，新疆的减租反霸斗争全面展开。通过减租反霸，新疆的农业区发生了巨大变化，各族贫苦农民阶级觉悟迅速提高，农会组织得到扩大和巩固，树立了农民在农村的政治优势。但减租反霸的胜利，只是削弱了封建势力，并没改变封建的土地制度，地主阶级依然存在，农民还不能彻底翻身，因此减租反霸结束后，农村土地改革就提上了议事日程。
新疆的农村除农业区外，还包括辽阔的牧区。当时全疆79个县中，有22个县以牧业为主，另有33个县畜牧业也占很大比重。牧区还残存着封建氏族的社会关系，王公贵族、部落头目不仅占有大量草场、牲畜，还享有种种特权，他们对广大牧民进行残酷的政治压迫和经济剥削。
时任中共中央新疆分局书记的王震经过思考，产生了一个想法：将农村和牧区的改革同时进行，剥夺地主们的土地，没收牧主的牲畜，让贫苦农牧民彻底翻身。这样可以早一点腾出手来，全力以赴搞经济建设，早日摘掉新疆贫穷的帽子。
王震把自己的想法跟分局委员、纪委副书记曾涤等几个同志说了，曾涤表示完全支持他，其他几个同志也都说有道理，表示赞同，有的同志还主张动作要快些。王震心里有了底，就提出了一个“变封建的畜牧经济为人民的畜牧经济”的牧区改革的指示，并要求伊犁搞个方案，先动起来。
4月23日，分局将关于在伊犁开展牧区改革的电报发往西北局，随后又派分局第三书记张邦英去西安询问消息。王震是个急性子，没等西北局答复，就雷厉风行地开始了改革。
5月17日，西北局复电明确否定了新疆分局的意见，指示新疆分局集中力量在农业地区进行土地改革，游牧区暂时维持现状，半农半牧区暂不搞土改，甚至不办减租。几天后，从西安回来的张邦英又口头传达了西北局关于牧区不进行改革的决定。
就在王震为此事拿不定主意的时候，新疆分局常委、宣传部长邓力群从南疆调研回来了。王震向邓力群说起了牧区改革的构想，邓力群听后连声叫好，他说：“尤其是变封建的畜牧经济为人民的畜牧经济这一提法，很新、很大胆、很有创造性，最重要的一点是很能解决问题。”
王震问邓力群：“真的那么好？”
“我有证据。”邓力群在南疆呆了8个月，有的是材料，他不慌不忙地拿出一个本子，边翻边说：“在南疆农村，有的地主同时又是牧主，牧区的牲畜70%-80％都是农村地主的，在土地改革中，虽然土地和财产没收了，还有大量的牧畜，照样剥削牧民，作威作福，我们宣传说，地主的土地没收，牲畜不没收，农民很失落，说土改了，巴依还是巴依，他们手里有那么多畜群，我们还得受欺负。”
邓力群滔滔不绝，越说越激动，他主张不仅要没收地主的牲畜，还要没收宗教头目的土地，打掉宗教的经济基础。王震听后大喜：“太好了，你的材料很有份量，西北局不同意我们的计划，说明他们不了解新疆的情况。如果他们来新疆工作一段时间，肯定会同意我们的方案。”
5月14日，新疆分局开会讨论西北局复电，参会的绝大多数人都表示赞成王震的意见，只有张邦英刚从西安回来，表示不赞成，但他的出发点也只是牧区改革违背西北局会议精神，组织上过不了关。张邦英的意见没有人响应，显得很孤立。
5月17日，中央致电新疆分局，指出西北局对新疆若干工作方针提出的意见是正确的。电报指出：在新疆农业区，今年实行土地改革，消灭地主阶级，这是一个坚决的革命的进攻，不容动摇。在新疆进行社会改革，要“充分估计到民族和宗教的特点，有意识地在民族和宗教上作一些让步，以换取整个社会改革的胜利，是完全必要的。”但是已达成一致意见的新疆分局只注意到了“这是一个坚决的革命的进攻”，而忽视了“作一些让步”，将中央一个完整的指示割裂开来。
在王震的部署下，张邦英主持起草了《关于北疆牧区镇压反革命的指示》，确定在全疆减租反霸结束之后，土地改革尚未进行之前，在北疆游牧区开展一次镇压反革命分子运动。指示说，“大张旗鼓地发动牧民群众开展一次镇压反革命运动是十分必要的，必须在发动牧民的基础上，组织牧民协会并改造牧区的区乡政权。”实际上，这是一个通过镇反进行牧区改革的指示，即以牧区镇反之名，行牧区改革之实。
西北局的领导得知新疆牧区镇反的消息后，立即要求新疆分局停止牧区镇反。以王震为首的新疆分局却认为牧区镇反理由充分，西北局不了解新疆情况。就这样，西北局和新疆分局之间电话电报来来往往，发生了严重的争论。
中央了解了西北局和新疆分局的争论后，重新给新疆分局发了电报，随后又利用王震来京开会之机交换意见。王震这才意识到问题的严重性，但这时被逮捕的牧主已达1000多人。
1952年6月18日，中央电告新疆分局：分局5月26日的指示是错误的，应该立即停止执行。王震也从北京打来电话，要求分局停止镇反。为贯彻中央精神，分局当日即电告各级党委，要求尚未捕人的地区除现行反革命分子外，停止逮捕，对已经逮捕的人，一律暂不处理，畜群和财产一律不动，停止没收一部分反革命分子畜牧财产的宣传。北疆牧区镇反遂告停止。
为解决新疆问题，中央专门在北京召开新疆分局常委会议，分局常委及主要人员除邓力群留守新疆外，全都到会，西北局的主要负责人也都来了。王震在会上受到了严厉的批评，他被撤销了新疆分局书记、军区政委及财委主任的职务。
不久以后，王震带着一肚子委屈离开了新疆。毛泽东为了安抚王震，和他进行了一次长谈，毛泽东说：
你想把农村和牧区改革同时进行，从阶级斗争的观点看，这并没错，就新疆范围来讲，也许可以同时改革，同时搞好，这种可能是存在的。两个改革一块搞完，集中精力搞经济建设，这想法没错。错就错在你王震只看到新疆，没看到全局。在少数民族地区，先进行土地改革，第二步再实行牧区改革，这是中央的统一部署。你新疆不按中央的部署搞，就会影响西藏，妨碍我们争取达赖的工作；也会影响甘肃、宁夏、内蒙，那些地方也有牧区。这样一来，中央就被动了。
王震是直爽人，道理说透了，他的思想也就通了。1954年2月28日，王震被调往铁道兵部队任司令员兼政治委员，开始了新的征程。
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